雞糞、豬糞、鴨糞以及牛羊糞等都是農村裡一直以來種植莊稼、果蔬常用的肥料，而且這樣的肥料使用後還有利於改善土壤環境，減少作物病蟲害發生的概率。對於農家養殖的牲畜排洩物作為肥料來用，必須要經過腐熟後才可以使用。
以前，農村裡發酵腐熟這些肥料主要是通過自然發酵進行的，最常見的就是有一個糞坑，把糞倒入糞坑後讓它們自己發酵，然後再用於土壤施肥。不過這樣出來的糞其實很多時候並沒有完全徹底的腐熟好，還是含有不少的寄生蟲或者病菌的。
要將這些牲畜糞便做成無害的有機肥，最好的辦法就是利用生物發酵劑通過發酵處理。通過這樣的發酵就可以將裡面的病菌以及寄生蟲等給徹底的殺滅掉，而且成功的發酵後出來的肥料乾濕合適，顆粒大小比較均勻，正適合做基肥使用。
在製作成為有機肥的時候，需要將牲畜肥混合添加一些秸稈、麥麩、米糠或者鋸木灰之類的，為加快發酵速度，添加EM菌到裡面後再拌勻，然後通過密封發酵處理，這樣經過十多天就可以發酵完畢，發酵後獲得的東西就是有機肥，適用於種植業、養殖業，既可以做基肥，也可以用於做追肥。