其後每多疾病，因謂人曰："吾少長戎馬，所經二百餘陣，屢中重瘡。計吾前後出血亦數斛矣，安得不病乎？"—《舊唐書》
這是秦瓊對於自己在貞觀年間一直生病的交代，看起來似乎很有道理。他戎馬一生，前後經歷了二百多戰，受傷無數，吐出來的血也有幾十鬥了，又怎麼可能不生病呢？這並非虛言。
秦瓊在戰場上很是拼命，以「勇悍」著稱，更能「刺驍將於萬人中」，衝鋒陷陣不在話下，比如當初跟著李密的時候，適逢瓦崗軍與驍果軍戰於童山，戰況激烈，李密都被流矢所擊中，左右的將士都嚇得慌了神，四散開去。
只有秦瓊拼死殺出一條血路，將李密救了出來，又收攏四散的將士與宇文化及決戰，最終贏得了童山之戰，我們完全可以想像得到，秦瓊在此戰中必然受了不少的傷，留了不少的血。
而且這還只是一例，事實上，秦瓊在隋末唐初經歷的大大小小的戰爭有兩百多場，俗話說「常在河邊走哪有不溼鞋」，經歷了這麼多戰爭，怎麼可能沒有受傷流血呢？
從這裡來說，秦瓊在貞觀年間病倒了是完全說得通的，但是奇就奇在，秦瓊是病了12年，從李世民登基開始生病一直到638年去世。這怎麼看都不像是真病，或者說即便是真病，也不可能病了12年。
很多人對此的解釋是，秦瓊是裝病，目的就是急流勇退，不參與朝堂之爭。這的確是很有可能的，要知道秦瓊並非李世民身邊驍勇善戰的唯一一名武將，還有尉遲敬德和程知節等人，都是在戰場上衝鋒陷陣的主，他們和秦瓊一樣，身上總是新傷遮舊傷。
為什麼偏偏秦瓊就病倒了呢？還病了12年，這不合常理啊，唯一的解釋就是秦瓊即便是病也沒有病很久，大部分時候就是在裝病。
對於裝病這個事實，很多人都是贊同的，但對於他為什麼裝病，則有很多人所持的觀點是，秦瓊是忠於大唐而不是忠於李世民，所以沒有參與626年的事情。事實真如此嗎？四姑娘翻閱史籍，兩唐書中均有秦瓊參與此事的記載。
比如《舊唐書·秦叔寶傳》記載：「六月四日，從誅建成、元吉。」和《舊唐書·長孫順德傳》記載：「武德九年，與秦叔寶等討建成餘黨於玄武門。」等等。
就算沒有這些記載，也不難想像的出他會參加，畢竟秦瓊投唐之後就跟著李世民，一直就職於秦王府和天策府，他投唐後的第一個職位就是秦府馬軍總管，之後更是李世民麾下的得力幹將，他不對李世民忠心對誰忠心？他不站李世民這一邊站誰那一邊？
那麼，既然他參與了這件事，為何在李世民登基之後還是裝病了呢？這其中的原因可以從他的祖父和父親身上找到答案。
上個世紀末，山東濟南的一個村裡發現了一個隋唐時期的墓葬，經過發掘，發現墓主正是秦瓊的父親秦愛。墓中出土了一尊墓誌，其上的墓志銘向我們展示了秦愛的一生。
根據墓志銘的記載，秦家算得上是簪纓之家，當然，當然，到了秦愛祖父這一代，秦家已經大不如前，在北齊的眾多世家大族中可能僅處於中等地位。秦愛的父親秦方太在北齊做廣寧王記室，秦愛則在斛律武都府上做錄事參軍。
很多人可能沒有聽說過斛律武都這個人，實際上他的來頭不小，他是北齊的駙馬，妻子是北齊義寧公主，能成為駙馬的人，家世自然非同小可，實際山，斛律武都的父親正是北齊歷史上赫赫有名的大將軍斛律光。
斛律光和段韶、高長恭是北齊的三大戰將，為北齊築起了堅固的長城，因為有他們的存在，北周攻打北齊數次失利。但是這三人卻在三年的時間裡相繼死亡，除了段韶是真的病死之外，斛律光和蘭陵王高長恭都是被害死的，而害死他們的正是北齊後主高緯。
斛律光治軍很嚴，為官低調，因其身份特殊，一個女兒是皇后，兩個女兒是太子妃，三個兒子是駙馬，可謂顯赫高門，但斛律光卻戰戰兢兢，因為朝中很多小人嫉恨他，總想除之而後快，比如祖珽、穆提婆。
再加上北周畏懼斛律光，遂編造不利於斛律光的謠言，這個謠言正好被北齊的這些小人拿來挑唆高緯除去斛律光。而高緯也就真的設了一計，將斛律光騙到涼風堂，將其殺死。
緊接著，高緯又將斛律光的家人都處死了，這其中就包括斛律光的長子斛律武都。斛律光慘死的第二年，高長恭也被高緯賜了一杯毒酒。三大戰將接連死去，北齊再也無將可用，北周武帝大舉進犯，輕而易舉就滅了北齊。
北齊滅亡之後，北周也因為北周武帝的去世而迅速衰落，很快就被隋朝取而代之，而北齊、北周的很多人都入朝為官，成為隋朝的官員，但是秦方太和秦愛父子倆卻沒有再進入官場，根據墓志銘記載：「周武平齊，君（秦愛）乃告歸鄉裡。」
從那時起就隱居了起來，當時的秦愛剛剛步入而立之年，但已經對官場心灰意冷，在齊州歷城縣隱居了三十多年，一直到大業十年去世。
那三十多年裡，不是沒有人求請秦愛出山，但他始終不為所動，不過就是對官場心灰意冷，他當年在斛律武都身邊做事，親眼看到北齊的朝政是如何的混亂，官場上是怎樣的勾心鬥角，斛律光那樣一個個為國盡忠的大將卻有那樣一個結果，實在是讓人寒心，所以他和父親寧願隱居，也不願意出仕。
秦瓊作為秦愛的兒子，從小跟著父親和祖父隱居，自然耳濡目染了很多官場的事情，這對他的影響很大。他長大後雖然願意參軍建功立業，但等天下大定之後，他不願意入朝參與到爾虞我詐的鬥爭中去。
所以等到李世民登基，天下已然平靜下來，他這樣的武將已經沒有多少用處的時候，文臣和武將之間必然不會團結如初，他選擇急流勇退，也學祖父和父親，隱居下來。但他是大唐的大功臣，不可能退隱到家鄉去過閒適的日子，只能在左武衛大將軍的位子上稱病。
這一病就是12年，直到638年去世。秦瓊的所作所為，是李世民樂意見到的，貞觀年間，文臣的作用已然超過了武將，正是偃武修文的時候，秦瓊的做法無疑是識時務的，所以李世民自然允了秦瓊，由著他一直「生病」。
秦瓊去世之後，李世民「特令所司就其塋內立石人馬，以旌戰陣之功焉。」這是獨一份的榮譽，五年之後，秦瓊的畫像又入了凌煙閣，成為凌煙閣二十四功臣之一。