1、系統配備預處理裝置相對於原水水質及流量不合適，或在系統內未配備必要的工藝裝置和工藝環節。
2、預處理裝置運行不正常，即系統原有的預處理設備對原水SDI成分、濁度、膠狀物等的去除能力較低，預處理效果不理想。
3、系統選擇了不恰當的設備或設備材質選擇不正確（泵、配管及其它）。
4、系統化學藥品注入裝置發生故障（酸、絮凝/助凝劑、阻垢/分散劑，還原劑及其它）。
5、設備間斷運行或系統停止使用後未採取適當的保護措施。
6、運行管理人員不合理的設備操作與運用（回收率、產水量、濃縮水量、壓差、清洗及其它）。
7、膜系統內長時間的難溶沉澱物堆積。
8、原水組份變化較大或水源特性發生了根本的改變。
9、反滲透膜系統已發生了相當程度的微生物汙染。
1、碳酸鹽垢
結垢後表現：標準滲透水流量下降，或是脫鹽率下降。
原因：膜表面濃差極化增加。
2、鐵/錳
汙染後表現：標準壓差升高（主要發生在裝置前端的膜元件），也可能引起透水量下降。通常錳和鐵會同時存在。
3、硫酸鹽垢
若發生沉積，首先影響鹽濃度最高的系統最後面的膜元件，表現為二段壓差明顯升高。需要用專用清洗劑。
4、矽
顆粒矽：汙堵膜元件水流通道，導致系統壓差升高。採用0.4%二氯胺對於溶解嚴重汙染的矽垢是有效的。
膠矽：與顆粒矽相似。
溶解矽：形成矽酸鹽析出，應採用二氯胺清洗。
5、懸浮物/有機物
汙堵表現：透水量下降，一段壓差明顯升高。若給水SDI大於4或濁度大於1，有機物汙染的可能性較大。
6、微生物
汙堵表現：標準壓差升高或標準透水量下降。可採用非氧化性殺菌劑加鹼進行清洗。
7、鐵細菌
汙堵表現：標準壓差升高。可採用EDTA鈉鹽加鹼進行清洗。
發生下列情況時應該清洗膜了
1、標準化後的設備產水量減少了10~15%；
2、標準化後的膜系統運行壓力增加了15% ；
3、標準化後的膜系統鹽透過率較初始正常值增加了10~15%；
4、運行壓差較初始作業時增加了15%
1、負壓清洗：負壓清洗可以說是通過設備的真空抽吸，在反滲透膜側面形成的壓力，這樣可以有效的去除膜表面以及內部的汙染物；
2、反衝：反衝是利用強力的氣體或者液體對膜的表面進行清洗，從而達到清理膜內部的汙染物，讓膜恢復乾淨，反衝目前是清洗反滲透膜較為常用的一種方式之1；
3、化學清洗：化學清洗的方法是使用化學清洗劑對反滲透膜進行清洗，由於是化學物有針對性的清洗同樣能夠有效的對膜進行清洗，這種方式也是人們常用的清洗方式之一。