電影《懸崖上的金魚姬》在構思最初，宮崎駿在聽歌劇《女神武》，金魚姬原定的名字叫布倫西德，也就是女神武中人物的名字，但後來又改名為波妞，而宗介的名字來源於夏目漱石的小說《門》中人物的名字。
在電影《哈爾移動的城堡》上映期間，吉卜力全體成員度假旅遊，在一個靠近瀨戶內海的小城度假時，大家住在一個可以看見大海的懸崖邊上的旅館裡，也是在那裡靈感激發成就了《懸崖上的金魚姬》
宮崎駿的電影中經常會出現美食，而《懸崖上的金魚姬》自然也不例外，其中理沙為波妞和宗介煮拉麵時，宮崎駿本人特別喜歡吃菠菜拉麵，但是當時卻怎麼也畫不出滿意的菠菜，所以最後拉面上的蔬菜改為蔥段。
波妞吃拉麵時，碗裡有兩片火腿。畫師最開始的創作原本是讓波妞拿起上面的那片，但經過思考，覺得下面的那片浸滿了湯汁，味道會更香更好吃，就調整了該細節，體現了畫師們追求細節到極致的創作態度。
《懸崖上的金魚姬》的主角波妞這麼萌的品種是真實存在的，學名叫太平洋真圓鰭魚，生活在日本青森縣、北海道、東日本海與東海北東部等水深90-150米比較寒冷的海域，在日本被成為氣球魚，他們外表圓滾，嘴巴經常保持張開的狀態，而且因為不擅長遊泳的緣故，只能用吸盤將身體固定在巖壁上，以避免被水流衝走或者天敵所害。
《懸崖上的金魚姬》中宗介經常去的一個向日葵園，院子裡面盛開的花是劍蘭，劍蘭的花語是熾熱的愛，思念，努力，這也是宮崎駿對整個故事情節的一個映射。
《懸崖上的金魚姬》不僅讚揚了最純粹的愛情和親情，還有對人類破壞環境的警示，藤本是波妞的爸爸，他原本是一個人類，但因為愛上了曼瑪蓮（波妞的母親）而後跟曼瑪蓮來到了海底生活成為了魔法使。要知道藤本之前也是人類，但現在的他十分厭惡同類，這的確有些說不通，其實藤本鄙視人類是有原因的，就是因為人類肆意的汙染海水，導致海底充滿了垃圾。他厭惡人類對海水的汙染，所以鄙視任何人類，就是覺得他們沒有一顆愛護環境的善心。所以我們第一次見到波妞的時候，她就藏在一個玻璃瓶中，要知道海底世界很少有這類東西，而波妞頭次登場卻以一種在玻璃瓶的形態出現，最終還是宗介打爛瓶子，波妞才從中解脫
在《懸崖上的金魚姬》製作期間，宮崎駿每個星期要做三次按摩，分別是周二和周末，其中周末的兩位按摩師傅是宮崎駿的熟人，宮崎駿覺得效果大不如前，又重新找了一名按摩師，在周二時追加按摩
電影《懸崖上的金魚姬》的結尾名單是宮崎駿最喜歡的部分之一。名單裡面沒有參與人員的職務之分，所有人員的名字全部由假名的順序排列，無論是大投資者還是小的工作室全都一視同仁，由於沒有職務標註，所以看不出誰是導演誰是製作人，就連經常在工作室附近的三隻流浪貓都出現在這份別出心裁的名單上。