西沙群島為我國南海諸島中最大的群島，自然資源豐富，該群島珊瑚礁是典型的大洋型珊瑚礁，代表著我國現存最古老最珍貴的珊瑚礁，具有不可估量的社會經濟價值。該群島珊瑚礁生態系統海洋生物資源豐富，具備保護的物質基礎，也有足夠的面積能有效保護造礁石珊瑚的生長和發展。西沙珊瑚礁區域是我國沿海地區珊瑚礁生態系統的發源地，珊瑚礁系統最完整和完好，因此保護管理的難度相對其他地區和海域要小得多，可保護性高。
我國的珊瑚礁，從臺灣島及其離島開始，一直到南海均有分布，以南海諸島為多。我國造礁石珊瑚分布區類型有：大洋典型分布區（西沙群島和南沙群島）、過渡區（海南島沿岸）和北緣分布區（華南沿岸）3大類。
但目前我國的國家級珊瑚礁自然保護區就有2個分布於海南島沿岸和華南沿岸，即三亞珊瑚礁國家級自然保護區和徐聞珊瑚礁國家級自然保護區。西沙群島珊瑚礁屬於世界珊瑚礁的大洋典型分布區，是我國近海域目前保存相當完好和極為珍貴的珊瑚礁區域。
應該指出的是，我國沿岸珊瑚礁區域的珊瑚礁在親緣關係上都來源於西沙群島及南海諸島的珊瑚礁。也就是說，以西沙群島珊瑚礁為代表的我國大洋型珊瑚礁是我國現存珊瑚礁中最古老最原始也是最珍貴的珊瑚礁。這可以說是西沙群島珊瑚礁的典型性和唯一性的特點。
另一個重要的事實是，在1997-1998年間發生的厄爾尼諾現象影響下，世界各地的珊瑚礁區域都有大規模的珊瑚白化死亡事件發生，但西沙群島由於其獨特的地理位置而受到季節性上升流的影響，對厄爾尼諾現象的反應並不明顯，沒有觀察到大面積的珊瑚白化現象。這是西沙群島珊瑚礁的典型性和獨特性的又一鮮明的體現，同時也說明西沙群島珊瑚礁區域的可保護性很強。如果西沙群島珊瑚礁區域可以建設成為國家級自然保護區，這裡的珊瑚礁將得到更為有效的保護，這對我國熱帶珊瑚礁生態系統的保護具有重大意義。
西沙群島遠離祖國大陸，少數島嶼和礁石上有守備部隊，漁民偶爾上島只為物資補給或尋求救援所需。目前該群島還沒有開放旅遊業，島礁附近的人類活動相對於國內其他珊瑚礁區域較少，所以受人為幹擾相對較小，海區的汙染相對來說較輕。迄今為止，西沙群島珊瑚礁區域還沒有出現珊瑚天敵長棘海星的大規模暴發現象。這裡的珊瑚礁生長良好，珊瑚礁生態系統古老複雜而且穩定，是我國沿海地區珊瑚礁生態系統的發源地。因此，西沙群島珊瑚礁保護管理的難度相對其他地區和海域要小得多，其可保護性和保護價值均很高。