實行平行志願的批次（段），投檔時，省教育考試院按照「分數優先、遵循志願、一次投檔、不再補檔」的原則，將同一科類控制分數線上未錄取的有志願考生，依據高校調檔比例，結合高校要求確定投檔考生數，按投檔成績從高分到低分排序，遵循考生的志願院校順序依次投檔。具體地講，就是先從排在第一位的考生開始，根據該考生填報的A、B、C、D、E……等多所平行志願院校，從A志願院校開始依次檢索，投檔給其中一所排序在前且符合條件的院校，然後再投排在第二位的考生，直到所有院校計劃滿額或者沒有符合投檔條件的考生為止。如果某一考生所填報的多所平行志願院校都不符合投檔條件，不能被投檔。
特別強調的是，考生每批（段）每個志願填報的多所平行志願院校中，無論有幾所院校達到投檔分數線，只要按投檔規則投到其中一所院校，即享受了平行志願的投檔機會，就不能再投檔到其他志願院校。考生被投檔到其中一所院校後，若因分數、身體條件等原因被退檔，也不能再投檔到該考生填報的其他院校。
每批（段）平行志願投檔後，如因退檔產生缺額，根據公平原則，不能再續發考生檔案。院校的缺額計劃通過徵集志願完成。
在充分了解平行志願投檔規則的基礎上，考生要認真選擇院校志願和專業志願。
第一步，自我定位。考生結合自身興趣、家庭條件、地域偏好、身體狀況等因素，選擇一些自己中意的、與自己成績位次大致匹配的院校，將這些院校近三年的錄取情況匯總分析。
第二步，依分選校。考生根據位次對初選的院校進行篩選，分析近三年院校錄取最低分、平均分對應的位次，用自己的位次與之相比較。考生如果特別關注錄取專業，還要分專業進行比較。
第三步，查閱章程。考生依據第二步篩選出擬報考院校後，認真查閱這些院校的《招生章程》，詳細了解院校綜合實力、招生政策及錄取原則。如：學科優勢、專業設置、招生計劃、加分政策、專業錄取規則、相關科目要求、身體條件要求、外語語種要求、男女生比例、學費標準等各方面信息。
第四步，網上填報。考生通過第二、第三兩個步驟，用排除法把風險較大和不宜就讀的院校去掉，確定理想的院校後，上網填報就可以了。
平行志願投檔方式可以降低考生，特別是相對高分考生填報志願的風險。但平行志願並不意味著零風險，考生一定要了解平行志願的規則和特點，把握好填報策略，特別要合理規避以下風險：
一是平行志願間沒有拉開梯度。如果考生定位不準確，一味追求最理想的高校，志願填報過高（比如多個平行院校志願之間沒有拉開梯度），就可能導致所填報的幾個院校志願全部落空。
二是填報的院校志願過少。如果考生沒有充分利用選擇機會，只填報一個或兩個院校志願，就有可能因為高考成績未達到招生院校的投檔線而不能被錄取。
三是填報的專業志願過少。如果考生只報考某些院校的一兩個專業且不服從院校專業調劑，當考生檔案被投檔到招生院校後，就有可能因總分或相關科目成績偏低、不服從院校專業調劑、身體條件受限等原因，面臨投檔後被退檔的風險。
一般來說，對平行志願投檔的認識誤區有四種：
誤區一：可以一檔多投。在錄取中，平行志願是一個志願多所院校，只能一檔一投。因此，投檔時按一個志願對待，也就是說，在某一批次（段）錄取時，無論這個志願中有幾所院校符合投檔要求，只能投檔到排在前面的一所院校，一旦投檔，其他志願院校均失去效用。
誤區二：可以多次投檔。在實際錄取中，考生每批（段）填報的多個平行志願院校，最多只能投檔一次，投檔至一所院校。考生的檔案如因某種原因被前面投檔的院校退檔，就不能再投檔到後面所報院校，只能參加徵集志願或下一批次（段）錄取。
誤區三：平行志願沒有先後順序。實際錄取中，平行志願對考生個人來說是有先後順序的。投檔時，如果考生所填報平行志願院校有多個符合投檔條件，只能投檔到排序在前的一所院校。
誤區四：實行平行志願後沒有風險。實行平行志願後仍會有風險。因為平行志願不是「靈丹妙藥」，雖然大大降低了風險，但不能全部消除風險。