除鼠類外，最常見的有害生物多數屬於昆蟲綱和蛛形綱。昆蟲綱可以分為33個目（不同的分類系統總的目數會有些差異），其中與有害生物防制員這個行業相關密切的有雙翅目（如家蠅）、蜚蠊目（如德國小蠊）、蚤目（如跳蚤）、蝨目（如體蝨）、半翅目（如臭蟲）、膜翅目（如螞蟻）等。對於有害生物的識別，多數是利用體表的形態結構特徵，有時利用內外生殖器的特徵。一般分目主要是利用翅、足、口器（就是害蟲的口）、體節、觸角等的形態特徵。
美洲大蠊一些重要的昆蟲形態學特徵：
雙翅目：中到小型昆蟲，僅有1對膜質的翅，後翅特化成平衡棒。口器進化為適於吮吸或刺吸，通常形成一個喙。幼蟲為蠕蟲型，陸生、水生或寄生。蛹無繭。例如蚊、蠅、虻、白蛉、蠓、蚋等。
蜚蠊目：中到大型昆蟲，體寬而扁。口器為咀嚼式，觸角為線狀，細長。有翅或無翅，如有翅前翅為革質，後翅為膜質。足為適於行走步行足。
蝨目：無翅，各蟲態都是生活在步入動物身上。已高度特化成能伸縮的適於吸和刺的口器。胸部各節癒合，跗節1節，單個爪。無尾須，幼期和成蟲期變化不大。例如蝨子。
蚤目：小型無翅的立扁昆蟲，成蟲是溫血動物外寄生蟲。口器為刺吸式。幼蟲為蠕蟲型。蛹為裸蛹，外有絲質的繭。例如跳蚤。
膜翅目：小到中型大小的昆蟲。翅膜質，後翅較小，以細溝與前翅連在一起；口器適於嚼吸，幼蟲多為多足或無足。例如普通的螞蟻、紅火蟻、胡蜂、蜜蜂等。
等翅目：小型到中型昆蟲，一般色淺，身體柔軟。頭大，口器適於咀嚼。有大翅、短翅、無翅等，有翅時為狹長，前後翅相似，翅一般會脫落。例如白蟻。
半翅目：體型有大有小，常有臭腺。翅的發達程度變化較大，前翅一般帶有部分革質，無翅型的也常見。口器為刺吸式。例如臭蟲、錐蝽等。
昆蟲的翅一般是兩對，但是有些昆蟲後翅退化，例如蠅類的後翅退化為用於飛行時掌握平衡的平衡棒；有些翅的質地發生了很大變化，例如一些甲蟲前翅骨化程度很高，功能上是為了保護後翅；蝨類、跳蚤等為了適應生活的環境，翅發生了退化。昆蟲的口器為了適應不同的取食環境也進化出幾種類型，如蜚蠊的口器是一種典型的用於咀嚼食物的，稱為咀嚼式口器；家蠅的口器主要是為了適應舐吸食物，稱為舐吸式口器；蚊蟲、蝨類、蚤類的口器主要目的是為了吸血，稱為刺吸式口器。昆蟲的足也發生了不同形式的進化。跳蚤的後足彈跳力很強，稱為跳躍足。蝨類的足粗短適於攀登，稱為攀緣足。
昆蟲目的區別比較容易，已故的楊集昆教授曾經為昆蟲的所有目的特徵習性編成了朗朗上口的詩句。
蜚蠊目：畏光喜愛蜚蠊目，遁行前胸頭上覆；體扁橢圓觸角長，扁寬基節多刺足。
雙翅目：蚊蠓虻蠅雙翅目，後翅平衡五節跗；口器刺吸或舐吸，幼蟲無足頭有無。
蝨目：前口刺吸為蝨目，跗爪各一攀緣足；口能吸血多傳病，幼蟲如蛆塵埃住。
膜翅目：後翅鉤列膜翅目，蜂蟻細腰並胸腹；捕食寄生或授粉，害葉幼蟲為多足。
半翅目：基革端膜半翅目，前胸發達盾片露；刺吸口器分節喙，水陸取食動植物。