天主教本來是歐洲中世紀封建制度一個基本組成部分。西班牙和葡萄牙都是信奉天主教（舊教）的國家。而且在王權取得勝利的西班牙，「教會已成為專制政體的最牢固的工具」。西班牙王實際上是天主教會的最高首腦，直接控制教會。也就是說，國家機器和教會組織實質上是合二而一的。西班牙封建專制主義的這一特點決定了天主教會在殖民地政治生活中起著特殊的作用。葡萄牙的情況同西班牙大致相似。因此，西、葡在拉丁美洲的殖民制度可以說是王權和教權相結合的天主教殖民制度。
這是拉丁美洲殖民地不同於由新教統治的一些殖民地的一個重要特徵。天主教會在美洲殖民地一開始就具有雙重的職能，既是宗教的，又是政治的。福斯特在《美洲政治史綱》中指出:「在徵服與掠奪美洲殖民地的時候，各種教派的教會具有兩重特殊任務:第它提供了一張精神上的和宗教上的布幕，用以掩蓋全部殖民生活過程中的野蠻行為；第二，它用統治階級所提倡的麻痺人的宗教來徵服人民的心，軟化他們的抵抗。」為了執行這雙重職能，西、葡都在殖民地建立了一套龐大的教會系統，作為殖民專制統治體系的一個重要組成部分。在西班牙美洲，與總督和檢審庭的行政組織平行地設置了一套複雜的教階制度。在16世紀時，共有5個大主教區和27個主教區。到殖民地末期，增至10個大主教區和38個主教區。
大主教和主教都由國王直接任命，聽命於國王。教會的顯貴人物正式被授予官職。大主教在殖民地是僅次於總督的重要人物。有時代行總督職權。各類教派在殖民地到處建立眾多的教堂、修道院和寺院，擁有數以萬計的神甫、僧侶和修道士。在巴西，設立了一個大主教區和四個主教區（後主教區增至10個）。其權勢與西班牙美洲的教會相同。這一支由神職人員組成的十字軍，甚至比世俗的專制官僚機器對殖民地人民的統治更有成效。在政治上，它是統治殖民地人民的一把殺人不見血的軟刀子，用宗教法庭特別是異端裁判所殘酷鎮壓人民；在經濟上，它是殖民地最大的地主和剝削者，一般擁有殖民地全部土地的三分之一，在文化教育方面，它是殖民地的唯一的精神統治者，公開宣揚「黑人是為著做奴隸而生」的奴隸主哲學。
天主教會進行殖民統治的一種特殊組織形式，是所謂傳教會制度。為了對付難以用武力徵服的印第安人，天主教會就以傳教的方式，在一些地區（主要是邊遠地區）建立獨立的教會管轄區和教會村落，進行神權統治。這種傳教會盛行於巴拉圭、烏拉圭、阿根廷北部、墨西哥和巴西南部等地。其中以耶穌會從1605年開始在巴拉圭亞松森創建的傳教會中心最為著名，到18世紀中，在當地建立了近30個歸化區（ reducciones），統治著約15萬瓜拉尼印第安人，歷時近兩個世紀。這些傳教區擁有自己的軍隊和教會法庭，佔有廣達數千平方英裡的耕地和牧場，利用印第安人原始公社制的形式，建立起一套神權專制，把政治、經濟、宗教合為一體，組織印第安人的廉價勞動力，建立起巨大的種植場和各種工場，搜刮和生產了大量的財富。
到1767年耶穌會被逐出殖民地時為止，耶穌會教士在西班牙美洲統治和剝削了總計約七十多萬印第安人在巴西，耶穌會的勢力及其所起的作用比在西班牙美洲還更大，是深人內陸進行殖民徵服的一支最重要的力量。殖民徵服的主要目的是掠奪殖民地的財富。埃爾南多·科爾特斯踏上古巴的土地時說過一句很典型的話:「我是來搞黃金的，不是來當農民耕種土地的。」這一語道破了西班牙殖民者的罪惡目的。在最初，掠奪財富是以搶劫、勒索、盜竊等方式進行的，是極其原始的，純粹掠奪性的。
這種殖民劫掠方式不論在任何地方都不能維持長久。「但是要能夠劫掠，就要有可以劫掠的東西，因而就要有生產。而劫掠方式本身又決定於生產方式。」這是馬克思主義的一個基本觀點。在殖民初期，不論在西班牙美洲和巴西都沒有發現金銀礦藏，而那裡的土地卻是極其遼闊的，原著居民是現成的。因此，如何佔有殖民地的土地和剝削印第安人的勞動力，就成為早期殖民者統治殖民地所面臨的重要的問題。
西、葡在美洲建立的剝削當地原著居民的殖民制度，是經過相當長的時期逐步建立起來的，同時也是受西、葡兩國本身的生產方式所決定的。當哥倫布等殖民冒險家佔有西印度群島以後，就把島上的土地和土著民居民作為自己的戰利品加以隨意支配。1499年，根據西班牙殖民者的請求，西班牙王授權哥倫布把聖多明各島上的土地分配給每個殖民者。
後來，這種強佔印第安人土地分配給殖民者的辦法，隨著殖民徵服的擴大推廣到了西班牙美洲各地當科爾特斯徵服墨西哥之後，得到了包括22個市鎮的大片土地的賞賜」，這片土地面積不少於25000平方英裡，住有1150印第安人。皮薩羅在秘魯得到了差不多相同的土地「賞賜」。較次的頭目得到上千英畝的土地。一般隨從得到500到1000英畝的騎兵份地（ caballerias）甚至普通士兵都分得50-60公頃的份地（peonias）。從上到下，莫不有賞。這種封建賞賜形式的土地佔有制度，是拉丁美洲大地產制的最初的起源。