對於喜歡養魚的人，清理是一件很麻煩的事情。魚兒雖然好看，但是如果沒有石頭、水草、底沙等等的裝飾，總覺得缺少了什麼。而對於喜歡養草的玩家來說，各種底沙底石更是不可缺少的部分。剛剛開好的魚缸給人乾淨整潔的感覺，但是過了一段時間後，隨著植物的新陳代謝，魚蝦的排洩物越來越多，魚缸也會看著越來越不舒服。這裡就介紹一下應該如何清理魚缸。
直接清理
大部分人能能想到的最直接的解決辦法就是把魚、水草、造景石都從魚缸裡搬出來，將底沙淘洗乾淨後再重新布置。這樣確實是最徹底的辦法，能夠徹底的清除沙子裡殘留的糞便和其他髒東西徹底清洗乾淨。然後，只是簡單的洗刷還是遠遠不夠的，因為雖然能將大多數雜質都清理出去，但是沙子上和石頭縫隙裡的細菌是很難清理走的，如果不能徹底清除，很快又會大量繁殖。所以，在清理之後應該把石頭、沙子、過濾器上的橡膠管都用水煮十分鐘以上，這樣才能徹底除菌。
用工具生物
掉在沙子裡的雜質，其中一大部分是植物的碎屑和沒有吃完的飼料。對於這用垃圾，最好的辦法是用工具生物，比如清道夫、泥鰍、黑殼蝦、鼠魚、螃蟹、螺等等。這些生物不經能清理沙子裡的碎屑、還能清理魚缸壁上和石頭上的藻類。但是需要注意的是，有些觀賞螺不知清理垃圾，也會啃食水草，比如黃金螺、神秘螺。但是工具生物還有很多缺點，比如他們本身也會排洩，而且很多工具魚數量很少的時候並沒有很強的清理能力，有的時候還會和其他魚類強飼料。
添加抑菌劑
抑菌劑主要包括重金屬鹽、氧化物等等，比如常見的硫酸銅、孔雀石綠就是重金屬鹽，重金屬鹽的主要作用是讓蛋白質變性，從而失去活性，抑制或者殺死微生物。漂白粉、84消毒液等等的主要成分是次氯酸，有很強的氧化性，能夠抑制微生物生長。平時可以在魚缸裡添加這些抑菌劑，但是這些物質對人也有一定的傷害，所以使用的時候儘量戴手套，不要直接接觸。還有其他一些抗生素類的藥物，比如常用的黃粉，學名叫做呋喃西林。我想說的是平時最好不要用這些藥物來清理魚缸。魚缸裡的微生物種類非常多，不只有細菌，還有真菌、浮遊生物等等各種微生物。抗生素只對一部分細菌產生作用，對於其他微生物是無效的。並且抗生素用多了細菌還會產生耐藥性，一旦細菌產生了耐藥性在用多少抗生素都沒有作用了。所以抗生素類藥物是在魚類生病的時候才用的，並且不要經常使用。
用工具清理底沙
底沙的清理時最麻煩的，並且大部分的垃圾都是在沙子中。裸缸養魚雖然好清理，但是對於很多小型生物來說，沒有底沙總覺得少了很多樂趣。有很多隻玩兒草缸的愛好者索性不養魚，這樣就不會產生糞便。但是其他很多時候，清理底沙有很多簡單有效的辦法。首先底沙儘量不要選擇太小的，因為沙子會隨著水流吸進過濾器裡。對於只有沒有很多水草的石缸，用造浪泵配合可以很好的清理沙子裡的，造浪泵可以把沙子裡的東西吹起來被過濾器帶走。對於大多數沒有前景草的魚缸，可以用底沙清理器來清理。底沙清理器其實就是在抽水管的前端加了一個大口徑的開口，在翻砂子的過程中，由於沙子比較重，就會有沉到底部，而雜質則被水流帶走了，從而起到了把沙子和垃圾分開的作用。