現在，趙高徑直找到李斯，有恃無恐地對他坦言：「皇上駕崩一事，外人無從知道。皇上賜遺詔給長子，詔書及符璽在我那裡，還沒送出。現在定誰為太子，全在丞相一句話，丞相認為該怎麼辦呢？」李斯不是吃乾飯的，經驗十分豐富，知道皇帝的遺詔扣留在趙高手中，李斯也聽出了趙高話裡有話，裝作十分吃驚，義正詞嚴地說：「怎麼可以說這種話呢？這不是身為人臣該說的話啊！皇上的遺詔不是早就發出了嗎？」趙高不急不忙地說：「先生，你自己估量一下，你比蒙恬更有才能嗎？你比蒙恬對國家的功勞更高嗎？你比蒙恬更能深謀遠慮嗎？你比蒙恬更受天下人歡迎嗎？你比蒙恬更能贏得長子扶蘇的信任嗎？」
李斯很瞧不起趙高處處與別人相比，唯恐自己落後，李斯說：「這五樣我都比不上大將軍蒙恬，可是，你為何對我如此苛求責備呢？」趙高並不生氣，很有耐心地解釋說：「我趙高只是內官的一名廝役也，幸得以刀筆之文進入秦宮，管事20餘年了，從來沒有看到被秦王所罷免的丞相或功臣是曾經連封兩代相繼為官的，這些大臣最後都是被誅戮而死的。皇帝近20個兒子，你都是很了解他們的。尤其是長子扶蘇，剛毅而武勇，信人而奮士，他如果繼位，必定任用蒙恬為丞相。到那個時候，你還能衣錦還鄉嗎？這是多麼明白的事情啊。我奉秦王的詔令指導胡亥學習，他學習法令諸事好多年了，從沒有出現差錯。胡亥慈仁篤厚，輕財重士，盡禮敬士，秦國的王子公子都不上他，我認為胡亥可以立為太子。先生最好想個辦法，把這件事情定下來！」
李斯立刻否定說：「君主的繼位怎麼可以混亂其序呢。我奉主之聽天之命，堅決執行就是了，還有什麼可以考慮定下來的事情呢？」李斯非常明白，相比於胡亥而言，長子扶蘇即位，既符合第一皇帝遺詔，又能保全自己丞相的地位。假如，胡亥即位，只會感激他的老師趙高。所以，李斯必須全力、積極、巧妙地反對胡亥即位。趙高說：「安可危也，危可安也。安危不定，何以貴聖？」李斯說：「我李斯啊，原來不過是上蔡民間的一個普通百姓，皇上提拔我做丞相，還分封侯位，子孫都可以繼承，原本是要把國家存亡安危的重擔託付給我。我豈能辜負皇帝對我的期望呢？」其實，趙高更瞧不起李斯的迂腐，瞧不起李斯的不明事理。趙高說「我聽說聖人處世，會順應時代，凡事靈活變化，見末而知本，觀指而睹歸，不會固執不通。事物的發展本來就是千變萬化，先生怎麼能固執永恆不變的準則呢？現在，天下的命運都掌握在胡亥手中，先生依附外面的扶蘇來制約掌握皇權的胡亥，應該叫做糊塗，先生是臣子，挾制胡亥，不是亂臣賊子嗎？所以，故秋霜降者草花落，水搖動者萬物作，這是客觀規律啊。先生怎麼就不明白道理呢？」
李斯固執地說：「我聽說晉國廢了一次太子，結果三代政局混亂；齊國也是如此，齊桓公和弟弟爭奪王位，他的弟弟被殺身死；商紂王殺了叔父比幹，不聽勸諫，因此戰亂使都城變成一片廢墟，連國家也滅亡了。這三件事情都是違背天理的典型，弄得宗廟沒人祭祀。我李斯如果和他們一樣，還用得著你和我商議此事嗎？」李斯的觀點已經非常明白了，因為同意了就會動搖自己的地位。但是，趙高開始以「禍及子孫」的口吻威脅李斯。相比於死亡，地位的動搖已經成為了唯一的選擇。李斯終於沉默下來，不再言語。就在李斯獨自一人「仰天而嘆，垂淚太息」的時候，趙高已經向胡亥報告了：「臣請奉太子之命以報丞相，丞相(李)斯敢不奉令！」在這個風高月黑的夜晚，趙高和胡亥篡改了皇帝的遺詔，不僅立胡亥為太子，而且令長子扶蘇自盡。
扶蘇接到老爹的「遺詔」後，如晴天霹靂，肝膽俱裂，失聲痛哭。扶蘇不敢違背遺詔，進入內室就要拔劍自殺。儘管「遺詔」之中同樣命令大將蒙恬自殺，但是，蒙恬不是吃乾飯的。蒙恬的直覺告訴自己：其中有詐。蒙恬勸說扶蘇：「皇上一直在外地巡視，沒有立太子。當時，皇帝命令我和30萬將士戍守邊疆，還派遣公子您擔任監軍，是天下的重任啊。今天使者剛送來詔書，您就自殺，怎麼能知道其中是否有詐？我認為，您應該向皇上申訴，說明這裡的實情，說明我們的功績，如果皇帝堅持，再自殺也不遲啊。」看到蒙恬勸說扶蘇，使者幾次要將蒙恬驅趕出去。扶蘇說：「父皇賜兒子死亡，兒子還有什麼好申訴的呢？」扶蘇拔劍自殺了。蒙恬不肯自殺，使者也不能違背「遺詔」而殺死蒙恬，只好將蒙恬囚禁在陽周，按照「遺詔」，兵權移交給副將王離。
這時，胡亥、趙高、李斯一行人護送皇帝的遺體還在路上。由於天氣炎熱，屍體發出惡臭。為了掩人耳目，趙高命令隨行的所有車車攜帶「一石鮑魚，以亂其臭」。大隊人馬回到了鹹陽，胡亥坐在了王宮之中，這時，趙高才開始公天下，皇帝已經駕崩，舉國舉行葬禮，「九月，葬始皇酈山」。胡亥順利登上了皇帝的寶座，稱為秦二世，時年21歲。