2065年10月27日，溫斯洛協約國在衣索比亞發動了一個成功的任務，從尼羅河暴政聯盟搶救人質。然而，玩家受到一個戰鬥機器人的嚴重傷害。泰勒拯救了玩家，他接受了DNI植入手術以挽救玩家的生命，安裝了直接神經接口（DNI）後，玩家接受泰勒和他的團隊在DNI植入手術期間的虛擬訓練。亨德裡克斯也接受了DNI植入手術。經過五年的工作後，玩家和亨德裡克斯被CIA瑞秋凱恩掌控，並負責調查新加坡中情局的一個秘密據點，該據點已經失去聯繫。他們到了新加坡後發現該據點遭到54長生軍襲擊，並且該據點的數據被盜。凱恩得出結論說，泰勒和他的團隊叛逃並殺害了工作人員。玩家和亨德裡克斯奉命去調查他們的最後去過的另一個CIA秘密據點，是位於新加坡的科爾黎森公司（在十年前發生的一起神秘的爆炸中造成30萬人死亡），一個秘密的中央情報局實驗室。
使命召喚：黑色行動III--劇情剖析雙方發現迪亞茲洩露中情局的信息，並被迫殺死他。讀取迪亞茲的DNI數據後，亨德裡克斯發現泰勒試圖找到爆炸的倖存者：塞巴斯蒂安克魯格和尤塞夫薩利姆博士。洩露的中情局據點信息允許尼羅河暴政聯盟捕捉凱恩。玩家違反了凱恩的命令，離開並殺死了長生軍的領袖吳秀蘭，從而拯救了她。然後三人前往埃及，找到薩利姆，他發現他進行了秘密的DNI實驗，涉及通過想像冰凍森林的平靜運動來安慰考沃斯。
使命召喚：黑色行動III--劇情剖析接著薩利姆被泰勒訊問並殺害。玩家，亨德裡克斯和凱恩在埃及軍隊的協助下追捕泰勒。殺死霍爾後，玩家連接到她的DNI並遇到考沃斯，這是一種在實驗期間創建的形態智能，用於監視DNI用戶發生故障的想法，從而導致新加坡的科爾黎森公司爆炸。感染泰勒和他的團隊，考沃斯讓他們沉迷於尋找冰凍森林，玩家和亨德裡克斯在與霍爾和迪亞茲DNI連接後也感染了病毒。在殺害麥塞帝後，這隊人在開羅跟蹤泰勒。泰勒打傷了玩家之後，設法抵制考沃斯並將他的DNI撕掉，以免殺掉玩家員。然而，亨德裡克斯隨後屈服於考沃斯並殺死泰勒，然後拋棄了玩家，離開開羅，來到蘇黎世科爾黎森公司總部，找到塞巴斯蒂安克魯格。而後玩家與凱恩也一起來到蘇黎世科爾黎森公司總部阻止他。兩個人來到蘇黎世科爾黎森公司，發現考沃斯正在試圖引起了諾娃毒氣的爆炸。凱恩試圖遏制它，但是考沃斯將她鎖在複合房間裡，放出諾娃毒氣在無助的玩家面前將她殺死。
使命召喚：黑色行動III--劇情剖析繼續，玩家找到拿塞巴斯蒂安克魯格當人質的亨德裡克斯。在亨德裡克斯殺死克魯格之後，玩家殺死了亨德裡克斯。玩家然後試圖殺死自己，以結束考沃斯的感染，但最終在由考沃斯創建的模擬凍結森林中，以保留死亡DNI用戶的意識。泰勒在森林中出現故障後但仍然活著，與玩家重聚，聲稱他們必須清除他們的DNI才能結束考沃斯烏鴉。在泰勒的幫助下，玩家抵制了考沃斯的最後一招，並清除了他們的DNI，從而消除了病毒。玩家在蘇黎世總部甦醒，並在蘇黎世安全部隊面前認定自己是「泰勒」。
使命召喚：黑色行動III--劇情剖析泰勒的任務報告顯示，由於併發症，玩家在dnf手術期間實際上已經死亡。直到泰勒死後的事件發生在一個模擬偏離泰勒和亨德裡克斯追捕迪倫斯通和他的隊員（哈維爾拉米雷斯，愛麗絲康拉德和約瑟夫菲耶羅），他們的隊友在找到中央情報局秘密據點後叛逃的經歷。在整個模擬過程中，玩家的意識表現在泰勒的腦海裡，表明玩家在他模擬的死亡後成功接管了泰勒的身體，直到DNI淨化後看到考沃斯消失，泰勒才重新控制自己的意識。