故事發生在一個神奇的食品王國，王國裡居住著各種各樣的餅乾人，他們單純而善良，快樂地生活著，不按常理出牌的餅乾警長與慢性子助手曲奇警員是王國的守護者，他們與妄圖奪取王國統治權的黴臉大盜一夥鬥爭到底，在餅乾城裡展開了一系列有趣的警匪故事。
《餅乾警長》的故事發生在一個神奇的食品王國--「餅乾城」裡。餅乾城的一切都是由食品構成的，蛋糕皇宮、糖果靴警局、爆米花電影院、牛奶河...居住在這個美麗小鎮的是天性善良，長相可愛的餅乾人。餅乾城的最高統治者是集成了神聖鑰匙的餅乾女王。
她有可愛的牛角麵包辮子，精緻的奶油裙子，優雅的貴族氣質和這個年紀女孩都有的「小小」任性。對於這點最大的受害者就是我們可敬的餅乾城的守護者--餅乾警長和他的搭檔曲奇警員了。為了滿足小女王各種奇怪的要求，警長和曲奇忙的不可開交，同時還要時時警惕來自砂糖沙漠的威脅----黴三兄弟強盜團。
發了黴的餅乾三兄弟--老大黴臉，老二黴頭，老三黴腦，是對餅乾城和平的最大威脅。黴臉一直覬覦女王手中象徵餅乾城統治權的神聖鑰匙，妄圖把它據為己有，一舉佔領餅乾城，以報復當初流放他們的老國王。為此他一刻不停在痰盂飛船裡發明道具，策劃陰謀，準備發起鑰匙奪取行動。
唯一能對抗黴三兄弟的就是我們英勇的餅乾警長和善於發明的曲奇警員了。在曲奇發明的顛三倒四槍、警車機器人、萬能遙控器等神奇道具的「幫助」下，警長戰勝了黴臉大盜研製的笑笑菌、催眠棒棒糖、顏色控制器等烏龍道具，守住了神聖鑰匙和餅乾女王，也保護了餅乾城的和平。
分集劇情簡介
第1集女王登基
《餅乾日報》特大新聞：餅乾城最尊貴、美麗的女王即將登基！黴臉一夥兒卻在暗中預謀奪取神聖鑰匙，情況萬分緊急，餅乾警長不得不用自己的方式拯救登基大典
第2集警長聽不見
餅乾警長遭遇了事故，居然失憶了！而且醫生診斷後認為警長的記憶已經不可能再恢復了！難道這是真的嗎？就在所有人擔心警長的時候，黴三兄弟又來搗亂啦！警長是否能夠恢復記憶，打敗黴三兄弟，肩負起保護餅乾城的責任呢？
第3集冰上追逐戰
餅乾城的地面被黴臉大盜弄成了最滑的冰面了！這下可亂套了！警長開車根本剎不住車！所有人在街上根本就是在滑冰！警長不得不開始和黴三兄弟展開一場前所未有的冰上追逐戰
第4集萬能遙控器
女王一直想控制別人，恰巧這一次曲奇發明了可以控制餅乾的遙控器！於是萬能遙控器被女王據為己有，警長被女王控制使喚，有苦說不出…沒想到黴臉大盜知道了萬能遙控器的事情也來爭奪！事情變得更加無法控制了…
第5集警長說對不起
警長天天都闖禍，可是好面子的他從來不主動認錯！於是，曲奇針對警長的問題，做出了新發明——道歉射線！被射中道歉射線後，警長改口到處說對不起！警長的突然改變讓大家琢磨不透，甚至讓黴三兄弟都弄糊塗了
第6集餅乾獅子
巡邏的餅乾警長今天在街道上遭遇了新的挑戰——一頭從動物園裡逃出來的餅乾獅子！餅乾獅子本來好端端地在餅乾動物園，怎麼會在這裡？原來又是黴三兄弟的傑作。但是令他們沒想到的是獅子可不認識把它放出來的人
第7集警長的發明
眼看到曲奇的發明得到了女王的讚賞，餅乾警長這下可坐不住了，居然也想搞個發明來證明自己！異想天開的想法和古靈精怪的做法，使得警長的發明並沒有得到女王的認同。但在對付黴臉大盜時，警長的發明卻產生了奇效
第8集女王失蹤
厭煩了女王嘮叨的警長盼望著女王能消失一陣子。這下他願望成真了。黴三兄弟綁架了女王，並以此要挾警長交出神聖鑰匙。不過黴臉的計劃進行的並不順利，因為比起皇宮，女王似乎對痰盂飛船更感興趣
第9集感動香水
曲奇又發明了古怪的東西！這種新發明的感動香水只要一噴上，無論說什麼，聽到的人都會很感動。原本厭惡的警長卻想利用香水對付女王，不料在後面大戰黴三兄弟時誤打誤撞地打翻了感動香水，香氣四溢！黴臉會被警長感動嗎？
第10集真假皇冠
這一次，黴臉大盜的目標超準了女王的皇冠！從事保護工作的餅乾警長突發奇想，制定了一個利用假皇冠作為誘餌來抓住黴臉大盜的完美計劃！無獨有偶，女王居然也製作了一個假皇冠!完美計劃遭遇另一個完美計劃，真真假假，一切都亂套了……
第11集睡美人
女王被童話《睡美人》感動了，也想等待王子的到來。黴臉大盜因此策劃了「睡美人」計劃，做了一種可以使人沉睡的「昏睡果」，想趁女王昏睡時，趁機盜取神聖鑰匙。但餅乾警長的攪局，使得黴臉的計劃不那麼順利了。到底女王能不能成為睡美人呢……
第12集失控的機器管家
女王身邊最牢靠的機器管家永遠是那樣任勞任怨？不！它這次居然失控了！原來黴臉大盜這一次開發了新的技術，控制住了機器管家，他要利用機器管家來偷取神聖鑰匙！但我們的餅乾警長可不會袖手旁觀！
第13集失憶的警長
餅乾社消息：女王痴迷童話書《睡美人》，嚮往裡面的浪漫情節。黴臉大盜因此策劃了一場「睡美人」計劃，誰知被餅乾警長無意中一一攪局……
第14集真假警長（上）
餅乾警長遇到了前所未有的危機！警局裡居然又出現了一個警長。孰真孰假一時難以分辨。曲奇和女王都無力分辨，只能要警長通過自己的硬功夫——射擊來證明自己，真警長是否能戰勝假警長……
第15集真假警長（下）
假警長比賽獲勝，真警長無家可歸。難道餅乾城就要從此失去他們的警長了麼？轉機出現了！誤打誤撞地，他居然被傻乎乎地黴頭黴腦誤認為是黴臉大盜！警長將計就計，帶著黴頭黴腦衝回了皇宮，真假警長開始了新的較量……
第16集王宮驚魂記
《餅乾日報》靈異報導：女王的王宮鬧鬼了！從來不相信餅乾城有鬼的警長信誓旦旦地來到了王宮，果然發現各種各樣匪夷所思的事情！更遭遇了披著白布的「餅乾鬼」！
第17集幼稚糖果車
餅乾城的糖果車，一向廣受歡迎。但這次，糖果車裡卻混入了黴臉大盜發明的幼稚糖果——吃下糖果的人都會變成小孩子。當整個餅乾城變成小孩城時，黴三兄弟放心的進入王宮了，面對變成小孩子的警長和女王，黴臉大盜發現自己又失算了……
第18集笑笑菌
餅乾警長沒幽默感？誰說的？那麼又是什麼使得餅乾警長大笑不止？原來是黴臉大盜新開發的笑笑菌！使警長笑到抽筋、根本沒有辦法辦案！黴臉大盜趁機來襲。難道警長真的就這麼眼睜睜地看著黴三兄弟陰謀得逞嗎？
第19集警長掃大街
闖禍之後，女王處罰警長總是讓他去掃大街！可為什麼警長最怕掃大街呢？原來在警長掃大街時遇到了一件又一件的他不願面對的事情。掃大街成為警長心中永遠的不願被想起的記憶。因此，當他一聽「掃大街」就渾身發抖……
第20集顛三倒四槍
曲奇最愛搞小發明，這一次，他改造了餅乾警長的佩槍。這把槍時而伸長，時而射出出人意料的東西！警長被它搞得頭昏腦脹，只能把槍叫作「顛三倒四槍」。更糟糕的是槍被黴三兄弟搶走了！就在黴臉大盜得意的時候，啼笑皆非的事情接連發生…
第21集打嗝的警長
餅乾警長不停地在打嗝，不能正常辦案。到底是怎麼回事？原來又是黴臉大盜的伎倆！他發明的打嗝藥劑可以使得警長不停打嗝。痛苦的警長只能一邊打著嗝，一邊用自己的方式對抗黴三兄弟，可是他沒有想到，自己這個打嗝還能夠被黴臉大盜控制……
第22集警長的襪子
餅乾警長有很多很多的襪子。這一天像往常一樣，警長去超市購買新的襪子。可是這次買的襪子卻很特別。警長一穿上這個新襪子，越走越重，越走越重！原來黴臉大盜偷偷對襪子進行了改造，這次警長被襪子困住了……
第23集快慢菌
急性子的餅乾警長一直像一陣風一樣，行動迅速。可是，這一天，警長卻快不起來了！這到底是怎麼回事？原來又是黴臉大盜在搗鬼！他發明了一種使警長變慢的慢慢菌，還發明了一種使自己變快的快快菌！餅乾警長大危機……
第24集警長變魔術
警長對女王吹牛了！他居然說自己會魔術表演，這下女王激動不已，等著看警長的好戲，警長撓著頭想不出好辦法，更要命的是，黴臉大盜居然也打起了這個魔術表演的主意……
第25集警長發黴了
這絕對不是做夢！警長的頭上發黴了，居然長出了個蘑菇！！警長千方百計想去掉蘑菇，但卻無計可施。警長求醫後，頭上的蘑菇反而長大了，如同降落傘，警長飛了起來……
第26集壓縮餅乾
警長的外甥壓縮餅乾來看他了！警長卻異常緊張和恐懼！啊！為什麼？你們不知道，壓縮餅乾只要一沾水那可就膨脹起來了呢！雖然警長嚴格要求壓縮餅乾絕不能沾水，卻看到壓縮餅乾跳進了牛奶河！這，這可怎麼辦！？
江通動畫股份有限公司董事長介紹說，泥塑動畫是利用傳統泥塑工藝捏制出劇中人物造型，動畫片裡的場景、道具都是實物，劇中人物的每一個動作、表情變化是人工捏制改動後，再進行拍攝，利用相關軟體加工製作。《餅乾警長》共104集，每集13分鐘。