一、DNA基因分析類軟體
1、SnapGene是一款功能強大的DNA序列分析軟體，使用能夠幫用戶分析和修改DNA圖譜並將它們導出到其他格式，支持分析酶切位點、標籤、啟動子、終止子和複製子等質粒原件，生成詳細的DNA序列文件。
2、DNAstar是一款專業的dna分析軟體，其主要是用作DNA和蛋白質序列分析、重疊群拼接和基因工程管理等生物綜合性序列分析。
3、DNAman是一款專門用於開發的高度集成化的分子生物學應用軟體，幾乎可完成所有日常核酸和蛋白質序列分析工作，擁有多種分析功能，列如多序列比對、蛋白質分析、限制性酶切分析、質粒繪圖、PCR 引物設計等。
4、Agilent GeneSpring GX V11.5是一款廣受好評的基因組學工作人員必知軟體，使用者可在短時間內分析運算出目的基因的序列，稱得上系統生物學分析軟體中的佼佼者，受到相關科研工作者的歡迎和肯定。
5、vector nti advance是一款生物工程軟體，軟體包含了豐富的模塊，可以滿足不同生物研究人員和學習人員的需要。vector nti 11可以針對DNA、限制酶、引物分析、蛋白質等類型的生物數據進行詳細模擬和演化分析等操作，可以有效地對各類生物元素進行有效細緻地分析，還可以生成點陣關係圖，是您管理、查看、分析、轉換分子生物學數據的好幫手。
6、primer premier是一款基因分析軟體,其是專業用於PCR或測序引物以及雜交探針的設計和評估程序。其包含序列編輯窗口、引物設計窗口、酶切分析窗口和紋基分析窗口四個界面窗口，其分別為用戶提供引物設計、限制性內切酶位點分析和DNA基元查找和同源性分析功能。
7、TreeStar FlowJo是一款功能強大的流式細胞數據顯示分析軟體，基於流式細胞的螢光發射提取表型和細胞特性。該程序能夠將聚合數據顯示為一維，二維或三維直方圖。測量標度通常是高精度的對數。這項技術在健康障礙，尤其是癌症的研究中有許多應用。因此，在計算機上分析這些數據會自動使研究人員繪製出三維圖。該計劃可用於研究和臨床目的，並提供有用的工具和能力在各個領域。
二、醫學影像類軟體
1、Mimics是一款非常專業的交互式的醫學影像控制系統，全稱為「Materialise Mimics Innovation Suite」，是一種醫學影像控制系統。它支持多核運算，輸入各型CT、MRI等設備掃描的數據，進行三維重建、輸出轉換、表面網格劃分、體網格劃分及其它處理。
2、Media Cybernetics AutoQuant 是生命科學業界領先的高級圖像反卷積、3D展示軟體。從您使用最完整的套件的 2D 和 3D 復原算法可用，包括業界最佳盲解卷積算法的圖像檢索更好的數據。全世界的顯微鏡專家相信 AutoQuant 的準確性和其令人驚嘆的定量結果。
3、FEI Amira 是一款功能強大的專業可視化和三維重構軟體，常用於可視化操作、生命科學研究和了解來自於計算機斷層掃描、顯微鏡、MRI及許多其他成像形式的數據。它能夠識別生命科學、生物醫學的數據來源、方式及類型，提供XBioFormats、XNeuro、XMolecular、XImagePAQ、XMesh等多種可視化技術和交互操作功能。
4、ImageJ是一個基於java的公共的圖像處理軟體。一款功能強大的圖像處理軟體，在科研中應用極為廣泛。
5、image pro plus是一款功能強大的圖像處理軟體，並可對圖片進行深度分析，其被廣泛應用2D、3D圖像的處理、增強和分析等操作。軟體內置3D成像工具，允許用戶直接應用3D濾鏡，該濾鏡採用了最為先進的基於運算單元的真三維像素3D濾鏡，同時用戶能夠直接使用內置的OpenGL 3D瀏覽器來進行交互式的3D體渲染。
6、Biplane Imaris是為用戶提供3D和4D顯微數據集的可視化，分割和解釋所需的全部功能。結合速度，精度和易用性，Imaris提供了一套完整的功能，可處理任意尺寸（從幾兆字節到幾千兆字節）的三維和四維多通道圖像。方便地加載，處理和可視化從幾乎任何共焦和寬視場顯微鏡採集的圖像，從圖像數據中獲得全新且具有開創性的洞察力。
三、分子、藥物、引物類軟體
1、oligo是一款著名的引物設計軟體，主要用來設計和分析序列和PCR引物，合成基因和各種探針，包括小分子幹擾核苷酸和分子信標的工具。程序具備基於最近鄰熱力學數據，低聚糖的搜索算法尋找最佳引物PCR，包括TaqMan、高度多路復用，共識或簡併引物，支持多個文件的批處理，適合於生物學中的應用。
2、Schrodinger Suites薛丁格軟體，是一款藥物設計軟體，主要為生命科學和材料科學的所有分支提供完整的解決方案和服務。該產品包括從分子建模到藥物設計和製造的一系列工具和程序。該軟體並不是獨立，而是一個軟體合集包，由maestro、maesrto elements、materials science、bioluminate、knime、canvas、mmshare、aacg、Glide、Impact、Jaguar等軟體組合而成，同樣也是目前非常專業優秀的分子建模，藥物設計和材料科學軟體。
3、PyMOL是款功能比較全面的三維分子模型軟體；採用可視化的操作方式，支持對圖像格式也相當的廣泛，而且可以讓用戶完成對分子動畫創建。
4、Tripos Sybyl是為藥物小分子與生物大分子科學領域研究者所設計分子模擬軟體。模擬的內容包括了藥物小分子的建模、構象分析、三維定量構效關係研究、藥效團建模、虛擬篩選、生物大分子的同源模建、活性位點分析、資料庫搜索等。
5、MDI Jade是專門用於XRD分析的軟體，XRD分析就是X射線衍射分析，MDI Jade通過對材料進行X射線衍射，分析其衍射圖譜，獲得材料的成分、材料內部原子或分子的結構或形態等信息的研究手段。
四、解剖學類軟體
1、Human Anatomy Atlas是一款取自透視人體Visible Body的一款全新應用程式，應用將3400個高質感的3D模型展現給讀者，可旋轉可縮放，並對位置、形態、功能和生理結構進行註解。
2、3DBody是一款人體解剖三維交互式軟體，它擁有最完整全面的解剖學數據，涵蓋了人體所有解剖系統。
五、統計分析類軟體
1、IBM SPSS Statistics 是一款專業的數據統計分析軟體，在調查統計行業、市場研究行業、醫學統計、政府和企業的數據分析應用中都是久享盛名的統計分析工具，具有完整的數據輸入、編輯、統計分析、報表、圖形製作等功能。
2、SmartPLS Professional 3.2.8專門從事結構方程（SEM）建模領域。使用該軟體，您只需一分鐘即可完成PLS-SEM。
3、medcalc 19是專為醫學工作者製作的一款醫學統計軟體，利用該軟體可以快速幫助用戶進行常用的醫學計算和ROC曲線(受試者工作特徵曲線)分析，其中包括所有可能閾值的敏感性，特異性、預測值與患病率的關係圖、數據繪圖、區間似然比等多種模塊信息。
4、PASS是一款功能強大的樣本量和功率軟體，臨床試驗，製藥和其他醫學研究的領先樣本量軟體選擇。它還成為所有其他需要進行樣本量計算或評估的領域的支柱。使用為用戶提供妥善的解決方案，並且是確定所需樣本量或分析研究功效的主要軟體工具。
5、Review Manager 5（RevMan 5）用於製備和維護Cochrane系統評價軟體，是最常用的循證醫學中作系統評價和分析的軟體。對錄入的數據進行Meta分析，並且將Meta分析的結果以森林圖等比較直觀的形式進行展示。
6、Process是一款用於spss軟體中的調節效應插件，專門進行分析中介效應和調節效應，Process主要應用於SPSS、SAS等傳統數據統計分析軟體。
7、Mplus是一種統計建模軟體，為研究人員提供了一種靈活的工具來分析他們的數據。Mplus為研究人員提供了多種模型，估算器和算法選擇，該程序具有易於使用的界面以及數據和分析結果的圖形顯示。
8、IBM SPSS Amos 是一款功能強大的結構方程（SEM） 建模軟體，軟體旨在幫助用戶快速的對複雜變量關係進行假設，並進行研究，從而從數據中獲得更多的線索和信息，支持各種標準的多變量分析方法，如回歸、因子分析、相關分析以及方差分析等。
9、GraphPad Prism版是一款適用於醫學繪圖軟體，專為科學研究而設計，加入世界領先的科學家研究方法，能夠讓用戶在短時間內做出最合適的分析選擇，並優雅地繪製和展示您的作品。
10、NCSS是一款功能強大的專業數據統計分析軟體，使用能夠幫助用戶快速進行數據統計、分析和計算等操作。軟體支持描述性統計、相關及回歸分析、試驗設計、質量控制、生存及可靠性分析、多元分析、時間序列分析及預測、統計圖表繪製等操作，軟體同時為用戶提供了一系列用於比重對比和列聯表分析的準確的工具，支持批量評估。
11、Umetrics SIMCA是一款功能強大的多元變量統計分析軟體，深受全球科研工作者的喜歡，它為為多元變量統計分析提供了完善的解決方案和全新的標準。旨在幫助用戶快速有效的挖掘數據並解釋數據結果。
12、The Unscrambler X在多變量分析（MVA）和實驗軟體設計方面設立了超過25年的標準。廣泛的多元回歸，預測和分類方法，經典統計和統計測試，具有實時可視化和易於變換選項的交互式數據預處理。
六、文獻類軟體
1、endnote是一款強大的參考文獻管理工具，被廣泛用於學術領域。它的主要用戶為研究人員、圖書管理員和學生，他們可以通過在線搜索文獻、建立文獻庫和圖片庫、定製文稿、引文編排、文獻檢索工具、文摘及全文的管理工具、引文編排工具等來做他們想做的事情。
2、NoteExpress是一款國產的專業文獻管理軟體。NoteExpress內嵌的瀏覽器可以為用戶提供最簡單、高效的網頁數據搜集，通過簡單的設定，用戶就可以將網頁中顯示的信息，變成標準的題錄。而對於篩選出來的結果，軟體將根據不同研究方向分門別類，按照年份、作者、標題等排序，這樣以來用戶就快速的找到需要的文獻，節約了閱讀瀏覽的時間。
3、Papers是一款革命性的寫論文工具，匯集了海量論文模版、格式、索引等供用戶下載使用，可以在短時間內創作出精彩的文章。Papers把文獻有關的各項活動流暢的組織在一起。主要功能包括包文獻導入、組織、閱讀（注釋）、自動匹配參考條目、搜索、在文檔中插入引用、評點交流等。
4、CiteSpace可視化文獻分析軟體，能夠顯示一個學科或知識域在一定時期發展的趨勢與動向，形成若干研究前沿領域的演進歷程，citespace將能很好的幫助大家從眾多的數據中如何找到自己所需要的，從而解決哪些文獻是具有開創性和標誌性的問題。
5、CAJViewer閱讀器，專用全文格式閱讀器，支持中國期刊網的CAJ、NH、KDH及PDF格式文件閱讀。軟體下載地址
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