什麼,你感興趣的GEO數據集沒有關聯到原始文獻出處

2021-02-24 生信技能樹

一般來說，想挖掘GEO資料庫的公共數據集，最後發表時候都要引用該數據集的原始文獻。一個GSE數據集會關聯到一個原始文獻，比如：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE90604

可以看到其關聯的文章是：Simultaneous miRNA and mRNA transcriptome profiling of glioblastoma samples reveals a novel set of OncomiR candidates and their target genes. Brain Res 2018 Dec 1;1700:199-210. PMID: 30176243

甚至一個GSE數據集關聯更多文獻，如果這個數據集被挖掘過。比如：

當然，並不是說這個GEO數據集被多次挖掘，就一定要關聯到多個文章，比如：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE4107 它其實至少被挖掘了五次。

更嚴重的是有些時候，你感興趣的GEO數據集沒有關聯到原始文獻出處。比如：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE104267

如下所示：

GEO數據集沒有關聯到原始文獻出處

其實可以，根據作者單位，上面寫的是：顧建欽. Jianqin Gu. 河南省人民醫院. Henan Provincial People 's Hospital

或者搜索 郵箱；dangyuan830307@hotmail.com  多次反覆搜索，查到了對應的真實作者：Dang, Yuan  dangyuan830307@hotmail.com

World J Surg Oncol. 2015 Oct 1 Expression and clinical significance of long non-coding RNA HNF1A-AS1 in human gastric cancer.World J Surg Oncol. 2018 Mar  Evaluation of the expression and clinical value of lncRNA AC010761.9 in human gastric adenocarcinoma.

其實上面我舉例的第一個例子最開始也是沒有關聯文獻的，我當時是谷歌搜索：Sukru Gulluoglu Yeditepe University

https://www.researchgate.net/profile/Sukru_Gulluogluhttps://sg.linkedin.com/in/sukru-gulluoglu-42576827https://scholar.google.com.tr/citations?hl=en&user=COkIAXYAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate

甚至還能查到作者的其它數據集：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE88721

我們感興趣的數據集相關文章應該是：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006899318304578?via%3Dihub  作者的差異分析結果是：1332 genes and 319 miRNAs were found to be dysregulated by the microarrays. 正文清清楚楚的提到了：GEO Series accession number GSE90604 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE90604).

然後我聯繫了GEO官方，把這個文獻關聯上去了這個數據集頁面。

嘻嘻，如果你在挖掘GEO數據集的同時，也發現了那些並沒有關聯到原始文獻的，而且你成功找到了就通知一下GEO官方哈。

絕大部分同學是R或者Linux基礎知識掌握的不牢固，並不是我的視頻課程錄製的不夠好！

不點讚也不打賞，為什麼呢？

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