一個不以搞情報為主業的特務許忠義，在軍統內專搞分化和物資，處於解放全中國前夕的瀋陽，我們看到了一個在物質利益面前不一樣的軍統。這或許就是《滲透》與《潛伏》最大的不同，但是並不等於說滲透中沒有情報戰，相反，獲得齊公子的「滲透計劃」反而成了最大的情報。而這種滲透與反滲透卻成了即將到來的和平時期的最大危險。
許忠義與齊公子
這兩位是同學，偵查學一個班級第一、一個第二，可謂棋逢對手。
許忠義是在軍統內被戲稱為「店小二」的後勤科長，因為他擒拿格鬥不行，反而戰略學班級第一。齊公子偵查學班級第一，一個常天愛吃包子，以苦為樂效忠於國民黨的稽查大隊長。後勤科長許忠義則不然，由於深通經濟之道，是個不折不扣的鑽石王老五，口袋裡經常揣著金條。
許忠義利用工作便利為解放軍調劑軍服、醫療物資，同時也做些非法的生意，用得來的錢在瀋陽督察處內拉了一個利益圈，把主任李維恭、督查於秀凝和其丈夫偵查科長趙明圈在了一起。所以，齊公子雖然使出了渾身解數，也奈何不了許忠義。
二度付出的李維恭為了保住官位，為齊公子出了個拔掉許忠義所有外線，繼而造成許忠義叛變的假象，借共產黨的手除掉許忠義。這一招使得共產黨地下組織遭到破壞，而李維恭依然拿著許忠義的生意分紅。齊公子看到了這種經濟滲透的可怕，於是也在女子師範學校培訓女學員，開展自己的滲透計劃。以備戰爭失敗後，這些女學生可以起到破壞作用。
許忠義的妻子小丫頭在獄中臨死前無意中得知了這一計劃，許忠義為了得到滲透計劃的名單，與齊公子展開了最後決鬥。
於秀凝和趙明
督查於秀凝和其丈夫偵查科長趙明在抗戰期間為國民黨搞了大量情報，雖然當時沒有經費，他們克服困難也挺了過來。眼看抗戰勝利了，卻迎來了自己人打自己人的內戰。二人極不願意這麼做，於是利用許忠義大發戰爭財。
許忠義在二人的支持下，更便於為解放軍解決物資問題。同時，於秀凝還好幾次保護了許忠義。後來，於秀凝懷孕生子，更是為了生活的需要，大量斂財。並且想利用許忠義通過解放區出國，而其丈夫趙明為了搞到出去的機票，結果被人用槍打死。
這對心懷美好生活嚮往的夫妻，厭惡內戰，瘋狂斂財，同時又因為手上沾有人民的鮮血，只能寄希望於出國逃生。在他們身上體現了太多人間煙火氣，但走錯了道路，也只能是末路逃亡。
老師和學生
瀋陽督察處是在老師李維恭帶領下，一幫軍統培訓班的同學之間開展的特務工作。
老師愛財，為退休生活做準備。手下學生唯有齊公子效忠黨國，與其說他效忠黨國，倒不如說他效忠於自己的特務職業，痴迷於自己的工作。眼看信仰崩塌，也要不遺餘力的製造滲透計劃，儘管沒有得到上級批准，這也是一種滲透到骨子裡的職業病。於秀凝和趙明只為了生活更美好，得過且過。大家閨秀顧雨菲早就是共產黨員了，許忠義也在被老師李維恭派到解放軍臥底時被大姐的死感化，加入了共產黨。
同樣是老師，小丫頭白絮卻交教出了許忠義這麼一個高徒，只是因為那一個「人」字，不但給許忠義帶來了甜美的愛情，還有為人民服務的光明前途。
滲透到生活，是一種潛移默化 ，但還有主意可堅持；滲透到骨髓，是一種刻骨銘心，已經無可救藥。小丫頭白絮對許忠義的滲透才是最成功的。正如新冠病毒雖然滲透到了我們的生活，想扼制住人們的呼吸，但我們還有舉國帶口罩的主意，還有對美好生活的嚮往。這只是傳染病，最終會過去，美好就在前頭。