動物基因組學（帝王計劃）研究機構的一個小組在一座廟裡研究著魔斯拉。她從幼體中孵出，在一群僱傭兵襲擊這個機構時，魔斯拉逃了出去。然後她在一個瀑布包了繭，隨後破繭而出，完成了全形態生長。在2014年，哥斯拉被整個世界看到後，「帝王組織」在水下建了一個基地，在這個位於水下好幾英裡的水中基地中，他們研究著哥斯拉和其它可能存在的生物。那是他們真正的研究核心。
長期沉睡於地底和冰川裡面神秘的巨獸在星球上面已經有上萬，甚至好幾萬年的歷史，它要把這個星球重新奪回它自己的手下。為了大自然的一個自然平衡物，哥斯拉甦醒了，它去消滅那些未來可能會去損害大自然平衡的生物。後來，哥斯拉和魔斯拉、拉頓以及它的強敵基多拉相遇。此前一直被認為只存在於神話當中的古老的超級怪獸一一登場，他們將為爭奪「怪獸之王」而戰，人類的生存也受到嚴重威脅。
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