宮崎駿一向擅長講一些具有想像力的簡單故事，而在故事背後卻都蘊藏著一些深刻的預言色彩，像是《龍貓》中的懷舊，《千與千尋》中的欲望，在眾多的他的作品中，可能《懸崖上的波妞》是最能夠呈現出宮崎駿豐富價值世界的作品，大到人與自然，小到細微的情感，都通通融入到一則率真清新的小品當中。
海的女兒——人臉金魚波妞偶然間在岸邊被困在一個瓶子裡，小男孩宗介救了她，並跟養了她一天。波妞有著魔法的父親帶走了她，但波妞心心念著宗介，打亂了父親住處，帶著魔法逃到岸上尋找宗介，在找到宗介的時候，她也不小心闖了個大禍，無意間用父親的魔法把世界弄了個大洞，可能會會毀掉地球。最後在波妞母親——海神的幫助下，波妞變成了人類，跟宗介生活在一起，世界的危機也隨之解除了。
人與自然
環境問題，似乎是貫穿大多數宮崎駿作品的一個母題。他一直用各種動畫片中的意象來去比擬人跟自然的關係。一方面呈現出當今社會對自然的破壞，另一方面倡導對自然的有效利用，人與自然的和諧關係等。
《懸崖上的波妞》用看似幼稚的視角，把人與大海這對關係呈現了出來。大海孕育了人類，並養育了一代又一代人。可人們卻不斷將垃圾沉入大海，涸澤而漁，不斷索取。波妞造成的災難，似乎是大海對人類不當行為的懲罰。只有在人類意識到問題的嚴重性之後，像宗介與波妞能夠互相喜歡的時候，才可能獲得拯救。
傳統與現代
在人與自然的母題之下，宮崎駿的作品很多時候都帶有一種懷舊的情結。在紛繁的現代化世界中，希望找回那些不斷喪失的傳統。
波妞的母親是象徵大海的女神，而她的父親之前是一個普通的人類，從形象上看，有點像文藝復興或者啟蒙時代的人類，懷有一種自然崇拜的觀念，能夠達到與自然和諧相處的狀態。自然之母和人類之父孕育的波妞，實際上是象徵著在生產革命到來之前，人與自然形成的那種傳統關係。
而生活在海邊的小男孩宗介，則象徵著現代社會的新人類，他們享受著工業革命帶來的極大豐富的物質資源，而且他似乎也完全沒有意識到這些資源的來源和可能帶來的毀壞。
讓這樣一對小孩，一個人代表著傳統的人與自然的關係，一個代表著現代的人對自然的利用，讓他們偶然相遇，喜歡上彼此，表達著宮崎駿的一種美好願望——希望現代世界的人能夠重新理解傳統社會中的一些自然觀念，能夠不忘傳統，帶著傳統在現代的世界中更好的生存下去。
幻想與現實
拋開那些宏大的主題，回到小男孩宗介，可以把整個故事看作宗介的一個幻想。在海邊救了一條金魚後，帶著金魚去幼稚園，幻想著跟這條金魚一起玩，把她幻想成一個小女孩，並且是一個有魔法的小女孩。幫助宗介和母親穿越暴風雨，陪著宗介在沒有母親的房間內過夜，跟宗介一起去尋找失蹤的母親。
就思想來說，人無可置疑的是孤獨的，我們的思想仿佛被封印在身體之中，無法直接與外界溝通。在帶來孤獨的同時，這種封印卻也賦予了我們幻想的能力。在個人的幻想王國裡，自然是一位女神，海嘯是各種大魚，小金魚是一位帶有魔法的女孩兒，在海中的無助變成了參加海神的一次聚會。
現實有時候是殘酷的，而幻想往往可以幫我們在殘酷之中找到一絲安慰，懂得適當的幻想的人，是可以獲得自我安慰，甚至是自我救贖的人。面對突如其來的災難，面對無助的狀態，在一個人的生命中，幻想和現實幾乎可以發揮同樣的力量，甚至幻想能夠將人們從殘酷的現實中解救出來。
童年、率真與愛
波妞是一個複雜的象徵體，一方面象徵著傳統的人與自然的和諧關係，也象徵著人類歷史的童年時代，象徵著那種不參雜利益思想的率真箇性，象徵著人類情感中最簡單也最珍貴的一種愛的方式——毫無條件的，純粹的愛。
波妞開始就像是一個小動物，誰對我好，我就要對誰好，宗介救了我，我就喜歡他，就算父親關起來我，我也要想方設法的去找到他。
在逐漸融入到人類生活之後，波妞又開始產生了一些其他的品質，像是給小孩子吃的，幫助可能可能生病的小孩恢復等等。
波妞之於宗介就有點像自然之於人類，懷有一種毫不猶豫地付出，沒有遲疑的愛，全心全意的奉獻。
不過畢竟是在一個動畫世界中，這種極為純粹的感情，來的猛烈，往往受到的傷害也會更大，不顧一切的背後，是一切有可能帶來的反噬。宮崎駿沒有展開黑暗面的探討，只是向著光明奔跑。
不過，世界可能也就是這樣，即便再黑暗，也要向著光明跑。即便有再多的傷害，也會有純真之愛。這也是這個世界最寶貴，最可愛之處了。