基因武器是指利用基因工程技術而研製出的新型生物戰劑。它是在基因工程的基礎上，採用遺傳的方法，通過基因重組，把特殊的致病基因移植到微生物體內而製造出的新一代生物武器。從生物武器的發展看，基因武器也可稱為第三代生物戰劑。
早在1971年12月，聯合國就批准通過了《禁止生物武器公約》（以下簡稱《公約》），但是，該《公約》存在著許多明顯漏洞。其中最重要的是沒有一個負責公約實施的組織和核查機構。這就使一些國家的違約行為難於被發現，當然就更談不上糾正和制止了。《公約》生效（實際生效日期為1975年3月26日）至今已近30年，可是少數國家仍然在秘密研製和開發生物武器，尤其加緊對基因武器的研製，國際社會只能予以輿論的譴責，卻不能有效制止。
美國國防部前部長科恩在注射炭疽疫苗，前參聯會主度謝爾頓在排隊等候
美軍士兵進行防化演習
基因武器的起源和發展
基因武器作為更高級的生物武器，它的起源和發展與人類早期運用生物武器密不可分。應當說，基因武器是在人類使用和製造第一代、第二代生物戰劑的基礎上，利用當代領先的微生物遺傳學和遺傳工程學等科技成果，從而獲得符合生物戰要求的、致病力更強的第三代生物戰劑。
第一代生物戰劑——利用傳染病毒進行的細菌戰
利用病毒進行細菌戰是人類在早期的戰爭中，因為一些偶然的事件，受到了某種啟發，轉而採用的一種特殊作戰手段，比如，當看到疾病對生命的巨大威脅時，便想方設法把傳染病人或動物所攜帶的病菌傳播給敵方軍隊，使病菌在敵方軍隊中蔓延，以達到「不戰而屈人之兵」的目的。
據我國的史書記載，早在公元483年晉侯伐秦時，就有「秦人毒涇上流，師人多死」的毒殺對方的戰例。
而真正列入生物戰史冊的是1346年的卡法城之戰。當時韃靼人圍攻黑海附近熱那亞地區的一座重要港口貿易城市——卡法城。因熱那亞人的頑強抵抗，韃靼人久攻不下。長期的戰事使韃靼士兵軍心渙散，恰在此時，鼠疫又在韃靼軍隊中流行。於是，有人提出了一個可怕的建議，將自己軍隊中死於鼠疫的人的屍體投到卡法城中。此建議被採納不久，卡法城中果然爆發了鼠疫，且疾病迅速蔓延，熱那亞人大量死亡，最終韃靼人如願地奪取了卡法城。400多年後的1763年，英國殖民者在加拿大也發動了一場生物戰，這場生物戰雖然也是利用天然病菌，但是已帶有人為因素，並使用了傳播病菌的載體。當時英軍上校軍官亨利奉命率領部隊攻打加拿大，卻遭到了當地印第安人的頑強抵抗，進攻連連受挫。無奈之下，亨利便遣人將英國醫院中天花病人用過的幾條（塊）色彩鮮豔的毛毯和手帕收集起來，以與印第安人和好為名，派人將這些東西帶去以示友善。印第安人不知是計，欣然接受了帶有天花病菌的禮品。幾個月後，數名印第安首領便臥床不起，天花病很快在印第安人中泛濫，最終很多人死於天花病。此例可謂典型的利用病毒進行細菌戰的戰例。
第二代生物戰劑——利用人工技術培養病菌進行的生物戰
從20世紀初開始到20世紀70年代，生物學、微生物學的發展，為研製生物武器提供了條件，人工培養和研製的細菌戰劑也隨著科技發展而迅速發展起來。第一次世界大戰期間，德國間諜在美索不達米亞成功地使用馬鼻疽感染了英法聯軍的幾千頭騾馬。之後，馬鼻疽在歐洲廣為傳播，僅法國在一戰期間就有6萬頭騾馬感染上了這種病。此外， 1917年德軍還曾在羅馬尼亞的布加勒斯特投下染有致死性病菌的水果、巧克力和兒童玩具等，使大量布加勒期特市民染病。
一戰結束後，一些戰爭狂人更加認識到了生化武器在作戰中的作用，於是，設置了專門機構、撥出專門經費進行研究，使生物戰劑種類迅速增多。比如，1936年日本侵略軍在中國東北基地的「731」部隊，約有工作人員3 000人，設有細菌研究部、實戰研究部、濾水製造部和細菌生產部等，各部針對中國氣候、土壤、疫情等具體情況，以中國人、俄國人或朝鮮人為實驗對象，進行細菌戰研究活動。到1940年，「731」部隊每月可生產鼠疫桿菌300kg、跳蚤45kg和霍亂弧菌1 000kg，並製造出包括石井式細菌炸彈在內的8種細菌施放裝置。此外，德國、美國、英國、蘇聯等國都進行過細菌生物戰的研究活動，其中, 美國在朝鮮戰場和越南戰場上就先後施放過生物戰劑。
國外有媒體報導，隨著人們對微生物學認識的加深和科學技術的發展，第二代生物戰劑已不光是原有的那些球菌、桿菌、螺旋體菌等病菌，而且還包括不能稱之為細菌的立克次氏體、病毒、毒素、衣原體和真菌等30多種生物戰劑。
第三代生物戰劑——利用基因重組技術進行的基因戰
從20世紀70年代開始，基因工程學這一新興學科異軍突起，並很快在生物工程中佔據重要地位。基因工程的本質就是把生物的遺傳物質基因，即脫氧核糖核酸（DNA）的分子片段，從生物細胞中分離出來，然後進行剪切、拼接、重組。也就是對遺傳物質基因進行人為的「嫁接」，把一種生物的基因嫁接到另一種生物體中，從而使後者獲得新的遺傳特性。只是我們平常所知道的雜交，不管是植物還是動物，都只能在生物界同一種類間進行，不同種類的生物間不能實施。比如水稻與大豆、猴子與黃牛之間都不能進行有性雜交。但是，基因卻在所有生物中都是一樣的，都是脫氧核糖核酸（DNA），因而可以突破固有的生物物種間的限制，進行改造或重組，從而為人類創造新生物物種開闢了廣闊的前景。
基因工程在工業、農業和醫學方面應用非常廣泛，比如利用基因工程技術，美國研製出抗寄生蟲、抗病原體和抗病疾的超級西紅柿；利用基因工程技術，通過無性繁殖的方法，克隆出高質量、一模一樣的豬、牛、羊等；利用基因技術，可為千百萬渴望減肥的人帶來福音。
但是，如同諾貝爾發明炸藥時並沒有想把炸藥用於人類互相殘殺的戰爭一樣，科學家在創造DNA重組技術時，也不是為了用於戰爭，但卻無法抵擋新技術在軍事方面的運用，基因武器就這樣悄然出現了。
英國著名雜誌《自然》在1982年就曾連續發表揭露美國正在利用基因工程技術從事新的生物戰劑的研究。此外，蘇聯也研製出一種可在規定時間內產生一種使作戰人員腹瀉不止，以至無法執行任務的基因武器。由於每一種基因武器都有一定的模式，像一把含有密碼的鎖，只有研究者才能知道其密碼，而只有掌握該密碼的人才能操作該基因、打開這個奇異門鎖，別人是很難截獲和破譯的。可見，基因武器比其他武器具有更好的保密性，一旦使用基因武器，對方將束手無策。
基因武器的特性
基因武器是在生物戰劑的基礎上，提高微生物的致病性和抗藥性，增強病原微生物對環境和氣溶膠化的穩定性，從而改變原來病原體的免疫性；或者利用基因工程把病原體的遺傳成分雜交，重組一種新的病原體，從而引起異常複雜的中毒狀。與核武器、化學武器相比，基因武器對人類的傷害性更大，其特性也非常鮮明。
一是成本低、殺傷力強、持續時間長。據測算,如果建造一個核武器庫需耗資50億美元，而要建造一個基因武器庫,僅需要5 000萬美元，但兩者對人的殺傷力卻旗鼓相當，有時基因武器的殺傷效果甚至還大於核武器。比如,將超級出血熱菌的基因武器投入敵方水系，能使整個流域的居民全部喪失生存能力。這要比核彈頭的殺傷力大出幾十倍。有消息稱某國曾利用細胞中DNA的生物催化作用，把一種病毒的DNA分離出來,再與另一種病毒的DNA相結合,拼接一種劇毒的「熱毒素」基因毒劑,僅用萬分之一毫克就能毒死100隻貓;倘用其20g,就足以使全球60億人死於一旦。
二是使用方法簡便、施放手段多樣。基因武器是經過特殊處理、重組之後的細菌、病毒和致病基因組成的多種微生物，研製的成品可以是氣體、液體、顆粒，也可以根據要求製成其他規格的成品。基因武器可以用人工、普通火炮、飛機、艦船、氣球或飛彈等多種工具進行投放。
三是基因武器保密性強、難治難防。基因武器是以致病基因來感染人體的，而這種感染的致病基因只有製造者才知道它的遺傳密碼，別人很難在短時間內破密或控制它。此外，由於基因武器的殺傷作用過程是在秘密中進行的，就如同空氣中的塵埃鑽入人體內一樣，在毫無感覺的情況下給人以致命打擊。所以，基因武器一般不易發現和有效地進行防護，而一旦感受到傷害，則為時已晚。
四是基因武器傷人不壞物、作戰費效比低。由於基因武器只大規模地殺傷有生力量，而不破壞非生命物質。所以，作戰中使用基因武器不僅可以消滅敵方有生力量，同時還可以使敵方的基礎設施和武器裝備避免遭受損壞，進而佔為己有。這種「只傷人不壞物」的武器，比起原子武器來「經濟性」也更好。
基因武器對未來作戰的影響
基因武器所具備的其他武器不可比擬的特性,會對未來戰爭產生深刻的影響。
其一，戰爭的固有概念將發生變化。基因武器的出現，使敵對雙方不再依靠使用大規模「硬殺傷」武器進行流血拼殺來摧毀一支軍隊或一座城市，而是有可能在戰爭前就使用基因武器破壞對方集體組織或生活環境，致使對方喪失戰鬥力，不費一槍一炮就徵服對方。
其二，將出現新型的軍隊組織結構形式。前線與後方的人員比例將形成 「前輕後重」，戰鬥部隊將減少。因為擁有基因武器的「小部隊」就可能取得「大勝利」，而後勤保障、救護部隊則可能大大增加。
其三，將使「戰略武器」與「戰術武器」融為一體。基因武器一經使用，不僅會極大削弱對方的戰鬥力，而且會使某一個民族失去正常的智力或留下某種生理缺陷，甚至代代相傳。
其四，心理戰作用會更加突出。基因武器具有比原子武器和化學武器更強大的威懾力，擁有基因武器的一方，會給對方造成極大的心理壓力，使對方不敢輕舉妄動，甚至可以達到「不戰而屈人之兵」的目的。
其五，戰爭的進展將變得更加難以掌握和控制。基因武器可使未來的戰場變成無形的戰場，這樣一來，作戰雙方都將很難掌握和控制戰爭的進程。