近親繁殖會導致後代患遺傳病和生理缺陷的概率大大增加，病秧子無法適應正常環境，很快會被淘汰。
可別以為只有人類才有近親結婚這種說法，動物也會因為近親繁殖患上各種疾病，英國BBC曾出品過一部紀錄片《純種狗的悲哀》，曝光了個別育犬協會為了利益，將有親緣關係的狗狗進行交配，經過幾代繁殖，後代的血統變得純正，然後高價賣給不明就裡的狗主人，許多狗主人甚至引以為傲，拿自家的純種犬和證書炫耀。
要知道，培育出純種犬的簡便方式就是近親繁殖，這樣可以節省一筆基因檢測費用，因為後代的基因和父母的基因相似度一定不會低。利用近親繁殖培育出的純種犬會和人類一樣患上各種遺傳病，最著名的就是查理士王小獵犬。
200多年前的查理士王小獵犬俱樂部，就是為了消磨英國富人們的閒暇時光成立的，這個俱樂部中狗的近親交配成了常態，導致現在英國的查理士王小獵犬有30%的概率患上一種可怕的脊髓空洞症。
這種病就是頭部骨骼太小，擠壓了大腦的神經系統，發病時狗的身體會失去平衡感，歪著腦袋亂竄。嚴重時會在地上打滾發出悽慘的叫聲，大腦持續性擠壓產生的痛感，就像是架在火上烤一樣。這種疾病是身體物理結構上的問題，無法通過吃藥解決，只有開顱手術削去部分頭骨才能緩解，但這種手術成功率只有20%左右，將來還有復發的可能，許多狗主人最後都會選擇將狗狗安樂死。
要說遺傳病誰最多，鬥牛犬認第二，沒狗敢認第一，法國鬥牛犬是人為培育出來的品種，它的遺傳病多到被遺傳學家研究。
最常見的就是脊椎發育畸形，腰椎脊髓的前半段如果出現問題，會引起膀胱排尿障礙，法鬥48小時沒尿就可能因尿毒症死亡；法鬥的盆骨狹小，產道緊，很難自然分娩，需要在人的協助下進行剖腹產；法鬥短鼻扁臉呼吸道短小，天生身體缺陷，稍微運動一會就氣喘籲籲，睡覺時經常會打呼嚕，伴有不同程度的呼吸困難症狀；鼻子太短散熱能力差，不能劇烈運動，容易中暑等都是近親繁殖的惡果，而這一切都源於200多年前的法國，法國人為了培育出自己喜歡的犬類，將英國鬥牛犬和巴哥犬進行交配，然後將產生的後代進行近親繁殖，才出現的法鬥犬。
有色法鬥犬已被許多育犬協會禁止繁殖，因為這類法鬥犬有很大概率患上免疫缺陷疾病，雙耳容易失聰，皮膚疾病和食物過敏，整條狗就是一個藥罐子。
金毛算是人們最常飼養的犬類之一，一些身價上萬元的純種金毛犬非常容易患髖關節發育不全症，簡稱CHD。症狀是狗狗肌肉萎縮，起身站立困難，走路時後腿搖擺不定，這給金毛造成很大的心理陰影，原本活潑好動的狗現在整天躺著，髖關節還會有疼痛感，只有手術能根治。
犬類選美比賽在許多國家都有舉辦，為了從平凡中脫穎而出，一些狗狗甚至被培育成了畸形品種。
這條京巴犬是2003年克魯夫茨犬類選美比賽冠軍，它需要依靠藥物維持自己的生命，面部褶皺和天生短小的呼吸道，壓迫了空氣流通的空間，通過手術切除部分鼻腔組織才讓呼吸稍微順暢一些。整條狗也被包裹地像一個巨大的粽子，運動後需要坐在冰塊上散熱。
遺傳學家發現，在英國上萬隻血統純正的京巴犬，它們的基因可能來源於最初的50條京巴犬，也就是說近親繁殖現象泛濫，導致現在的京巴犬一身缺陷。
諸如此類的純種犬，數不勝數，人為幹預犬類繁殖，對狗狗來說是一場噩夢。
牛頭梗和哈士奇雜交本質上來說，近親繁殖都是基因在作祟，每個個體都會存在隱性的有害基因，通常情況下它們可能是健康的Aa攜帶者。如果近親配對，基因的相似度就會非常高，很可能是兩個Aa的個體產生了aa的後代，這個後代就會表現出有害性狀。在人類中，這種單基因遺傳病目前已經發現了6600多種，每年都在以20個左右速度遞增，最常見的就是紅綠色盲和白化病。
從種群上來說，基因庫的多樣性有利於適應複雜的環境，容易進化出生存能力強的個體，而生物之間近親繁殖相當於基因在不斷純化，基因的種類在變少，基因庫會變得單一，環境突變容易遭到滅頂之災。