有了德賽助陣，拿破崙向奧軍發起了反攻。他派騎兵發起衝鋒，同時配合騎兵引爆了一車的炸藥，法軍潮水般地衝向奧軍，一下子扭轉了戰鬥局勢，反敗為勝。到晚上十點鐘的時候，淪為手下敗將的奧軍通過博爾米達河源源不斷地後撤，在這次戰役中，他們有六千人陣亡，八千人被俘，損失四十門大炮。只是，英勇搏鬥的德賽在這次戰鬥中被一顆子彈擊中胸部，不幸陣亡。對於這位愛將的去世，拿破崙悲痛萬分，扼腕嘆息。他在信中寫道：「我對德賽的愛慕和尊敬，誰都無法媲美，他的去世使我陷入極度的悲哀之中。」梅拉斯被法軍打得魂飛魄散，早已失去了抵抗的勇氣，向拿破崙提出休戰。第二次義大利戰役就這麼迅速結束了。
當上第一執政後，拿破崙大權獨攬，不過他的野心還沒有到底。督政府原來的所在地盧森堡宮對拿破崙來說，變得太寒磣了，開個會都縮手縮腳，他決定搬到富麗堂皇的杜伊勒裡宮，那是波旁王朝的國王路易十六曾經住過的地方。出發之前，他向秘書抱怨：「我們終於要睡到杜伊勒裡宮去了。你真幸運，愛怎麼去就怎麼去；我就麻煩了，一定要轟轟烈烈地鬧一下，老百姓喜歡這一套。督政府就是因為太樸素，才失去了威望。我贊成在軍隊裡提倡簡樸的作風，可在大都會裡，國家領導非得引人注目不可。」
可不是，這次搬遷闊氣極了。拿破崙精挑細選了3000名模樣出眾的士兵參加儀式，他們以整齊的步伐隨著樂隊的音樂大步前進，軍隊的將領們瀟灑地騎著駿馬，部長們則坐在馬車裡。第一執政本人坐在六匹白馬拉的豪華車上，奧地利皇帝送給他的貴重馬刀在他的腰側閃閃發光。這六匹白馬也是德國皇帝饋贈給他的禮物，俊美非常。一路上，巴黎的群眾自發地向拿破崙呼喊致敬，「第一執政萬歲」的聲音從四面八方傳來，源源不斷地傳到拿破崙的耳中，衛隊在通往杜伊勒裡宮的各條大路上夾道列隊，氣派非凡。拿破崙當上第一執政以後，約瑟芬花錢更加大手大腳了。她一年之內買了九百套衣服和一千雙襪子，換來厚厚的一沓帳單，帳目之高，令人瞠目結舌。約瑟芬知道拿破崙的火爆脾氣，他要是知道自己淌水似的花錢，肯定會大發雷霆的。她只好向拿破崙撒謊，並偷偷哀求秘書，將一百二十萬法郎的欠帳說成六十萬，但拿破崙還是氣得夠戧。最後，還是秘書出面，說服那些債主收下一半的錢了事。
不過，第一執政這個位子也不是那麼容易坐穩的，保王黨人、雅各賓黨人對拿破崙虎視眈眈，隨時想置他於死地。保王黨人策劃了多起暗殺事件，有人計劃在拿破崙經過的路上行刺，有人策劃在歌劇院包廂裡用匕首刺死拿破崙，最嚴重的一次則是1800年12月的「詭雷案」。1800年的平安夜，拿破崙和妻子約瑟芬、妹妹卡羅利娜前去參加海頓歌劇《創世紀》的開幕儀式。拿破崙乘坐的馬車走在最前面，約瑟芬則和卡羅利娜及女兒霍滕斯乘坐第二輛車。本來兩車一前一後，相隨而行，可是臨上車前，約瑟芬突然覺得圍巾不好看，決定更換一條更漂亮的，這一來就耽擱了不少時間，而拿破崙的車夫那天喝得醉醺醺的，一路上快馬加鞭，將約瑟芬的車遠遠甩在後面。
駿馬飛馳，拿破崙的馬車一路飛奔，突然「轟」的一聲巨響，路邊的一輛裝著大桶的車爆炸了，而拿破崙的車剛剛從它邊上駛過。原來，保王黨人將一枚炸彈藏在這輛大車中，計算好時間，打算等拿破崙的馬車經過時將其引爆。結果炸彈恰恰在拿破崙和約瑟芬的馬車中間爆炸，兩人毫髮無傷，幾十名無辜的路人和一些衛隊士兵卻被炸得血肉模糊。拿破崙見狀，下車查看了一下現場。在他冷峻的面龐上，看不出一絲受驚的痕跡，他命令車夫繼續趕路，神色自若地參加了歌劇院的儀式，好像什麼都沒有發生過。經歷了紛繁複雜的大革命，法國政壇上處處是不可預料的暗礁，而拿破崙以靈活的政治手腕，軟硬兼施，安全地穿越危機四伏的黑色地帶，在外交、經濟、法律等方面大刀闊斧地動起手來。
在外交上，第二次義大利戰役後，拿破崙與奧地利籤訂了呂內維爾條約，收復了在義大利的失地。同時，反法聯盟內部的英國和俄國鬧翻了，俄國的保羅一世對英國的霸權十分反感，決定與拿破崙結盟，結果被英國的間諜勒死在寢宮內。1801年，英國國內矛盾重重，迫切需要和平，便與法國籤訂了亞眠合約，亞眠合約為兩國爭取了喘息的機會。在國內政壇，拿破崙成功地挑撥各個派系之間的矛盾，用堅定的意志打壓異己，將權力歸集到自己手中。西哀士被發配回鄉下老家軟禁起來，巴拉斯被流放到了國外。元老院的人還算聽話，而立法機構的三百名議員就不那麼好對付了，特別是一百個席位的護民院，簡直處處與拿破崙作對。於是，拿破崙將元老院的席位增加到一百個，將護民院和立法院的席位各減少一半，以繞開立法機構對自己權力的限制。
拿破崙挑撥手下各個部長之間的關係，免得他們聯合起來對付自己；他重疊、分割各個部門的職責，以削弱部長的地位；他甚至選派一些平庸無能的傢伙當部長，以此將權力緊緊地握在手裡。在教育上，拿破崙在每個省設立一所中學，每個公社設立一所小學，在一些大城市開辦初中或公益課程。課程的設置體現出強烈的拿破崙色彩：數學和自然科學受到青睞，歷史等人文科學被打入冷宮。拿破崙創辦了一萬多個國家獎學金，以便使那些像他年輕時那樣經濟困難的人才不至被埋沒。在經濟上，腐敗的督政府將國庫搜颳得一乾二淨，只留給他一個爛攤子，工業、貿易和金融業都瀕臨崩潰的邊緣，民不聊生。在法國南部和西部，到處都是強盜和小偷，攔路搶劫隨處可見；巴黎的情況也不妙，乞丐成群結隊，佔據了大街小巷，施粥所遍地開花。