愛因斯坦曾經說過，瘋狂，就是無數次去重複同樣的事情，卻期待著不同的結果。
「宇宙有始無終，無限；
星辰終將熄滅，有限；
有史為證，有智慧的生命才最愚蠢；
海中的魚，永遠不會知曉地上世界；
如果它們想要探求大地
它們一定會為此而死
人類想要超越光速
比想要踏上大地的魚類還要愚蠢
這就是，與神最後通牒所對抗者的——
執念的碑文」
故事以一件現實事件為基礎，2000年11月2日，一個名為「約翰·提託」的人在網際網路論壇發文宣稱，他是一名時光旅行者，從2036年乘坐時光機器來到2000年，為解決威脅未來的計算機「千年蟲」問題，將要繼續前往1970年尋找IBM 5100。
男主角退出論壇，what a ****，這個神經病。
岡本倫太郎，大齡中二青年一枚，宅漫入腦，自稱「鳳凰院兇真」。整天活在夢裡，每次把事辦砸了就會狡辯說「啊，這都是Steins Gate（命運石之門）的選擇！」與黑客橋田至成立了一家簡陋得可憐的「未來道具研究所「，每天發明些沒用的東西，姑且具有一定的電器專業知識，畢竟也算是日本東電大學的高材生。
這樣自娛自樂浪費光陰的生活一直持續到她——美國女博士牧瀨紅莉棲的歸來。
「**，成功了，郵件發送到過去了。」
「ＷＴＦ！真的假的？趕緊把今天彩票號碼發我手機上！」
幾個瘋狂的科學天才思維碰撞的結果，就是第一部能夠把簡訊發送到過去的時光機誕生了。（第一件事當然是發彩票號碼，可惜過去的自己當它是詐騙簡訊沒信……）
之後這群科學界的青年才俊就開始了各種嚴肅論證的時空實驗。
「讓我媽懷孕的時候多喝點牛奶，生個閨女。」「本萌妹的父上是那年車禍死的，哥，靠你了。」「我那天網友聚會忘了去，發條簡訊提醒我下，謝了哥！」……
正當這群二逼玩得不亦樂乎的時候，敲門聲響了。
每改變一個過去的事實，「現在」的世界就會發生某些變動，為了區分不同的世界，他們把具有不同歷史的世界區分為不同的「世界線」，而讓人穿越回過去的改變未來行為就稱為「世界線的跳躍」。
「時光機器將由ＳＥＲＮ回收。」
「岡部，快離開啊，你也會被殺的！」
First blood，Double kill，Triple kill……
「讓我來！」
「但是，萬一失敗的話……」
「快點！」
Mega-Kill
「跳躍啊！」
作為一個後期慢熱作品，在長達13集的鋪墊之後，第一個時空機器人體實驗，開始了。
正如同中國算命可以預言某人許多重要的運程一樣，無論如何改變過去，有些關鍵的事實也是無法改變的，一切都是命中注定，這種現象叫做「世界線的收束」。
「你想說那時候的事情，是寶貴青春上的一頁嗎？筒子！
我說過幾遍，幾遍，幾遍幾遍幾遍了！
因為這東西，發生了什麼；因為這東西，我經歷了些什麼！
因為這個東西（時光機），真由理被殺掉了。因為這個東西，紅莉棲犧牲了。因為這個東西，你的女兒跳回到過去，然後自殺了。
你要是說你忘了話，那我就再給你說一遍。
你是笨蛋嗎？那種不見棺材不落淚的笨蛋嗎？」
美國海豹部隊，日本自衛隊，歐洲公司僱傭兵，俄羅斯特種部隊，第三次世界大戰，前蘇聯的亡魂……
悲劇的結局永遠無法改變。這就是神的通牒。
3000次跳躍，我為你而來。
「世界是可以欺騙的。」
「岡倫，是毒賭擼哦！抱歉，我和玲子小姐一起回一趟過去……因為，那個時候，是我把我的牽牛星，把那個無論多麼困苦都會站起來高聲大笑，堅強的牽牛星，給藏到烏雲背後去了……
岡倫的周圍，有筒子，有鈴小姐，有偽娘君，有菲利斯，還有真帆小姐也加入了（後宮）……
所以，這次輪到我出場了。這可是Lab NO 2 的第一次重大任務啊……
我，喜歡鳳凰院兇真，但是——
更喜歡岡部倫太郎。」
「你可是我的人質啊。」
當最後的支柱也倒下，那個把一切搞砸的男人看到了他最後的武器，最後的希望。也是他無數次的絕望和噩夢。
「吶，岡倫，能夠讓所有人都獲得幸福的世界線，真的存在嗎？」
「啊，它的名字叫做，命運石之門。」
「從現在起，完成【電話烤箱二號機】，進行時光跳躍，祝我一臂之力。 」
「為了這場勝利，與我一起戰鬥至今的同伴，我感謝你們。所有為此而犧牲的回憶，我感謝你們。
「這次，我絕對不會放棄。哪怕是失敗了幾次，幾十次，幾百次，我也會挑戰幾千次，幾萬次，幾億次。
因為我是狂氣的瘋狂科學發明家——」
鳳凰院·真兇。