藻類的生長對錦鯉魚的影響有好有壞。適當的綠藻對錦鯉的生長還是有好處的，但是由於各種條件，我們的魚缸中很有可能會出現褐藻，這些藻類不僅會影響錦鯉魚的健康成長，搶奪錦鯉魚生長環境所需的氧氣，而且還會影響我們的觀賞度。
前面的魚缸長藻原因中也說過，白天有陽光照射下，藻類和進行光合作用，吸收二氧化碳呼出氧氣。但是在夜晚也會進行交替，吸收氧氣呼出二氧化碳，這樣很有可能會造成錦鯉缺氧的現象。因此為了避免這種情況的發生，我們需要將藻類去除，而去除藻類的方法有很多，這裡主要說生物除藻法。
（生物除藻法）
而生物除藻法，是最常見也是比較安全的。建議以下兩點：
1、可以餵小螺，小螺會將缸內的藻類吃掉。不過建議這個螺是比較稍微大一點的，過小的螺，錦鯉魚可能會將它吃掉。例如：1）笠螺：除藻動物首推笠螺，功能大概跟磁鐵刷差不多強大。縱橫魚缸，天下無敵，連外掛過濾進水口都可以爬進去清。耐藥性耐鹽性極低，但因其除藻能力超強，仍居除藻生物首位。2）蘋果螺：除藻能力弱，且便便極多，但優點是容易繁殖，可以數量取勝，價格：隨便網路上要都有。3）清苔鼠、黃金清苔鼠：吸壁魚類的一種，為清藻魚類中第二大的，可長到10~15cm長，且經過多位魚友證實，只要有飼料餵的夠多，清苔鼠會去搶食飼料，而且久了之後會有慣性，從此只會等飼料，不會清藻類，所以並不建議使用清苔鼠。4）黑殼蝦：除藻功能普通，推薦使用於草缸處理腐敗之葉片，對於小細縫及葉片上的藻類有意想不到的功能，能在水族箱中繁衍，但有帶菌的問題。5）大和藻蝦：除藻功能與黑殼蝦差不多，體型較黑殼蝦大隻。
2、第二種方法是最可靠的，治標也治本。前面說水質肥沃或是藻類的營養物質中都有表達，魚缸中長藻主要是因為缸內有藻類生物所需的營養物質，給藻類提供了良好的生長環境，因此藻類才會大量的繁殖，滋生。魚缸中藻類的營養物質主要是硝酸鹽、氨氮、鉀等等。而氨氮以及硝酸鹽，主要是因為錦鯉魚的便便在水中經過分解而產出的。而將這些硝酸鹽和氨氮分解成無害物質就需要硝化細菌。所以我們需要提升硝化細菌，讓硝化細菌大量的繁殖，並且提升他們的工作效率。因為魚缸中有微生物循環這個過程，也就是無處不在的異營性細菌和自營性細菌，可以將這些有害物質進行分解。而硝化細菌在這裡起到的是消化作用。