目前，根據JCR分區表對SCI論文進行評價的模式已被國內部分高校和科研機構採納，因為它有利於鼓勵科研工作者向本學科的高級區域投稿。國內主流參考的SCI分區依據主要有中科院JCR分區表以及湯森路透JCR的Journal Ranking分區兩種。其中，中科院期刊分區表則被更多的機構採納以作為科研評價的指標。
中科院JCR分區表概況
由於不同學科之間的SCI期刊很難進行比較和評價，中國科學院國家科學圖書館世界科學前沿分析中心（原中國科學院文獻情報中心），對目前SCI核心庫加上擴展庫期刊的影響力等因素，以年度和學科為單位，對SCI期刊進行4個等級的劃分。一般而言，發表在1區和2區的SCI論文，通常被認為是該學科領域的比較重要的成果。
期刊學科劃分
中科院JCR分區表對所有期刊的學科劃分作出如下規定：
大類學科：醫學、生物、農林科學、環境科學與生態學、化學、工程技術、數學、物理、地學、地學天文、社會科學、管理科學及綜合性期刊，共13個大類。
小類學科：即JCR學科分類體系Journal Ranking確定的176個學科領域。
需要注意的是，一本期刊只可屬於一個大類學科，但是一本期刊卻可以屬於多個不同的小類學科。例如期刊Advanced Materials，只屬於「工程技術」的大類學科，但具體可進一步細分為5個小類學科。
LetPub統計了JCR2014發布的8618種SCI期刊在各中科院大類分區下的數量，其中醫學類、工程技術類、生物類的期刊總數最多。
期刊分區方法
中科院期刊分區依據也是基於一個期刊的影響因子，但是採用的是三年平均影響因子，優點是減少了有些期刊影響因子逐年波動較大帶來的不穩定因素。
具體方法：根據13個大類學科，分別將各大類的SCI期刊由3年平均影響因子劃分為1區（最高區）、2區、3區和4區四個等級。中科院分區的1區到4區的期刊數量不等，呈金字塔狀分布。前5%為該類1區、6%～20% 為2區、21%～50%為3區，其餘為4區。
中科院分區表的大類分區中還會遴選出一些優秀的Top期刊：1區期刊直接劃入Top範圍內；2區中2年總被引頻次指標位於前10%的期刊也歸入Top期刊集合。
中科院JCR分區與湯森路透JCR分區的比較
學科劃分不同：
湯森路透JCR的Journal Ranking沒有設置大類學科，只分為176個具體學科，也就是中科院分區表中所指的小類學科。
分區方法不同：
Journal Ranking以當年的影響因子為基礎，每個學科分類按照期刊的當年的影響因子高低，平均分為Q1、Q2、Q3和Q4四個區，Q表示Quartile in Category。湯森路透分區中期刊的數量是均勻分為四個部分，而中科院分區表四個區呈金字塔型分布，缺點是一區期刊數太少。
合併/更名期刊的處理方式不同：
中科院分區表是基於JCR的數據，但對於JCR中期刊刊名更名/合併的情況進行數據規範處理。對於變更刊名的期刊，JCR會保留兩個刊名，會計算兩個影響因子。中科院分區表會將變更前期刊數據合併到變更後的期刊，且重新計算影響因子，只保留變更後刊名和ISSN。