秦始皇的焚書坑儒實際上是極殘酷的文化專制政策，這焚書坑儒只是對民間，秦朝統治階級依然可以談論儒家文化，只是民間不讓談論了。
秦始皇34年，儒生淳于越此時公然上書廢除郡縣制，力行王道，恢復分封制，給皇家子弟封侯裂土的請求。此時的秦朝已經施行商鞅變法130年了，而此時的儒生公認老調重談，並大以為非其悖逆，其狂妄，其有違常理之幅度，擺明了其背後有強大的復闢力量推動。
李斯是郡縣制的發起者，同時位丞相。於是李斯就提議焚燒除農家、醫家、墨家等實用之學和秦宮保留史書之外的「王道之書」、「春秋古籍」，並且禁止以私學非議朝政，這就是焚書的起因。
焚書坑儒真正坑的並不是儒家弟子，而是方士，就是指那些求神算命、長生不老的法師們。焚書坑儒是先焚書兩年後才坑儒的，而這坑儒坑的也不是儒家弟子而是那些方士，這些方士答應替秦始皇尋找長生不老藥，可是這種藥世間並沒有，秦始皇大發雷霆，與此同時方士們也受到了懲罰，於是方士就說秦始皇「剛愎自用、以刑殺為威，貪於權勢，此不足以得仙藥也。」
根據《史記·秦始皇本紀》記載，方士盧生、侯生等替秦始皇求得長生不老藥失敗後，私下談論秦始皇的為人、執政以及求仙等各個方面，秦始皇知道後大怒，下令在京城搜查審訊，抓獲460人並全部活埋。
焚書坑儒是兩件獨立的事情，秦始皇的禁書令，是博士之下，不準藏書，秦始皇是要讓秦朝教育統一，並不是要禁止老百姓接受教育。