這個問題不可一概而論，還需要具體問題具體分析對待。當然，缺肥會影響作物根系的生長發育，造成植物根系不發達。但是在實際生產中，植物根系不發達，更多的情況並不是缺什麼肥，反而可能是施肥過量等施肥不當等原因造成的。具體是怎樣的情況，咱們來看一下吧。
情況一：施肥不當造成植物根系不發達
1.就如題主所述的缺乏某種營養成分。在一些情況下，植物缺乏磷元素會直接影響根系根尖生長點細胞的分裂和伸長，進而造成植物根系生長發育受阻，根系纖細瘦弱，甚至生長停滯；作物缺乏硼元素，可造成作物根系或莖端細胞壁發育不正常，從而造成根尖或莖尖生長點發育不良或停止生長，進而造成根系或植株生長衰弱，不健壯、發達，嚴重的可導致植物死亡。
2.淺肥傷根。如在種植農作物時，尤其是多年生經濟林木，有些農戶習慣採用撒施方式施肥。這裡咱們且不談肥料利用率，但就淺施肥這一方面也是很有問題的。因為作物根系具有趨肥特性，淺施肥料使得作物根系向有肥處生長，這樣一來不利於根系的向下深扎，造成植物根系過淺，形不成穩固的根基，待遇到大風、乾旱、缺肥等情況下，抗逆性不足，進而對正常生長造成威脅。
3.施肥離植物過近。把肥料施於作物根部的主幹附近，會造成作物根系附近土壤溶液濃度過高，導致根系內部水分被「吸取」出來，出現失水的燒根現象。
4.施肥過量。土壤施肥過量，也會造成根系附近土壤溶液濃度升高，造成作物燒根。另外，過量的養分會打破作物的營養生長與生殖生長間的平衡，造成作物的徒長或早熟。
5.濫用化肥。長期濫用化肥會破壞土壤理化性質，造成土壤酸鹼化，有機質含量降低，土壤活性降低，根系附近營養交換與吸收受到影響，長期可進而影響作物根系的正常生長與發育。
6.使用劣質肥料。尤其是施用未經充分腐熟的有機肥，它會攜帶大量的病蟲原菌、激素及無機鹽，可直接對作物根系造成損傷。未腐熟的有機肥施用於作物，在田間會再次發酵，並釋放出大量的熱量和氨氣，給植物根系造成燒根或氨害。另外，施用劣質化肥，由於其養分種類不全、含量過低，導致作物不能及時得到足夠所需養分，從而根系生長發育受到影響。再者，劣質肥料一般都含有一些有害物質，會對作物根部帶來傷害。
7.作物敏感元素。例如在柑橘種植過程中，其對氯元素較敏感。肥料施用不當，導致田間氯元素含量過高時就會使柑橘樹出現氨害，這對柑橘的根系也會帶來損傷。
情況二：植物種植不科學
一些農作物在種植的過程中，需要先進行苗床育苗，再定植移栽到大田中。如果定植方法不科學或定植時間不適宜就會影響農作物根系的生長，造成作物根系長時間緩不過勁，出現根系不發達，甚至爛根死棵的情況。比如茄子較不耐澇，如在定植時，採用平畦而沒有採用起壟栽培，在日常的栽培管理中就容易造成漚根死棵現象。
情況三：澆水不當
還以茄子栽培為例，在大田生長管理過程中，澆水不當，如澆水過勤、水量過大，使茄子根系長期處於不適宜的環境中，就會出現根系發育不良的情況，嚴重的還會出現爛根死棵。
情況四：土壤惡化
當土壤偏酸或偏鹼會造成土壤有機質含量降低，土壤透氣性降低，微生物活性下降，此時就是給農作物施用再多的肥料，也不能被作物吸收和利用，而根系受土壤酸鹼不適宜的影響，生長發育受到影響，進而會影響到農作物的生長。
情況五：植物藥害或病蟲危害
農作物在噴施農藥不當會造成藥害。而農作物在地上部位受到危害的同時，對地下部分根系的影響也很大。這是由於作物根系幼嫩，藥害傳導至根部後也會造成根部的藥害，根系不能正常生長，嚴重的根系發黃、畸形甚至萎縮死亡。另外，植物地上部位與地下部位的生長是相互促進的。地下部位為地上部位提供土壤中更多的養分供應其生長發育，而地上部為的光合作用又能促進地下根部的生長。當植物受到病蟲危害時，植株地上部為光合作用下降，進而會對根部正常生長造成影響。
植物根系不發達可能是缺肥（如磷肥、硼肥等）的原因，也可能施肥不當或其他不利的生產管理因素造成的。