尼採，德國哲學家，自稱歐洲最徹底的虛無主義者，他在《快樂的科學》中，說到「上帝已死」，而這一句說話，也常常被世人所誤解。「上帝已死」並非是字面上的解讀，而是一個「形而上」的概念，從字面解讀的話，一般人會以為上帝實際存在過，而後來他死了。而從尼採所表達的「上帝已死」，意思是上帝已不再是人類生命的意義來源，尼採著重的不是物理層面的上帝，而是精神層面的上帝。他認為今時今日，上帝所提倡的價值例如十誡，七宗罪等等的觀念，已經不再受重視，可見人心目中的上帝已經死去。
而在《尼爾機械紀元》的世界之中，是誰扮演著上帝的角色呢？沒錯，是人類。人類作為人造人的造物主，在人造人眼中是至高無上的存在，身為一位人造人的使命就是為了人類作戰，奪回他們居住的地球。扮演著上帝角色的人類為了避免寄葉部隊（人造人部隊）的背叛，在人造人的核心「黑盒」上，都強制輸入了[愛人類]的程序。而所有寄葉部隊在敬禮使用左手而非右手，是由於潛意識覺得，「人造人不能和高貴的人類有相同的舉動」，由此可見，人類將各種「結構」、「形式」、「價值」，都賦予給人造人。
簡單而言，人類就是人造人存在的意義，在這一點上是跟人類的宗教信仰一樣的。宗教往往是人類的道德指標與價值，而當人類不再相信上帝的價值或理念，便失去了道德價值的目標與方向。同樣地，在尼爾的世界中，當人類全數滅亡後，為人類而戰的人造人將失去生存的意義。而在遊戲途中，我們會慢慢發覺遊戲所謂的神，也就是人類，跟本已經不存在，對於人造人來說，人類的滅亡，跟尼採的「上帝已死」，基本上能夠劃上等號。
那麼，既然上帝已死，人造人又該如何去尋找新的價值呢？其實尼採所說的「上帝已死」，看似很悲觀，但其實他想表達的是「當人打破了信仰上帝這項基督教化，就等於打破了一切：一個人的手中必然空虛」，而這就是虛無主義的開端，這種虛無主義，讓尼採盡其努力去找出重估人類基本價值的方法。虛無主義的意思是：世間上所謂價值、觀念、真理都僅僅是人為的解釋，世界本身並沒有形而上的真理及終極的價值或意義。尼採想找尋比宗教價值更深入的宇宙觀。
將這點應用在尼爾這部遊戲身上，就代表著「人類已死」，人造人失去了人類之後，依然可以找到正面的可能性。放棄了對人類的信仰，即是為人造人的創作能力開了第一道門戶，承認「人類已死」就像一塊空的大帆布那樣，這是成為新的，不一樣的，更創新事物的自由。這種自由並不包括接受過去的包袱，當人造人能拋下過去的一切，摒棄守舊的價值觀，人造人就會像鳳凰般重生，這就是尼爾的Ｅ結局。
在E結局看似簡單的彈幕射擊中，你會在過程中發現，彈幕的密集程度比以往高出很多很多。其遊戲的難度，會把你求生的意志一次又一次地打沉，在五次失敗後，就會出現提示，會告訴你有人發來了支援，是否接受。
那仿佛是絕望之中唯一的希望一般，就算全世界都拋棄了你們，也依舊有人希望你們生存下去，依舊有人愛著你們，所以哪怕是那一絲絲的可能性，也要掙紮下去。同時背景的BGM也會變成合唱，它在告訴你，你不是一個人在戰鬥，除了你之外，也會有相信那個微乎其微的可能性的人出現。在與其他玩家共同奮戰中，人造人重建了存在的價值，在Ｅ結局裡的過場動畫中，飛往天際的白鴿，正是人造人們正通往自由，用自己雙手開闢出新道路的象徵。
到最後，POT成功保存了A2，2B，9S的機體和記憶數據，並且修復了他們的身體。沒人知道他們是否真的會醒來，是否還能夠再一次啟動，到底他們是否能夠再一次見到對方，保留著這些問題後，《尼爾機械紀元》也正式完結。
在上一篇的存在主義裡，我說過尼爾這部遊戲想表達的，就是「無意義」，而無意義正是偉大哲學家尼採所說的：「那裡有著大把的空間，等著我們去創造意義出來」。這樣，我們便能夠建立起真正屬於自己的價值，而不再是社會上所賦予你的價值。POT最後一句，也正正是尼採哲學中的終極意義：「因為未來不是由誰給予，而是要靠自己爭取」而這個試圖從虛無中創造一切的過程，比起簡單的拋棄一切而死更要痛苦，當我們試圖從虛無中創造出一切，正是尼採虛無主義中最終極的形態——「正面虛無主義」。
而尼採在他的「查拉圖斯特拉如是說」也曾提出，「人類精神演變」的三個階段，依序為駱駝、獅子、嬰兒。「駱駝」代表的是背負傳統道德的束縛，也就是人造人為了人類的榮光而戰鬥；「獅子」則是象徵勇於破壞傳統規範的精神，也就9S發現真相後的破壞；「嬰兒」則是代表破壞後創造新價值的力量，也就是尼爾E結局後，人造人未來創造出新的可能性。《尼爾機械紀元》告訴玩家，「即使失去了一切也不要放棄自己」。
其實我在遊戲中一直都有問著同一個問題：「人造人的眼罩有什麼作用？」在結合遊玩後的感想和和官方的解釋後，我得出的結論是：為了讓人造人帶上「虛假的本質」作戰和「無法看見真相」。所以，在遊戲後期，你會看見9S在結局前除下眼罩，在這邊我的推斷是，9S在最終看清了所有真相，把所有虛假的本質除下，以無意義的身份去戰鬥。
如果我們一直使用尼採的哲學去解釋E結局的話，我們可以看見人造人的未來還是很光明的。因為在最後大多人都認為，人造人最終會成為新人類，開闢出新的存在意義，找到他們終極的價值。但我在寫這篇文章時，會發現當應用尼採哲學到遊戲上時，會出現了部分的矛盾，而這種矛盾，我覺得正是狡猾的橫尾太郎的手筆。
所為，在這我先賣個小關子，你有沒有想過為什麼在Ｅ結局中，POD修復了人造人的機體，但未甦醒的2B及9S，卻又要繼續帶著眼罩？黑心的橫尾太郎，在尼爾舞臺劇中有敘述到E結局後的故事，至於後續故事，大家有興趣可以自己上網尋找，前提是要做好胃痛的準備。