Pipeline Pilot 在化學信息學中的運用
課程介紹
課程編號:NT4-LS2
課程時間:11月16日(周五),共一天
課程名稱:Pipeline Pilot 在化學信息學中的運用
課程簡介:
Pipeline Pilot(PP)是美國Accelrys公司旗下用於信息整合和流程定製的軟體,是一款功能強大的
信息整合和流程定製的科學平臺,其在優化研究創新周期、提高工作效率與減少研究和IT經費方面能發揮
巨大作用。通過Pipeline Pilot,用戶不僅能夠整合和挖掘雜亂無章的海量研究數據,自動化數據的分析
流程,而且還可以實現企業級的研究成果快速分析、可視化與共享,提升大範圍的協作能力。
Pipeline Pilot Chemistry 模塊提供了多種對化合物的篩選和學習方法,實現化合物的性質計算、分
析和處理等功能,並能將您的化合物與其他資料庫中的化合物進行對比,發現其中性質獨特、結構新穎的
分子。另外還能快速枚舉和分析組合化學的反應產物,識別一系列化合物中的公共子結構,實現第三方處
理程序與 Pipeline Pilot 的無縫連接,自動執行對化合物的全部分析過程。
授課對象:
藥物設計者,化學信息學者,藥物化學家。
課程安排:
本課程教學的主要內容包括兩個部分:
一、Pipeline Pilot基礎內容培訓
Ø Pipeline Pilot基礎架構簡介
Ø Pipeline Pilot操作界面介紹
Ø 構建第一個protocol
Ø 熟悉Pipeline Pilot的Components
Ø 基本的數據操作和篩選
Ø PilotScript介紹
Ø 數據的合併
Ø Subprotocol的創建和處理
Ø 將構建好的Protocols發布到Web Services
Ø 課程討論及答疑
二、Pipeline Pilot 在化學信息學中的運用
Ø Pipeline Pilot Chemistry模塊概述
Ø 計算化合物的理化性質
Ø 標準化和處理分子結構
Ø 分子指紋的介紹和使用
Ø 化合物的相似性搜索
Ø 化合物的聚類分析
Ø 分子篩選:子結構、類藥性、HTS篩選
Ø 組合化學庫的設計:通過化學反應和R基團方法
Ø 生成SAR(構效關係) Table
Ø 識別化合物的MCSS(最大公共子結構)
Ø 利用生物等電子體進行先導化合物優化
Ø 枚舉化合物的互變異構體和立體化合物結構
Ø 課程討論及答疑
教學方式:
1、根據學員感興趣的問題及在PP學習過程中常遇見的問題進行生動的講述。
2、所有學員都能夠上機操作,並有工程師進行現場答疑。
3、每節課都會留出一定的時間進行討論交流,並進行答疑。
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