近年來西紅柿的死棵問題嚴重影響產量和效益，給西紅柿種植戶帶來了極大的困擾。造成西紅柿死棵爛秧可以分為真菌性和細菌性兩大病害，真菌性病害包括根腐病和枯萎病，細菌性病害主要是細菌性髓部壞死病和細菌性潰瘍病。
西紅柿根腐病
疫黴根腐：發病初於莖基或根部產生褐斑，逐漸擴大後凹陷，嚴重時病斑繞莖基部或根部一周，致地上部逐漸枯萎；縱剖莖基或根部，導管變為深褐色，後根莖腐爛，不長新根，植株枯萎而死。與腐皮鐮孢根腐病的區別是根部表皮不易脫落。
腐黴根腐：植株莖基部在土表上下2公分-3公分處出現水漬狀暗綠色病斑，根系的鬚根和次生根出現水漬狀淡褐色腐爛，不長新根，隨後發展到主根和根莖處，出現淡褐色表皮，縱剖根莖維管束為淺褐色至褐色病變，表皮腐爛後容易脫落。
西紅柿枯萎病：開花結果期始發，病初僅莖一側自下而上出現凹陷區，致一側葉片發黃，變褐後枯死；有的半個葉序或半邊葉變黃；也有的從植株距地面近的葉序始發，逐漸向上蔓延，除頂端數片完好外，其餘均枯死。剖開病莖，維管束變褐。溼度大時，病部產生粉紅色黴層，即病菌的分生孢子梗和分生孢子。
造成莖部受害的細菌性病害主要是細菌性髓部壞死病和細菌性潰瘍病。
髓部壞死：番茄細菌性髓部壞死病主要危害莖和分枝，葉片果實也會受害，症狀表現多在番茄的青果期發生。發病初期植株上中部葉片失水萎蔫，部分複葉的少數小葉片邊緣褪綠下部病莖變硬。莖表面發生黑色或褐色壞死斑。莖部長出不定根，而後在不定根附近出現至黑褐色斑塊，病斑長度在5-10釐米不等，表皮質硬。
潰瘍病：多為成株染病，發病初期植株下部葉片向上縱卷，凋萎下垂，部分植株出現萎蔫，後期，病葉葉緣枯黃，葉脈間變黃，全葉變褐枯萎，但不脫落。莖部受害，生狹長條斑，擴展迅速，後期病斑開裂，莖幹增粗，產生大量氣生根，髓部中空腐爛，有臭味散出，嚴重時植株枯死。
綜合防治
在管理過程中一定要做好根系的養護工作，通過灌根等措施來保持根系的活力和強大。
抓住防治的關鍵時期，西紅柿在三穗果時期，是營養生長和生殖生長並存的關鍵時期，也是病害的侵染期，所以在此時期做好預防工作。
進行灌根或藥劑衝施。如發病初期，合理選擇衝殺菌劑+養根類產品，對土壤病菌進行殺滅的同時，改善根系生存狀態，能起到較好的預防效果。
土壤處理。上述病菌多數存於土壤當中，又被稱為「土傳性病害」。所以，做好土壤的殺菌工作是防治的前提。在休棚期，可以深翻和灌大水，對土壤的殘存病菌進行物理法處理。也可利用高溫季節的休棚期，密閉棚室，進行高溫處理。
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