《深海狂鯊3》劇情介紹
小確幸，莫三比克海峽的一座廢棄小漁村，是鯊魚的棲息地，原本有800多土著居民，因為環境所限紛紛離開，只剩下了兩個，一男一女。
以女一號艾瑪博士為首的四人小團體，包括強壯的老肖、精通電腦的理工男和海洋科技大學高材生的小可愛，在這裡建立了「海神」資料庫，運用高科技來監測海洋生物，上至兇殘的大白鯊，下至一公分的小魚。潛心研究海洋並和海洋生物作朋友，她們是真正的熱愛海洋。
在一次和他們的大白鯊朋友「莎莉」親近後，海神系統監測到鯊魚的數量有所減少，女一號認為有可能是數據誤差。
一艘鋼鐵巨輪來了，船上的帥哥和女一號艾瑪是老相識……一起的還有肌肉男和帶來的幾個壯漢。他們在追蹤三隻遊來這裡的「公牛鯊」，想用四人小團隊的「海神」監測系統幫助他們。老肖覺得外來的幾個人心懷不軌而嚴重牴觸，但艾瑪同意幫助他們。
艾瑪、老肖、帥哥和壯漢們下潛去尋找公牛鯊了，小可愛則負責監測海神系統。分頭尋找中，隊員們在成群的各種類型的鯊魚堆中穿行，想想就刺激。艾瑪突然被眼前兩具殘破的大白鯊屍體嚇壞了，能把成年大白鯊弄成這樣，那得戰鬥力多麼強悍並且兇殘的怪獸啊。
小可愛監測到了現場有隻大個兒公牛鯊速度很快襲擊而來，全體人員緊急撤離過程中，艾瑪和帥哥親眼目睹了其中一個壯漢只剩下半截身體的屍體，拖著腸子在水中飄，太血腥了。
上岸後，四人小團隊由海下發生的事情對外來團隊的目的表現出了懷疑。艾瑪認為，剛剛死了兩隻成年大白鯊，他們不能不管。稍作休整，外來團隊就又有了新的計劃，他們打算再次下潛。艾瑪同意繼續用海神系統幫助他們，但拒絕了他們派人來頂替小可愛操作海神系統的要求。
帥哥為了「誘鯊深入」，不小心把自己弄成了餌，艾瑪感覺到不妙，帥哥打公牛鯊一擊不中時，艾瑪在岸上用強力麻醉針擊中了公牛鯊，但同時鯊魚也咬中了帥哥。艾瑪不顧自身安危，下海把帥哥從睡著了的公牛鯊嘴裡救了出來，他們捕獲了這一隻。
同時外出打漁的男土著遭遇了另一隻公牛鯊。男土著的打漁小船漂了過來，人們在船上發現了他被鯊魚咬斷的手臂，女土著十分悲痛。
四人小團隊利用理工男的數據分析出這三隻公牛鯊應該是被研究變異出來的。另外兩隻公牛鯊來撞巨輪的玻璃觀察窗要救被捕獲的那一隻，眼看就要撞破而眾人又無計可施時，帥哥用要殺死捕獲的那隻公牛鯊做要脅，讓另兩隻公牛鯊退了兵。這更加堅定了四人小團隊的猜測。
在女一號的逼問下，帥哥坦白確實隱瞞了他們，這三隻是第一代智商改良鯊魚的幼崽，聰明又兇殘，本應成為大白鯊美食的它們，可以輕易把大白鯊當成點心。但帥哥又承認，在他手中掌握著一個可以發射三隻鯊魚母親腦電波的機器，可以讓它們自投羅網。
這一切被肌肉男聽到了，大反派開始露頭了，他有了新的計劃，為了戰勝三隻公牛鯊，他們可以毀了小確幸。肌肉男和帥哥產生了分歧，帥哥不想得罪老相識，不想毀了小確幸。肌肉男切斷了四人小組和外界的聯繫，他們開始行動了，計劃用TNT炸了三隻公牛鯊和小確幸，以防它們繁殖出下一代更加「變態」的海洋殺手。
而四人小組用水下無人機跟蹤他們，判斷出了他們的計劃。艾瑪找他們理論的過程中，肌肉男翻臉了，對他們動手了。毫無防備的四人組被突如其來的一場衝突弄的相當狼狽。帥哥對於發生的一切無能為力，出於自責，他選擇了相當於自殺的跳海，結果鯊魚一口吞掉，就此領了盒兒飯。
艾瑪下海去排除炸藥，小可愛和理工男被鯊魚和肌肉男困在小屋裡，老肖去營救他們的過程中和肌肉男正面對決，結果不敵被打暈。小可愛和理工男在瀕臨絕境之中，互訴衷腸，鯊魚向他們撲了過來。肌肉男把殘血的老肖交給了壯漢C處理，結果在老肖的反抗下，鯊魚卻弄死了這名落單的壯漢C，咬掉了他的腦袋，場面相當血腥。
而艾瑪在水下排除炸藥，和阻止她的另一名壯漢D起了衝突，正在不敵的時候，又是鯊魚幫了她。艾瑪用炸藥威脅兩隻公牛鯊，讓它們不敢靠近。老肖用壯漢C的屍體吸引走鯊魚，救了艾瑪。艾瑪則把從水下取出來的TNT偷偷裝在了肌肉男的船上，在肌肉男洋洋自得準備引爆水下炸藥時，自己的船卻炸了。
本來沒事了，但艾瑪卻要留下幹掉三隻公牛鯊，不想讓它們繁殖後代成為海洋的噩夢。他們用帥哥的設備吸引鯊魚，但關鍵時刻，水下無人機被攔鯊網給攔住了。老肖義無反顧下水排除障礙。成功排除，但兩隻鯊魚卻圍住了他，衝過來的一剎那，老肖引爆炸藥和兩隻鯊魚同歸於盡了。
艾瑪沒來得及悲傷，反派肌肉男卻冒了出來，船雖然沉了，他卻沒死，壞人命真硬。如果老肖還在的話，還能應付一番，但現在明顯好人佔劣勢。好在一番博鬥後，艾瑪和女土著幸運的合夥殺死了肌肉男。
艾瑪下水引誘剩下的一隻鯊魚進入了一個鋼鐵壓縮機裡，在鯊魚要咬到艾瑪的一瞬間，被壓縮機擠爆了，屍體塊充斥著紅色的血水上下翻滾，場面極度血腥，一般人還真受不了，佩服艾瑪的強大心臟。她們發現了漂浮在海面上的一個柜子，打開卻發現是驚恐萬狀的小可愛，原來是理工男為了掩護她，把自己餵了鯊魚。
至此，故事講完。用人工智慧來改良動物可以幫助人類，但過分亂改就有可能帶來滅頂之災。故事教育我們要敬畏海洋、敬畏大自然。