精於數據處理:自動化單細胞分析軟體——CeleScope

2021-02-25 新格元

你是否還在為單細胞數據分析而發愁？是否還在為重新學習各種分析軟體而苦惱？今天給大家介紹一個單細胞數據分析軟體——CeleScope™，簡單易上手，結果準確可靠，讓你的研究更進一步！

CeleScope™是一系列用於分析新格元GEXSCOPE®單細胞測序數據的生物信息流程。可從二代測序下機的原始fastq數據開始處理，包含數據拆分、比對、定量、生成表達矩陣、分群等功能。

CeleScope™目前正式可以使用的流程有：

- celescope rna  Single Cell RNA-Seq

- celescope vdj  Single Cell Immune Profiling

 

CeleScope™中還包含一些開發中的流程， 例如：

- celescope tag  Cell-Hashing

- celescope virus  Single Cell Virus Detection

- celescope variant  Single Cell Variants Detection

推薦在linux環境下安裝和使用CeleScope™；在安裝CeleScope™之前，需要安裝好Conda和Git，這兩款軟體安裝可以參考教程：

Conda：https://www.jianshu.com/p/4e5c1ff7c784

Git：https://www.liaoxuefeng.com/wiki/896043488029600/896067074338496

當安裝好上述軟體，只要運行如下命令就可以安裝CeleScope™及所有依賴軟體，是不是很簡單方便？

conda安裝時間根據您的網絡和機器配置而定，可能需要10分鐘-1小時。

CeleScope™安裝完畢，就可以開始單細胞的分析了！我們趕快來嘗試一下單細胞轉錄組分析吧！

1.由於CeleScope™依賴軟體都安裝在了conda環境內，我們首先要激活conda環境：

2. 在conda環境裡運行如下腳本，單樣本的分析就開始了：

3.當然了，現在是大數據時代，單樣本的分析不夠該怎麼辦？所以CeleScope™準備了多樣本分析，運行如下腳本即可：

4.輸入：

--mapfile：包含三列, 每列之間用tab分割；每一行是一個樣本。

第一列：fastq前綴

第二列：fastq所在文件夾

第三列：{sample}（即生成文件的前綴）

第四列：可選，期望細胞數

 

腳本運行完會自動生成html報告，讓你的分析結果一目了然。

以一個小鼠睪丸組織的html報告為例，報告內包含了Sample、Demultiplexing、Trimming、Mapping、FeatureCounts、Cells、Analysis及Marker Gene等一系列結果，下面一一為大家展示。

 

Sample

包括樣本名稱，分析流程，試劑盒版本，軟體版本，每個細節都不錯過

Demultiplexing

根據read1序列進行拆分的質控信息

Trimming

對於接頭和測穿的reads序列進行剪切

FeatureCounts

對比對到基因組的reads進行定量

Cells

通過barcode上的UMI標籤進行細胞數目評估，深藍色代表細胞，灰色代表背景。

通過序列分數評估飽和度

對reads抽樣，觀察不同抽樣條件下檢測到的轉錄本數量佔檢測到的所有轉錄本的比例，如果曲線已進入平臺期，說明測序接近飽和，再增加測序量，覆蓋到的轉錄本數目也不會變化太多。

對reads抽樣，觀察不同測序數據量情況下檢測到的基因數目的分布，如果曲線已進入平臺期，說明測序接近飽和，再增加測序量，檢測到的基因數目也不會變化太多。

了解完CeleScope™的強大功能，您是不是摩拳擦掌想要動手操作一下？登錄我們的網站可以直接下載哦，快來嘗試一下吧！

網址：http://www.singleronbio.com/product/?type=detail&id=5

新格元秉持「格物致知，識微通元」的創新性理念，致力於發展簡便可靠的單細胞組學技術，使之成為新一代細胞病理及血液檢測手段，讓單細胞組學以傳統方法無法比擬的精確度、靈敏度和解析度服務於精準醫療和健康管理等領域。

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