cDNA探針
cDNA是指互補於mRNA的DNA分子（complementary DNA）。cDNA是由RNA經一種稱為逆轉錄酶的DNA聚合酶催化產生的。攜帶逆轉錄酶的病毒侵入宿主細胞後，病毒RNA在逆轉錄酶的催化下轉化成雙鏈cDNA，並進而整合入宿主細胞染色體DNA分子，隨宿主細胞DNA複製同時複製，這種整合的病毒基因組稱為原病毒。在靜止狀態下，可被複製多代，但不被表達，故無毒性，一旦因某種因素刺激而被活化，則該病毒大量複製。如其帶有癌基因，還可能誘發細胞癌變。
逆轉錄現在已成為一項重要的分子生物學技術，廣泛用於基因的克隆和表達。從逆轉錄病毒中提取的逆轉錄酶也已商品化。最常用的有AMV逆轉錄酶。利用真核mRNA3′末端存在一段聚腺苷酸尾，可以合成一段寡聚胸苷酸用作引物，在逆轉錄酶催化下合成互補於mRNA的cDNA鏈，然後再用RNaseH將mRNA消化掉，再加入大腸桿菌DNA聚合酶I催化合成另一條DNA鏈，即完成了從mRNA到雙鏈DNA的逆轉錄過程。
所得到的雙鏈cDNA分子經S1核酸酶切平兩端後接一個有限制酶切點的接頭(Adapter),再經特定限制酶消化產生粘性末端，即可與含互補末端的載體進行連接。常用的克隆載體是λ噬菌體DNA，如λgt、EMBL和Charon 系列等。用這類載體可以得到包含105以上轉化子文庫，再經前面介紹的篩選方法篩選特定基因克隆。用這種技術獲得的DNA探針不含有內含子序列。因此尤其適用於基因表達的檢測。
（三）RNA探針
RNA探針是一類很有前途的核酸探針，由於RNA是單鏈分子，所以它與靶序列的雜交反應效率極高。早期採用的RNA探針是細胞mRNA探針和病毒RNA探針，這些RNA是在細胞基因轉錄或病毒複製過程中得到標記的，標記效率往往不高，且受多種因素的制約。這類RNA探針主要用於研究目的，而不是用於檢測。例如，在篩選逆轉錄病毒人類免疫缺陷病毒（HIV）的基因組DNA克隆時，因無DNA探針可利用，獲得HIV的全套標記mRNA作為探針，成功地篩選到多株HIV基因組DNA克隆。
隨著體外逆轉錄技術不斷完善，已成功的建立了單向和雙向體外轉錄系統。該系統主要基於一類新型載體PSP和PGEM，這類載體在多克隆位點兩側分別帶有SP6啟動子和T7啟動子，在SP6RNA聚合酶或T7RNA聚合酶作用下可進行RNA轉錄。如果在多克隆位點接頭中插入了外源DNA片段，則可以以DNA兩條鏈中的一條為模板轉錄生成RNA。這種體外轉錄反應效率很高，在1小時內可合成近10μg的RNA產物。只要在底物中加入適量的放射性或生物素標記的dUTP，則所合成的RNA可得高效標記。該方法能有效地控制探針的長度並可提高標記分子的利用率。
RNA探針和cDNA探針具有DNA探針所不能比擬的高雜交效率，但RNA探針也存在易於降解和標記方法複雜等缺點。