在未來農藥市場格局中，生物農藥部分替代傳統的化學農藥已成為必然趨勢。但雖然社會大力宣傳生物農藥的優點及前景，雲南生物農藥產業發展目前依然處於舉步維艱的尷尬境地。
雲南省開發生物農藥，具有明顯優勢。據中科院昆明植物研究所吳大剛教授介紹，雲南地理條件和氣候覆雜，有熱帶、亞熱帶、溫帶及寒帶地區，形成了豐富的生物多樣性，擁有3萬多種植物，其中高等植物約1．5萬種，植物種類佔全國一半以上，微生物種類居全國之冠。雲南生物資源有如此雄厚的獨特優勢，不僅為醫藥開發提供了良好條件，也為天然農藥開發提供了廣闊前景。
天然農藥主要包括植物源農藥、微生物源農藥，此外還有動物源農藥等。近年來，雲南出現了兩個植物源殺蟲劑熱點：印楝和除蟲菊。
印楝原產於南亞次大陸和東南亞，因具有較高的經濟和生態價值，受到許多國家關注和重視。印楝籽中富含以印楝素為主的80餘種殺蟲衍生物質，可防治10餘目400多種農林、倉儲和衛生害蟲，含有殺蟲活性物質的提取物和製劑可廣泛用於無公害農產品、綠色食品、有機食品等。目前，印楝開發和運用不局限於生物農藥，日化、醫藥、衛生保健以及有機肥等多個領域都取得了較大突破，已成為世界上開發最熱的多用途樹種之一。
雲南擁有全世界最大、最適宜印楝種植的土地面積、地理氣候。早在1995年，雲南就開始試驗引種印楝，經過引種馴化後的印楝籽印楝素含量完全達到甚至超過原產地。據統計，到2003年底，雲南印楝種植面積已達21萬畝，成為全國最大印楝基地。
除蟲菊酯是在植物體中發現的另一類天然植物源殺蟲物質，天然除蟲菊酯由六個化學結構非常近似的化合物組成。據了解，經過合成研究，衍生出一大類菊酯類高效、低毒的擬除蟲菊酯殺蟲物質，如氯氰菊酯、溴氰菊酯等，目前已有30多個合成類似物，開發的農藥產品覆蓋全球各國市場。雲南以昆明植物所技術為依託，省內的中植生物有限公司、紅河森菊生物有限公司兩年來在雲南推廣種植除蟲菊據稱達9萬畝以上，可望填補我國除蟲菊產業化種植的空白。
但儘管雲南開發生物農藥具有明顯優勢，目前仍困難多多，產業發展舉步維艱。雲南生物農藥產業普遍存在融資難的問題，這使許多企業生存面臨挑戰。昆明中植美擊克生物技術有限公司是由中植生物科技開發有限責任公司與全球最大除蟲菊採購商、終端產品開發商和供應商———美國MGK公司共同出資組建的股份制公司。據該公司負責人介紹，融資困難是困擾企業發展的難題之一。由於除蟲菊花在雲南成熟的時間大體一致，每年公司要在半個月內收購一年的乾花，資金大部分壓在乾花上，造成開發市場的費用緊張。此外，由於開發成本高，導致除蟲菊農藥價格也偏高，這也是導致生物農藥難賣的原因。這位負責人舉例說，現在農民如果一畝地投入化學農藥成本需要10元，但如果用除蟲菊農藥則需要15～20元，若計算種地成本，某些價格便宜、高殘留劇毒的化學農藥自然就成為農民的首選。另外，由於政府對農藥殘留超標的農產品打擊力度不大，禁售、禁用的高殘留劇毒農藥並沒得到根本遏制，現在雲南農藥市場上仍然可以見到甲胺磷等身影。
專家說，許多生物農藥毒性小，藥效緩，例如印楝農藥主要通過調節昆蟲的內分泌和影響其神經系統來達到防蟲、殺蟲作用，一般農戶不了解，而施用印楝生物農藥要取得最佳效果，應該在蟲害預防期和前期施用，待蟲害大規模暴發後，其效果無法與化學農藥相比，特別是遇到突發性和毀火性病蟲害時，生物農藥就難當重任。另外，生物農藥在施用時，需嚴格按說明操作，而農戶在施用中往往因缺乏一定的科學指導而影響了藥效的正常發揮。同時，目前生物農藥品種單一、施用技術複雜，也成為制約其發展的瓶頸。
據了解，目前在全省15家生物農藥企業中，絕大部分為中小型企業。由於規模小、品種單一，企業抗風險能力較弱，又缺乏資金和技術人員，在農藥市場供大於求的形勢下銷售困難重重，企業往往處在困境中掙扎。
面對諸多困難，雲南生物農藥產業出路何在？有關專家認為，要擺脫雲南生物農藥產業面臨的困境，政府應出面引導，出臺相關扶持政策，加大力度嚴格控制高毒高殘留農藥的施用。同時，應建立一套長效監測體系，運用行政手段取締高毒高殘留農藥，對中毒化學農藥也逐步替代和淘汰。要嚴格落實農產品市場準入制度，做好生產過程監督和有關指標監測，對市場上銷售的農藥殘留量超標農產品嚴厲打擊。此外，還要加大宣傳力度，使農民提高認識，掌握生物農藥的施用技能，並改善投融資環境，加大對生物產業和科技型中小企業的支持力度，鼓勵技術創新，從而做大做強雲南生物農藥產業。