#R語言繪製高顏值三元圖(差異OTU展示)

2021-12-09 土壤微生物組

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#R語言繪製高顏值三元圖（差異OTU展示）

#三元圖分析可展示微生物群落差異OTU的豐度（點大小表示），物種組成和數目。

#分析流程可包括首先通過lefse或deseq等尋找差異OTU，分別設置每個處理的富集的OTU標籤。

#將OTU和物種一一對應，再通過ggtern包繪製三元圖

#導入數據

otu<-read.csv("D://test/test_otu.csv",row.names = 1)  #(關注公眾號，自行加微信獲取)

design<-read.csv("D://test/test_design.csv")

tax<-read.csv("D://test/test_tax.csv")

#https://pan.baidu.com/s/1Hh0x9gLOuatcGFzNqZ9pGg,提前碼12

#構建數據

otu_subset<-cbind(otu[,24:26],tax[,2:3])

colnames(otu_subset)<-c("soil","rhizo","root","kingdom","phylum")

group<-as.data.frame(c(rep("soil",400),rep("rhizo",300),rep("root",320)))

colnames(group)<-"group"

#數據包括soil,rhizo和root等分類

ternary_date<-cbind(otu_subset,group)

#設置點的大小

ternary_date$size <- (apply(ternary_date[1:3], 1, mean))*0.02

library(ggtern)

#繪製三元圖

ggtern(data=ternary_date,aes(x=soil,y=rhizo,z=root,color=group))+#三元圖x,y,z數據

geom_point(aes(), size=ternary_date$size)+#點大小

scale_color_manual(values=c("#E9967A","#B9D3EE","#8FBC8F"))+#顏色

theme_bw()+theme(axis.text=element_text(colour='black',size=10))

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