按照中國現有產權登記制度，屋頂分布式光伏電站的產權均屬於屋頂業主，只有擁有土地證的建築和工業設施才能擁有完整的產權登記。由於房屋產權並非永久，很多投資者和房主對於動輒需要近20年才能收回成本的分布式光伏投資帶有疑慮。 國內第一批分布式光伏發電應用示範區中最大的項目——中關村海澱園178兆瓦分布式光伏電站項目就是由於屋頂產權極為複雜，難以協調，導致項目獲批後至今尚未動工。
北京光伏發電"第一人"任凱，在建屋頂電站時，由於是聯排別墅而非獨棟，物業和鄰居對"改造"屋頂不太認同。最後，任凱通過與物業、鄰居協商並達成一致，同意更改設計方案，並因此多支出了1萬元。而"上海家庭屋頂電站併網發電第一人"黨紀虎也同樣遭遇產權問題，只能在樓道逐家登門，來說服業主籤名同意其申請安裝。因為多層住戶涉及到公用面積的屋頂，還需要取得所在樓道全體業主的同意，必須要拿到樓道居民的籤名同意書後才能申請。
2014年9月4日，國家能源局印發《關於進一步落實分布式光伏發電有關政策的通知》，明確在項目備案時也可選擇"全額上網"模式。但對於高壓自管小區而言，別墅業主們要做屋頂電站"生意"不容易。高壓自管小區是指居民用電的一種高壓自管的方式。它將整個小區看做一個自管戶，小區居民將電費交給物業公司，物業公司負責對本小區用電進行統一調度。
高壓自管小區用戶在建立個人光伏電站時，如果選擇自發自用的模式，那麼餘電不能上網賣給電力公司。用不完的電量直接上傳到物業，再被其他用戶消納掉。至於是否收費，收費標準如何，都要用戶與物業協商。高壓自管小區建立個人光伏電站用戶，如果申請併網，多餘的電量是上傳到物業，直接歸物業所有，相當於"免費送給物業了"。
2013年9月29日，財政部網站發出通知，為鼓勵利用太陽能發電，促進相關產業健康發展，根據國務院批示精神，自2013年10月1日至2015年12月31日，對納稅人銷售自產的利用太陽能生產的電力產品，實行增值稅即徵即退50%的政策，即將增值稅減半至8. 5%徵收。光伏電站實行即徵即退50%的增值稅優惠，相當於上網電價增加0.02-0.04元/度，電站收益率將上升1%-2%，將直接利好個人光伏電站運營。北京光伏發電第一人任凱在2014年12月接受《法治周末》採訪時稱，他至今都沒有享受到這個優惠。上海分布式電源併網的首位用戶黨紀虎也表示，自己沒有享受到這一優惠政策。
投資回報期長和回報率低，制約著家庭光伏電站的推廣，家庭光伏電站的意義主要體現在試驗和環保示範效應上。以北京的個人發電用戶任凱為例，一開始，國家電網公司要求任凱自費負擔安裝併網接入的費用，包括兩個電錶、一個斷路器，共1.7萬元。儘管最後免除，但屋頂光伏系統可不只是鋪幾塊光伏電板那麼簡單。任凱裝一套光伏系統包括兩萬元的光伏電板、一萬元的逆變器，一萬元的支架與施工費用，總共花了四萬元。按照2013年發改委的《關於發揮價格槓桿作用促進光伏產業健康發展的通知》，分布式光伏發電項目實行按照發電量進行電價補貼的政策，電價補貼標準為每千瓦時0.42元。2013年任凱的光伏電站總共發電2705度，如果按照脫硫煤電0.42元/千瓦時的上網電價加補貼計算，在不算維修費用的情況下，大概需要20年才能收回成本。而光伏材料的使用壽命最多為25年，投資回報周期極長。
瀋陽工程學院管理學院的尹健在名為《遼寧分布式光伏發電問題及對策分析》的論文中指出，從遼寧省自建且已併網的家庭光伏電站來看，投資一個中等規模的家庭光伏電站，需要投入5萬元一8萬元。這種電站成本回收期一般都在10年以上，最長的甚至稱要20年。而專業性服務市場的缺乏也抬高了家庭光伏市場的門檻，因為光伏電站建設依靠專業技術，大多數普通居民人難以自己解決。從經驗上來說，由於餘電上網部分賣給電網公司只能得到脫硫煤電上網電價加0.42元(kW·h)的補貼，就目前居民用電價格水平來說，靠家庭光伏電站投資賺錢幾乎沒有可能性。
雖然國家發改委發布的《分布式發電項目管理暫行辦法》等文件也對分布式電源接入電網和運行作了具體規定，但在分布式發電項目的備案程序、併網程序、審核辦法、驗收程序、技術標準、補貼發放等執行層面，尚缺少細則的支持。上海市發改委和上海市財政局於2014年4月印發的《上海市可再生能源和新能源發展專項資金扶持辦法》，提及對於風電、光伏項目，根據實際產生的電量對項目投資主體給予獎勵，具體到分布式光伏中，對於個人、學校等享受優惠電價用戶為0.4元/千瓦時。按照現有的政策，個人光伏補貼由3部分組成，其中國家實行的電量補貼為0.42元/千瓦時(含稅)，年限20年，第二部分為上海市政府個人發電量補貼0.40元/千瓦時，年限5年，第三部分是富餘電量出售予電網的補貼，以上海脫硫電價0.45元/千瓦時(含稅)計算。但事實上這筆資金目前尚未到位，黨紀虎表示"上海補貼的4毛錢，我們都還沒有拿到，目前也還不清楚什麼時候結算。"
依據2009年《可再生能源法修正案》：國家財政設立可再生能源發展基金，資金來源包括國家財政年度安排的專項資金和依法徵收的可再生能源電價附加收入等。國家光伏補貼屬於政府財政性基金補貼。2013年2月國稅總局發布的《關於中央財政補貼有關問題的公告》規定：納稅人取得中央財政補貼不屬於增值稅應稅收入，不徵收增值稅。
作為"北京家庭屋頂電站併網發電第一人"，同時又是屋頂光伏行業的業內人士的任凱表示，每度電的國家補貼是0.42元，扣完稅(17%增值稅)之後，每度電實際得到補貼0.359元。直到2014年12月31日，任凱才在微博上表示，國家發電補貼扣增值稅被取消，並退還之前收取的增值稅。