文章來自「科學大院」公眾號
作者: 黑貓尼諾
生物實驗課上,老師推門進來了:「我看了個熱門視頻,馬老師勸年輕人耗子尾汁,看來他也很懂生物實驗啊。今天我們來講講『耗子尾汁』——鼠尾裂解液。」
(原圖:veer圖庫)
01 為啥要做「耗子尾汁」?
在以小鼠為模式生物進行科學研究的實驗室中,日常和基本的一個實驗就是提取它們的遺傳物質—DNA(核糖核酸)進行基因型鑑定,檢測這些小動物的基因組中是否含有特定的DNA。可以理解為給小動物做核酸檢測。
為了能夠從小鼠身上提取足夠的DNA,要從它們身上取下足量的細胞用於實驗。為了儘可能減少對動物的傷害和方便試驗人員的操作,剪下一小段鼠尾是一個不錯的選擇。
02 實驗室「耗子尾汁「的製作流程
在實驗中,科研人員首先需要用配製好的裂解液來裂解鼠尾組織,從細胞中提純小鼠的DNA。
(圖片來源:作者提供)
具體步驟是:
1. 準備好1.5 ml的離心管,放入新鮮的食材,啊,是鼠尾。
2. 之後加入100 ul的裂解液,蓋上蓋子。
3. 放入55 ℃水浴鍋裡咕嘟咕嘟一晚上。
話還沒說完,王二虎同學大聲說:「停停...老師你第2步忘了加重要的蛋白酶K。」
老師: 「我大意了啊!沒有加~所以,第2步要在裂解緩衝液中加入蛋白酶K,之後蓋上蓋子,放入55 ℃水浴鍋裡咕嘟咕嘟一晚上。第二天,新鮮的『耗子尾汁『就出鍋了。」
表1:裂解液各個成分及作用
製作「耗子尾汁」的裂解液所含的成分十分講究。利用蛋白酶K分解肌肉和結締組織中的彈性蛋白、膠原蛋白等,使得細胞暴露,還可以水解結合DNA的組蛋白,利於後期DNA純化。SDS則是陰離子洗滌劑,破壞主要由磷脂雙分子層構成的細胞膜結構,暴露細胞內容物。SDS又可以使蛋白質變性,促進蛋白酶K對蛋白質的分解。由於細胞中存在DNA酶,能降解DNA,而DNA酶需要鎂離子才能發揮作用。因此,加入EDTA和鎂離子結合可以抑制DNA酶活性使DNA免於降解。
值得注意的是,蛋白酶K在pH 7-12,溫度在25-60 °C之間能保持很好的穩定性和較高的酶活性。即使在變性劑SDS溶液中依然能很好發揮作用。
到了這裡,肯定有很多顧客不喜歡這富含營養卻成分雜亂的「耗子尾汁」,而是要純純的DNA粉末!那就要進行下面的純化步驟:在「耗子尾汁」中加入冰鎮乙醇。蛋白質在乙醇中溶解,而DNA不溶於乙醇。離心後,DNA出現在離心管底部。而細胞碎片懸浮在上清液,會被丟棄。最後風乾就得到了遺傳物質DNA,可以進行最後的基因型鑑定實驗啦。
03 「耗子尾汁」的廚房啟示
實驗完成後到了討論環節,老師問:「大家思考一下,做 『耗子尾汁』的方法,還可以用來幹啥呀?」
王二虎啪的一下站起來,「老師,我牛肉總是煮不爛,能不能......」
的確,日常生活中烹飪牛肉是件很折磨人的事情。牛肉肌肉組織結實,結締組織較多,肌肉纖維粗壯,肌肉纖維之間的彈性蛋白,膠原蛋白連接緊密,使得牛肉韌性十足。煮的時間不夠則不爛,煮的時間太長則會失去水分過多,口感變柴。
處理牛肉時可以單純使用物理方法:利用器械在煮之前狠狠敲打牛肉,使得肌肉纖維之間變得鬆散;或是用高壓鍋增加水的沸點,在高溫短時間內破壞牛肉的組織和纖維,達到軟爛的效果。
(圖片來源:veer圖庫)
或者,我們可以利用蛋白酶輕鬆解決。不過我們並不需要用實驗室的蛋白酶K,市面上的嫩肉粉就可以。嫩肉粉中含有木瓜蛋白酶,作用的方式和蛋白酶K裂解鼠尾類似。木瓜蛋白酶的有效作用溫度是20-80℃,pH 5-7。只需要在常溫下加入少許對牛肉進行醃製半個小時以上,就能輕鬆分解肌肉纖維、結締組織中的蛋白質,使原本緊實的肉質變得水潤細嫩。除了嫩肉粉,我們還可以直接用木瓜或者最常見的雞蛋用來醃製牛肉,只要是富含蛋白酶的食材都可以進行利用。
嗯,你不一定要在實驗室做一杯「耗子尾汁」,學會知識後還可以在廚房裡用嘛~
參考文獻:
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[6] https://www.sigmaaldrich.com/china-mainland/life-science/metabolomics/enzyme-explorer/analytical-enzymes/proteinase-k.html
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[8] http://howbiotech.com/genomic-dna-extraction-principle-steps-and-functions-of-reagents/#post-53-_Toc518910913
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