爭分奪秒!百度AI助力CDC完成北京疫情病例樣本病毒全基因組測序和...

2020-12-04 百度

北京新一輪疫情牽動著人們的心,病毒基因組測序分析工作尤為迫切。為支持北京市疫情防控技術需要,中國疾控中心病毒病所應急技術中心在6月11日接收到北京市疾控中心送檢4份病例標本後,馬上開展核酸檢測與基因組測序等應急支撐工作,6月12日第一時間完成相關病例樣本病毒全基因組序列測定和分析工作,並及時報告給國家衛健委及北京市相關部門,為北京新冠疫情防控與病毒溯源提供重要科技支撐。

這次中國疾控中心迅速完成病毒全基因組序列測定和分析工作,「中國CDC應急技術中心-百度基因測序工作站」發揮了重要作用。中國疾控中心病毒病所應急技術中心主任譚文杰表示,基於團隊前期建立優化的新冠全基因組測序技術方案,藉助百度資助的先進測序儀,樣本接收後10個小時即完成了北京四個樣本的全基因組測序。這也是百度的AI大數據能力支持的「中國CDC應急技術中心-百度基因測序工作站」首戰告捷。

為共同推動新冠肺炎病毒基因組分析與新型疫苗研究工作,今年4月,百度與中國疾病預防控制中心病毒病預防控制所籤署戰略合作協議,雙方聯合設立「中國CDC應急技術中心-百度基因測序工作站」。 同時,百度為該工作站配備了一整套先進的二代與三代測序設備平臺,並協商制定了全面開展新冠肺炎相關研究的合作計劃,基於百度研發的線性二級結構預測算法LinearFold、mRNA疫苗二級結構設計算法LinearDesign、Covseq新冠病毒分析溯源可視化平臺等領先技術,助力新冠肺炎相關研究,並長期支持公共衛生相關科學研究。

疫情爆發以來,百度持續運用AI、大數據等前沿技術助力疫情防控。

目前,百度研究院研發的線性二級結構預測算法LinearFold已經陸續在各基因檢測機構、防疫中心及全世界科學研究中心投入應用。LinearFold可將此次新型冠狀病毒的全基因組二級結構預測從55分鐘縮短至27秒,提速120倍,節省了兩個數量級的等待時間,是RNA結構預測領域40年來第一次重大提速。1月30日,百度已向全球免費開放LinearFold算法及世界上現有最快的RNA結構預測網站,以提升新型冠狀病毒RNA空間結構預測速度。

基於LinearFold算法,百度研究院5月推出全球首個mRNA疫苗基因序列設計算法LinearDesign,專門用於優化mRNA序列設計的高效算法。LinearDesign能在16分鐘內大大提升mRNA疫苗設計的穩定性和蛋白質表達水平,大大加速疫苗研發速度。中國疾病預防控制中心後續將使用LinearDesign算法設計的mRNA疫苗序列進行體外實驗,驗證疫苗的穩定性和蛋白質表達效率。

當下新冠病毒還在持續變異中,對病毒進行監控、溯源和研究追蹤對於了解疫情源頭,控制疫情傳播至關重要。百度也將持續和中國疾控中心病毒病所合作,以「中國CDC應急技術中心-百度基因測序工作站」為基地,提供包括病毒進化樹分析,病毒變異追蹤、溯源、可視化等一體化算法能力,幫助後者實現快速病毒測序,分析和監控,共同推動新冠肺炎相關研究,早日戰勝疫情。

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