AVR通過熔絲來控制晶片內部的一些功能，比如JTAG，時鐘的使用，掉電檢測電壓，是否允許調試等。
AVR Studio 中 STK500 處理熔絲位有巨大的優勢：它是以功能組合讓用戶配置。 這種方式與小馬(PnoyProg2000,SL-ISP)相比，具有以下的優勢(優勢是如此明顯，可以用「巨大優勢」來形容)：
有效避免因不熟悉熔絲位讓晶片鎖死 (這是初學者的惡夢)， 筆者曾經鎖死過三片Atmega16。
不需要靠記憶與查文檔，就能配置熔絲位(這也是初學者的惡夢)
動手之前：請你一定弄清楚了，你這樣改會有什麼後果，除非你有很多錢不在乎多鎖死幾個晶片。備份你的熔絲位狀態，在點擊Program之前再次檢查熔絲位設置正確與否，不要誤點了某項而沒有注意到。
通過下圖的方法打開連接：
使用操作界面如下： (注意：下圖中，打勾的表示選中，代表0。沒有打勾的表示1)。
上圖的資料有很多相關項，你需要認識以下的代碼，以理解意思。英文翻譯說明如下：
註：以上中文是對照 ATmega16的中、英文版本數據手冊而翻譯。儘量按照了官方的中文術語。