印尼位於亞洲東南部,是東南亞面積最大的國家,也是世界重要的海洋國家。它橫跨赤道,地處印度洋和太平洋、亞洲和澳洲之間;西北隔馬六甲海峽與馬來西亞西部、新加坡相鄰,北與馬來西亞東部相連,隔蘇拉威西海與菲律賓相望,東與巴布亞紐幾內亞連接,東南隔帝汶海與澳大利亞相對,西與西南瀕臨印度洋,具有重要的戰略地位。印尼領土範圍北起北緯6°08′,南達南緯11°15′,西自東經94°45′,東至東經141°05′。南北寬約1 900千米,東西長約5 100千米。它的陸地總面積約為1 904 556平方千米,海域面積為3 212 160平方千米(包括海洋專屬經濟區面積)。印尼是世界上島嶼最多的國家,被譽為「千島之國」。根據印尼國家測繪局登記核實,印尼全國共有大小島嶼17 508個,其中約有6 000個有人居住。蘇門答臘島(P. Sumatera)、爪哇島(P. Jawa)、加裡曼丹島(P. Kalimantan)、蘇拉威西島(P. Sulawesi)和伊裡安查亞(Irian Jaya)是5個最大最主要的島嶼,佔印尼國土總面積的92%。印尼是《聯合國海洋法公約》承認的群島國,在地理上劃分為四大群島:(1)大巽達群島(Kep. Sunda Besar),包括蘇門答臘島、爪哇島、加裡曼丹島和蘇拉威西島等大島及其附近小島,其面積約佔國土總面積的70.26%。
(2)小巽達群島(Kep. Sunda Kecil),也稱努沙登加拉群島(Kep. Nusatenggara),包括峇里島(P. Bali)、龍目島(P. Lombok)、松巴哇島(P. Sumbawa)、松巴島(P. Sumba)、弗洛勒斯島(P. Flores)和帝汶島(P. Timor)等,其面積約佔國土總面積的3.83%。(3)馬魯古群島(Kep. Maluku),也稱「香料群島」,是由蘇拉威西島與伊裡安查亞之間所有島嶼組成的群島,包括莫羅泰島(P. Morotai)、哈馬黑拉島(P. Halmahera)、特爾納特島(P. Ternate)、奧比群島(Kep. Obi)、蘇拉群島(Kep. Sula)、布魯(P. Buru)、安汶島(P. Ambon)、塞蘭島(P. Seram)、班達群島(Kep. Banda)、西南群島(Kep. Barat Daya)、塔寧巴爾群島(Kep. Tanimbar)、阿魯群島(Kep. Aru)等等,約佔國土總面積的4.13%。(4)伊裡安群島(Kep. Irian),包括世界第二大島巴布亞島的西半部及周邊小島,也稱作西伊裡安島,約佔國土總面積的21.78%。印尼地形以山地和丘陵為主,僅沿海有平原。境內主要有兩條山脈,一條是沿美洲的安第斯山、阿拉斯加山,途經日本、菲律賓至印尼馬魯古群島和西伊裡安的環繞太平洋山脈;另一條是沿北非、南歐、喜馬拉雅山,途經緬甸至印尼蘇門答臘、爪哇、努沙登加拉群島,直至班達群島的地中海山脈。後者是一條年輕的山脈,山勢險峻,高度均在海拔4 000米左右。
該山脈被稱為巽達火山帶,是世界上地震和火山爆發最多的地區,僅爪哇島年均大小地震就多達55次。除加裡曼丹島外,其餘各島均有火山分布,地震頻繁。印尼全國共有火山400多座,其中活火山120多座,最著名的要數巽達海峽的喀拉喀託火山(G. Krakatau)、峇里島的阿貢火山(G. Agung)、中爪哇的墨拉比火山(G. Merapi)、東爪哇的賽梅魯火山(G. Semeru)。印尼境內最高峰是位於伊裡安查亞的查亞峰(Pk. Jaya),海拔4 884米。印尼河流眾多,但受地理特點的限制,其河流一般都不長。其中爪哇島18條,蘇門答臘島17條,加裡曼丹島25條,蘇拉威西島12條,伊裡安查亞28條。全長在500千米以上的主要河流有:加裡曼丹島西部的卡普阿斯河(S. Kapuas)、加裡曼丹島中部的巴裡託河(S. Barito)、加裡曼丹島東部的馬哈坎姆河(S. Mahakam)、伊裡安查亞的曼伯拉莫河(S. Mamberamo)、蘇門答臘島的巴唐哈裡河(S. Batang Hari)和穆西河(S. Musi)、東爪哇的布拉塔斯河(S. Brantas)以及中爪哇的梭羅河(Bengawan Solo)等。
由於印尼處於熱帶地區,降雨頻繁,除西伊裡安有幾條源於雪山的河流外,其餘為雨水河。印尼大型河流普遍比較平緩,水量充沛,適合水上通航和農田灌溉,也蘊藏著豐富的水力資源;一些小型河流衝刷力強,水土流失較為嚴重。印尼的湖泊多為自然形成的火山湖,面積不大。其中爪哇島有32個,加裡曼丹島23個,蘇門答臘21個,蘇拉威西島12個,伊裡安查亞11個,峇里島4個,努沙登加拉群島4個。最著名的是蘇門答臘島北部的多巴湖(D. Toba),它也是東南亞最大的淡水湖。其他較為著名的湖泊還有:蘇拉威西的馬塔納湖(D. Matana),蘇門答臘島的拉烏特達瓦爾湖(D. Laut Tawar)、馬寧焦湖(D. Maninjau),峇里島的巴圖爾湖(D. Batur),佛洛勒斯島的三色湖(D. Tiga Warna),伊裡安的森塔尼湖(D. Sentani)等。除火山湖外,目前還有19個修築水壩而形成的大型水庫,絕大部分位於爪哇島,其中最大的水庫是西爪哇的賈蒂盧胡水庫(Waduk Jatiluhur)。