安全黃瓜生產要防治病蟲草為害，其中以有機黃瓜要求最嚴禁止使用人工合成的各種農藥。綠色黃瓜及安全黃瓜雖允許使用部分農藥，但必須嚴格遵守農藥使用準則，必須選用高效、低毒、低殘留的化學農藥，防止超標使用農藥。黃瓜生產病蟲害的防治，應儘量少用或不用人工合成的農藥，積極推廣使用生物防治、物理防治及農業綜合防治。在這些防治技術中尤以農業綜合防治最為重要，下面我們來看看具體措施。
農業防治：種子消毒，溫水浸種又稱溫湯浸種。可以殺死種子表面附著的病菌，也能殺死種子內部潛藏的病菌。處於休眠狀態的種子，比病菌具有更高的抗熱力。溫水浸種就是利用種子與病菌耐熱力的差異，選擇既能殺死種子內外病蟲，又不損傷種子生命力的溫度進行消毒。操作時必須嚴格遵守規定。
工廠化育苗，所謂工廠化育苗就是提倡在潔淨的自然環境或棚室內，用有機或無機的消毒基質，用隔離網室或用現代化的冬暖大棚控制溫、光、水、肥、氣等各種條件，並與外界隔離培育黃瓜苗，防止病蟲害的傳染，為大面積定植提供優質的商品苗。安全黃瓜栽培必須實行輪作換茬，以減少病蟲的滋生和積累。
輪作換茬，忌用新鮮的畜禽糞便。新鮮的糞便含有病菌及寄生蟲，不宜直使用腐熟的畜禽堆肥接使用，一般應經堆制、發酵，在腐熟過程中殺死各種病菌、蟲卵、雜草種子。並將肥料中的有機物質逐步分解為植物可以吸收的各種營養成分。近年各地大力發展沼氣，將畜禽糞便及秸稈，一起投入沼氣池中密封發酵，既能潔淨環境，提供沼氣能源，又能生產合格的有機肥料。一般沼液可作追肥，渣滓可作基肥，均是安全的優質肥料。
耕作措施，清除前作殘茬燒毀或深埋前作殘茬、枯枝病葉，減少病蟲害的發生。提倡深耕凍垡、曬垡將不同深度土層中的病蟲雜草的孢子、卵塊、種子、幼蟲翻到土表，利用酷暑嚴寒、日曬雨淋、招來鳥獸家禽等天敵啄食，逐漸減少病蟲害發生。提倡深溝、高畦、高壟，不用漫灌，可免去因漫灌由水分傳播病蟲的可能性。提倡溝灌、滲灌，使栽培土壤下層溼潤，土表乾燥，這樣的環境有利於黃瓜的生長，不利於病蟲害的發生。
田間管理措施，選用無病蟲害的種苗分級定植通過育苗移栽，再一次淘汰具有病蟲的種苗。定植時再按苗的大小、優劣，分級、分區定植，在管理工作中可以促小苗、抑大苗，以求生長及產品。改善光照，降低空氣溼度，增強植株抵抗力。改善光照，加強通風透氣條件。用地膜覆蓋或鋪草等方法，覆蓋地面，降低空氣溼度，避免土傳病蟲滋生蔓延。
調控土壤溼度，充分利用深溝高畦、高壟栽培如有條件可發展膜下滴灌，創造一個表土幹，芯土潤，有利於黃瓜生長。田間管理工作中防止病蟲害交叉感染整枝打權、吊架縛利於病蟲發生的環境。蔓時先健株後病株，防止病蟲害傳播，尤其是對黃瓜病毒病尤應注意。植株生長後期注意打老葉、摘病葉，拔除中心病株，所有帶病的莖葉應集中深埋或銷毀，防止病蟲擴散。
生物防治：以蟲治蟲，在甘藍夜蛾產卵期釋放赤眼蜂，一次釋放量2000~3000隻，每畝平均分布6~8個釋放點，每隔5天放1次，連放2~3次。此外，陸螯蜂治薊馬、潛蠅姬小蜂治斑潛蠅等都有較好的效果。以菌治蟲，菜青蟲可用國產Bt乳劑或青蟲菌6號液劑，通常採用500800倍稀釋濃度。菜蛾可用Bt乳劑，對水500~1000倍，約1億個孢子/毫升，可使菜蛾幼蟲大量感病死亡。以菌治蟲氣溫在20℃以上噴施效果較好。
以天然植物治蟲，用草木灰防治蔥蠅、根蛆、蚜蟲、金龜子等。此外，用除蟲菊、菸草葉、蓖麻葉的浸出液能殺死蚜蟲、蝽象、根蛆、地老虎、金龜子、小菜蛾等許多害蟲。近年來發現黎蘆鹼、苦參鹼、印楝素等都有很好的防蟲效果。以蛙、禽等動物治蟲，保護或放養青蛙、蟾蜍、雞、鴨等動物，既可啄食田間害蟲，又可增加收入。