醫學科學部遵循科學研究自由探索和國家需求導向的 「雙力驅動」原則，重點支持以防病、控病和治病中的基礎科學問題為目標，針對機體的結構、功能、發育、遺傳和免疫異常以及疾病發生、發展、轉歸、診斷、治療和預防等開展的基礎研究 (包括臨床基礎研究)，以提高我國醫學科學研究水平。
鼓勵申請人從醫學實踐中凝練和發掘科學問題，開展學術思想和研究方法的創新研究;鼓勵科學家長期、深入地對重要科學問題進行系統性、原創性研究;鼓勵基礎醫學和臨床醫學相結合的轉化醫學研究;鼓勵利用多學科、多層面、多模態的新技術、新方法，從分子、細胞、組織、器官、整體以及群體等不同層面，針對疾病的發生、發展與轉歸機制開展深入、系統的整合醫學研究;鼓勵在已有工作基礎上提出具有創新思想的深入研究;鼓勵與其他領域融合的多學科交叉研究;鼓勵開展新的疾病動物模型的創建;鼓勵開展實質性的國際交流與合作研究。關係國計民生的重大疾病、突發/新發預防醫學和公共衛生問題、危害人民群眾健康的常見病、多發病的基礎研究將是資助的重點;同時重視支持具有研究基礎的罕見病的研究，注意扶持相對薄弱的研究領域，保障各研究領域均衡、協調和可持續發展
1在生命科學部面上項目指南的科學處及學科部分，具體說明了學科資助範圍和不予受理的內容，請申請人認真閱讀申請項目擬申報學科的項目指南。需要強調的是：在面上項目指南中學科提出的不予受理內容也適用於在該學科申請的其他各類項目。
2重視預期成果的科學意義和潛在臨床價值。在申請書立項依據中請闡釋與項目申請有關的研究動態和最新研究成果，以及在此基礎上有理有據地凝練出科學問題或科學假說。闡釋研究的理論和應用價值。
3重視研究內容、研究方案及所採用的技術路線是否能驗證所提出的科學問題或假說，注重科學性、可行性和邏輯性;要求研究內容適當，研究方案翔實，技術路線清晰，資金預算合理。
4請闡釋深入研究的科學問題和創新點;前期已經發表的工作，請列出發表論文;尚未發表的工作應提供相關實驗資料，如實驗數據、圖表、照片等。
5詳細論述與本項目申請直接相關的前期工作基礎，如果是對前一資助項目的延展，保證提供的信息和申請書內容準確可靠，本著科學、求真的態度，按照有關要求認真撰寫。注意如實填報申請人和主要參與者的個人簡歷 (教育簡歷和工作簡歷，寫到年和月，注意時間銜接)、各類項目資助情況以及發表學術論文情況。請申請人特別注意：發表學術論文情況要求列出全部作者姓名 (按照論文發表時的作者順序)、論文題目、雜誌名稱、發表年代、卷期以及起止頁碼 (摘要論文、會議論文等請加以說明);請註明第一/通訊作者情況並請按照申請書填報說明與撰寫提綱的要求書寫;對已被接受尚未正式發表的論文，請附相關雜誌的接受函或在線出版的網頁連結;投稿階段的論文不要列出。對於出現作者排序和標註不實的項目申請將以學術誠信問題提交會議評審專家組。
獲得專利和獎勵情況請按照申請書中所列格式要求填寫。
6請嚴格按照指南申請須知的要求填寫資助期限;申請書中所列研究計劃要與資助期限一致，否則將不予受理。
7對於病原微生物研究的項目申請，應嚴格執行國務院關於 《病原微生物實驗室生物安全管理條例》和有關部委關於 「倫理和生物安全」的相關規定;涉及高致病性病原微生物的項目申請，應隨申請書提交依託單位生物安全保障承諾。
8進一步重視對資助項目的後期管理工作，加強 「績效考核」，加強對系統性和延續性研究項目的持續資助，對前期研究項目完成良好的負責人提出的申請給予優先關注。
9為使科學家集中精力開展研究工作，2016年度獲得高強度項目 [如重點項目、重點國際 (地區)合作研究項目、重大項目、重大研究計劃或聯合基金中的重點支持項目等]的項目或課題負責人，以及申請項目與申請人承擔的其他國家科技計劃研究內容重複者，2017年度申請面上項目原則上不再給予支持。
10申請人需在提交的電子版申請書附件中提供不超過5篇與申請項目相關的代表性論著的PDF文件 (僅附申請人的代表作)。
11各類項目申請注意事項請關注醫學科學部網頁。
醫學科學部近幾年的申請情況與依託單位需注意的問題
項目申請量過大消耗了有限的評審和管理資源，增加了評審和管理的成本，影響了評審工作的質量。為了科學基金事業和醫學科學的健康、穩定和可持續發展以及保障科學基金項目評審和管理工作的質量，要求依託單位在科學基金項目申請過程中，嚴格按照《國家自然科學基金依託單位基金工作管理辦法》的要求，進一步加強組織管理，提高申請項目質量，減少低水平項目申請。
資助情況與預算
2017年度面上項目直接費用平均資助強度約為60萬元/項，與2016年度基本持平，資助期限為4年。在一些特定領域 (見指南各科學處部分)，對於一些工作基礎雄厚、需要較高強度資金支持、特別優秀的創新性項目可給予面上項目直接費用平均資助強度約2倍的資金支持。請申請人根據工作實際需要，合理申請資金，填寫資金預算表。
醫學科學部(醫學科學一處)
醫學科學一處主要資助呼吸系統、循環系統、血液系統領域的基礎研究和臨床基礎研究。
呼吸系統(H01)
主要資助肺、氣道、肺循環、縱隔、胸膜、胸廓、膈肌等疾病的相關研究。研究範圍主要涉及肺及氣道的結構、功能與發育異常，肺、氣道免疫與移植，肺泡與氣血屏障，肺液體轉運與肺水腫，呼吸調控異常，呼吸系統感染及宿主與病原物相互作用，肺損傷、修復與重構，氣道炎症與哮喘，慢性阻塞性肺疾病，肺循環與肺血管疾病，間質性肺疾病，肺結節，肉芽腫，結節病，睡眠呼吸障礙，胸膜疾病等領域的發病機制、病理變化及幹預性研究，以及與呼吸系統疾病研究相關的新方法和模式動物研究。
呼吸系統新發、突發傳染病和可吸入性細顆粒物 (如霧霾和吸菸等)對健康的影響越來越受到關注，鼓勵開展環境因素和病原體所致呼吸系統損傷和免疫功能失衡的基礎和應用基礎研究;鼓勵開展炎症微環境調控、組織損傷修復、肺纖維化等具有共性的科學問題研究;鼓勵開展關於支氣管或肺泡上皮非典型增生及結節性病變的相關研究;鼓勵開展肺幹細胞與肺再生醫學研究;鼓勵建立呼吸系統研究的技術平臺和疾病動物模型的相關研究。
呼吸領域目前受理和資助的項目主要集中在氣道炎症，包括哮喘和慢性阻塞性肺疾病，睡眠呼吸障礙，肺損傷、修復與重構等領域，其他分支領域受理的項目不多。學科將加強在肺氣血屏障、呼吸系統感染及宿主與病原物相互作用、慢性咳嗽、肺結節和胸膜疾病等領域的支持，鼓勵開展呼吸系統疾病細胞治療方面的探討;鼓勵結合生物醫學研究的最新進展，開展呼吸系統疾病的免疫調控、遺傳與表觀遺傳、呼吸道微生物組學等相關研究，尋找疾病精準診治的新手段，以及潛在的分子標誌物和幹預靶點。
循環系統 (H02)
主要資助各種心臟和血管 (含淋巴管)疾病，以及微循環與休克等方向相關科學問題的研究。近年來，關於心肌/血管損傷和保護的項目申請數量最多，其次是動脈粥樣硬化、冠心病、心律失常、心力衰竭和高血壓等領域。鼓勵開展原創性和轉化性的基礎研究;鼓勵臨床醫學和生物學、遺傳學、基礎醫學及其他相關學科進行多學科交叉，聯合開展心血管疾病的發生、發展機制和幹預策略的研究;鼓勵在心血管前沿領域開展國際合作;鼓勵在前期研究基礎上提出創新性的研究設想，以獲得具有獨立智慧財產權的研究成果;鼓勵研究生物活性物質對心臟和血管的調控和損傷機制及其與疾病發生發展的關係，尋找潛在的診斷標誌物、幹預靶點和創新治療技術;鼓勵研究代謝紊亂相關心血管疾病的分子病因學、網絡調控機制及幹預靶點;鼓勵研究其他系統疾病對心血管系統的影響及機制。鼓勵加強心包疾病、感染性心內膜炎、循環系統免疫相關疾病和淋巴循環疾病等相對薄弱領域的基礎和應用基礎研究;鼓勵加強兒童心血管疾病的相關研究，對於該領域優秀的創新性項目，2017年度將給予1或2項高強度面上項目資助。
血液系統(H08)
主要資助造血細胞、器官的發育與生成，造血幹、祖細胞與造血調控，紅細胞及其相關疾病，白細胞及其相關疾病，血小板及其相關疾病，再生障礙性貧血與骨髓衰竭，骨髓增生異常症候群，骨髓增殖性疾病，血液疾病感染與治療，出血、凝血與血栓，白血病，造血幹細胞移植及併發症，間充質幹細胞與血液疾病治療，血型與輸血，遺傳性血液病，淋巴瘤，骨髓瘤與漿細胞疾病等相關研究，以及血液系統疾病研究、診斷與治療的新技術、新方法。
血液系統目前受理和資助的項目主要集中在白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、造血微環境、造血幹細胞移植等相關領域，其他分支領域受理的項目數不多。特別是紅細胞疾病、血栓與止血、細胞免疫治療等領域受理的項目數量偏少。鼓勵在造血微環境與疾病發生、惡性血液病的克隆演變、疾病細胞異質性與精準診治等領域開展研究;鼓勵基礎研究與臨床問題相結合開展臨床基礎研究;鼓勵充分發掘臨床資源開展相關的轉化醫學研究;鼓勵利用先進的研究手段和方法包括利用相應的血液學研究平臺和模式動物開展相關研究。鼓勵開展血液領域中的生物治療方面的相關研究，包括造血幹細胞移植、間充質幹細胞治療、細胞免疫治療、基因治療等相關基礎與應用基礎研究。此外，鼓勵在前期工作基礎上開展下述熱點領域研究，包括造血過程調控及造血細胞重編程研究;疾病狀態下造血細胞與惡性細胞和微環境的相互關係;血液惡性疾病的克隆性演變;血液腫瘤的耐藥問題;造血幹細胞移植及其相關生物學和免疫學問題;血液疾病組學、生物標誌物及其功能驗證;血液腫瘤幹細胞及其維繫機制和臨床相關性;血液疾病的細胞治療及靶向治療;體外誘導幹細胞分化成造血細胞;血小板、凝血因子與血管相互作用及機制等。
醫學科學部(醫學科學二處)
醫學科學二處主要資助消化系統、泌尿系統、內分泌系統與代謝和營養支持、眼科學、耳鼻咽喉頭頸科學以及口腔顱頜面科學領域的基礎研究和臨床基礎研究。
消化系統 (H03)
主要資助消化系統各種非傳染性、非腫瘤性疾病相關科學問題的相關研究。2016年度消化系統研究領域項目申請量較2015年度增長11.4%，肝臟疾病相關的項目申請仍然最為集中，其中肝纖維化、肝硬化與門脈高壓症佔總項目數的14.3%，其次為肝再生、肝保護、肝衰竭、人工肝 (10.3%)，肝臟代謝障礙及相關疾病 (8.2%);胃腸道疾病相關項目中，以消化道內環境紊亂、黏膜屏障障礙及相關疾病 (9.7%)、胃腸道免疫相關疾病 (8.4%)、消化道動力異常及功能性胃腸病(7.0%)為主;胰腺外分泌功能異常與胰腺炎佔6.1% (與2015年度持平)，消化系統器官移植佔5.8%;腹壁/腹膜結構及功能異常、消化系統內分泌及神經體液調節異常、胃酸分泌異常及酸相關性疾病及消化系統血管循環障礙性疾病等方面的項目申請仍然很少，為消化系統研究冷點領域，應予以關注。各種肝臟疾病，尤其是脂肪性肝病、肝纖維化、肝硬化，以及肝損傷、再生、修復和移植等方面的研究依然是該領域的重要熱點問題;在胃腸道疾病的研究中，消化道黏膜屏障障礙及相關疾病的申請量較2015年度明顯增加，申請數量和所佔比例已經進入總申請量的前三位。消化系統免疫性疾病、胃腸動力學及功能性疾病的機制研究的關注度保持穩定。藥物、毒物、酒精所致的消化系統疾病也是目前關注的重要領域。鼓勵針對上述領域的重要前沿問題開展的基礎和臨床基礎研究，鼓勵疾病臨床前階段的病理及病理生理學研究和以功能紊亂為主要表現的疾病發病機制的研究;鼓勵消化系統各器官之間的相互聯繫在消化系統疾病發病中的作用研究。
泌尿系統 (H05)
主要資助有關腎、輸尿管、膀胱、前列腺和尿道等組織器官結構和功能異常及相關非腫瘤性疾病的研究。2016年度項目申請量比2015年度增長5.54%，研究熱點領域仍然為急性腎損傷、慢性腎臟病防治的相關科學問題，主要分布於泌尿系統損傷與修復 (21.59%)，其次為繼發性腎臟疾病 (14.93%)、腎衰竭(10.6%)和原發性腎臟疾病 (9.89%)。腎移植、泌尿系統結石、尿動力學的申請量與2015年度基本持平。泌尿系統感染、腎臟物質轉運異常和腎臟內分泌功能異常研究仍較少，為泌尿系統研究冷點領域，應予以關注。繼續鼓勵該領域連續性、創新性的基礎和臨床研究。
內分泌系統/代謝和營養支持 (H07)
主要資助內分泌器官結構及功能異常和相關非腫瘤性疾病的研究，包括內分泌系統各種疾病，以及經典與非經典內分泌組織的內分泌功能及異常等;資助人體各種代謝異常及與臨床營養失衡治療相關的研究。2016年度項目申請數較2015年度增長8.6%。糖尿病相關各方向的研究依然是最為集中的研究領域，佔申請總數的52.8%，其次為能量代謝、肥胖方面的研究 (17.9%)、骨代謝(10.4%)、甲狀腺疾病 (4.5%)，以及代謝症候群 (4.3%)，與2015年度基本持平。
2016年申報數量較少的研究領域仍舊集中在水電解質代謝障礙及酸鹼平衡異常、胺基酸代謝異常、腎上腺發育及結構異常、甲狀腺及甲狀旁腺移植和鈣磷代謝異常等方面。上述研究領域將繼續予以關注和重點支持。鼓勵開展在臨床中發現新現象、新問題而進行探索併合理設計的深入研究。
眼科學 (H12)、耳鼻咽喉頭頸科學 (H13)及口腔顱頜面科學 (H14)
主要資助相關領域非腫瘤性疾病的相關研究。眼科學主要資助包括眼科炎症性、免疫性、遺傳性、變性以及新生血管性疾病等領域的相關研究。2016年度耳鼻咽喉頭頸科學領域項目申請仍集中於聽覺異常與平衡障礙 (41.18%)，嗅覺、鼻及前顱底疾病 (27.17%)和咽喉及頸部疾病 (9.77%)三個領域。聽覺障礙機制及聽力修復相關研究是耳科學關注的重點問題，包括各種類型耳聾的遺傳學及分子發病機制研究，以及聽覺損傷信號通路的相關研究等。鼻科學研究主要集中在針對影響鼻炎鼻竇炎發生發展機制及過敏性鼻炎的發病機制和免疫治療探討。咽喉疾病集中在發音障礙及功能重建等方面，阻塞性呼吸睡眠暫停症候群也是主要資助相關領域非腫瘤性疾病的相關研究。眼科學主要資助包括眼科炎症性、免疫性、遺傳性、變性以及新生血管性疾病等領域的相關研究。2016年度耳鼻咽喉頭頸科學領域項目申請仍集中於聽覺異常與平衡障礙 (41.18%)，嗅覺、鼻及前顱底疾病 (27.17%)和咽喉及頸部疾病 (9.77%)三個領域。聽覺障礙機制及聽力修復相關研究是耳科學關注的重點問題，包括各種類型耳聾的遺傳學及分子發病機制研究，以及聽覺損傷信號通路的相關研究等。鼻科學研究主要集中在針對影響鼻炎鼻竇炎發生發展機制及過敏性鼻炎的發病機制和免疫治療探討。咽喉疾病集中在發音障礙及功能重建等方面，阻塞性呼吸睡眠暫停症候群也是主要資助相關領域非腫瘤性疾病的相關研究。眼科學主要資助包括眼科炎症性、免疫性、遺傳性、變性以及新生血管性疾病等領域的相關研究。2016年度耳鼻咽喉頭頸科學領域項目申請仍集中於聽覺異常與平衡障礙 (41.18%)，嗅覺、鼻及前顱底疾病 (27.17%)和咽喉及頸部疾病 (9.77%)三個領域。聽覺障礙機制及聽力修復相關研究是耳科學關注的重點問題，包括各種類型耳聾的遺傳學及分子發病機制研究，以及聽覺損傷信號通路的相關研究等。鼻科學研究主要集中在針對影響鼻炎鼻竇炎發生發展機制及過敏性鼻炎的發病機制和免疫治療探討。咽喉疾病集中在發音障礙及功能重建等方面，阻塞性呼吸睡眠暫停症候群也是主要資助相關領域非腫瘤性疾病的相關研究。眼科學主要資助包括眼科炎症性、免疫性、遺傳性、變性以及新生血管性疾病等領域的相關研究。2016年度耳鼻咽喉頭頸科學領域項目申請仍集中於聽覺異常與平衡障礙 (41.18%)，嗅覺、鼻及前顱底疾病 (27.17%)和咽喉及頸部疾病 (9.77%)三個領域。聽覺障礙機制及聽力修復相關研究是耳科學關注的重點問題，包括各種類型耳聾的遺傳學及分子發病機制研究，以及聽覺損傷信號通路的相關研究等。鼻科學研究主要集中在針對影響鼻炎鼻竇炎發生發展機制及過敏性鼻炎的發病機制和免疫治療探討。咽喉疾病集中在發音障礙及功能重建等方面，阻塞性呼吸睡眠暫停症候群也是一個受關注的研究領域。聽覺發育與退變、耳鳴、聲敏感、眩暈及嗅覺障礙的發生機制及幹預研究是重要的研究方向，將予以高強度面上項目支持。
本科學處不受理有關治療藥物合成設計及藥物藥理方面的研究，此類項目請選擇醫學九處 (H30，H31)相應的申請代碼。泌尿系統 (H05)不受理男性生殖及男性性功能障礙方面的研究，此類項目請選擇醫學四處 (H04)相應的申請代碼。有關牙體、修復、種植材料方面的研究請選擇H1409;口腔醫學範圍內顱頜面骨、軟骨組織的研究請選擇H1402;其他有關口腔正畸、修複本身特點的研究申請可選H1408。腫瘤研究的項目申請請參見醫學科學部總論部分。
醫學科學三處主要資助神經系統疾病、精神疾病和老年醫學領域的基礎研究和臨床基礎研究。
神經系統和精神疾病 (H09)
主要資助神經系統各類非腫瘤性疾病的病因、發病機制、診斷、治療和預防的相關研究。本科學處關注神經系統常見病，如腦血管病、癲癇、腦與脊髓的損傷與修復、疼痛、神經退行性疾病的研究，也重視罕見神經系統疾病的研究。中樞神經遺傳代謝病發病機制、神經系統免疫和炎性疾病的發病機制和治療研究是資助的重要方向，同時也關注神經系統疾病和精神疾病共病的病因學和臨床相關的研究。
現代人類疾病譜的一個重要特徵是心理障礙和精神疾病的發生率迅速上升，研究精神疾病的核心問題是發現與疾病相關的生物學基礎，闡明病因和發病機制，以期實現疾病的早期發現、客觀診斷和對因治療。2016年度項目申請中，仍以抑鬱症、精神分裂症為主，孤獨症、注意缺陷症候群等的申請比以前有所增加，但是有關危機幹預的項目申請較少。今後應加強研究遺傳與環境因素在心理障礙和精神疾病發生發展中的相互作用與規律，發現潛在的病因和幹預靶標，建立可監測心理障礙和精神疾病發生、發展及預後的在體生物學標記，優化心理、行為學檢查技術，實現心理障礙和精神疾病的早期發現和診斷;通過藥物或非藥物手段對心理障礙和精神疾病實行早期幹預和治療，從而降低我國人群的心理障礙和精神疾病的發病率。
2017年度將在結合兒童神經系統特點的兒童癲癇、發育障礙相關研究方面給予2或3項高強度的面上項目資助，以鼓勵該領域的研究者開展相關研究。同時，希望進一步均衡資助來自神經病學、神經外科學、精神病學以及與神經精神相關的如兒科學、麻醉學等不同學科分支的項目申請，鼓勵臨床醫生與從事神經科學基礎研究的學者開展實質性的合作研究。
老年醫學 (H25)
主要資助衰老的病理生理機制及衰老所致相關疾病的研究。鼓勵在器官、組織、細胞、亞細胞、分子基因水平開展衰老或老齡化過程中機體病理生理學的變化及其所致各類疾病的衰老共性機制研究，如器官、組織或細胞衰老病理生理機制，遺傳、代謝、損傷、應激、炎症等因素與器官組織衰老以及與衰老相關疾病發生的關係，幹細胞衰老與相關疾病等;鼓勵衰老及相關疾病的新技術、新方法研究以及鼓勵限食、運動、小分子藥物等延緩組織器官衰老的分子機制研究，為老齡化疾病的預防、早期預警、診療及預後提供理論基礎。
本科學處老年醫學領域不受理與衰老機制無關的各器官或系統老年疾病的項目申請，此類項目請選擇相應系統的申請代碼。腫瘤研究的項目申請請參見醫學科學部總論部分。
醫學科學部(醫學科學四處)
醫學科學四處主要資助生殖系統、圍生醫學和新生兒 (H04)以及醫學免疫學(H10)領域的基礎研究和臨床基礎研究。
生殖系統/圍生醫學/新生兒 (H04)
主要資助圍繞生殖系統結構、功能及發育異常、損傷與修復、炎症與感染，生殖內分泌異常及相關疾病，生殖系統遺傳性疾病，各種生殖系統相關的非腫瘤性疾病，生殖細胞發生與受精，胚胎著床及胎兒發育、產前診斷，胎盤結構、功能及發育異常，妊娠及妊娠相關性疾病，新生兒相關疾病，乳腺結構、功能及發育異常，避孕、節育與妊娠終止，女性不孕不育與輔助生殖，生殖醫學工程，以及生殖系統/圍生醫學/新生兒疾病相關診療新技術等開展的相關研究。
重點關注的研究方向和領域包括生殖細胞發生與受精、著床前胚胎發育、胚胎幹細胞發育、胚胎著床、胚胎胎兒發育及異常的研究，胎盤發育調控的研究，妊娠適應代償機制及其調控異常所致的妊娠相關疾病的研究;子宮內外環境因素影響妊娠結局及子代健康的研究;新生兒各器官系統發育調控及相關疾病的研究;環境、遺傳和營養等因素對生殖內分泌的調控及相關疾病的研究;子宮內膜異位症和腺肌症的發病機制、組織病理改變、類腫瘤細胞的增殖侵襲生物學行為的研究;生育力保存與重塑、不孕不育、輔助生殖技術及其安全性的研究;男性不育和男性性功能障礙的研究等。
醫學免疫學 (H10)
主要資助圍繞免疫分子、細胞、組織、器官等的形態、結構、功能及發育異常，各種疾病的免疫病理機制、免疫調節機制、免疫耐受機制，免疫預防、免疫診斷、免疫治療等開展的相關研究。
重點關注的方向和領域包括新的免疫細胞及其亞群，新的免疫分子及其信號傳導途徑與疾病，幹細胞與免疫，免疫細胞的體外分化與製備，表觀遺傳修飾對免疫細胞分化和功能的影響，代謝與免疫的相互調節，腸道、生殖道等微生態與免疫系統的相互調節;區域免疫與疾病，胞外體與免疫相關疾病，免疫細胞分化和功能異常與疾病，免疫識別 應答 效應機制與疾病;感染性疾病、炎症性疾病、超敏反應性疾病、自身免疫性疾病、組織損傷與修復、原發和繼發性免疫缺陷病、移植免疫和器官移植 (如長期存活的器官移植患者的免疫學狀態及免疫抑制劑相關疾病)等相關的基礎和臨床基礎研究;用於免疫治療的新的生物製劑與載體以及疫苗與佐劑的作用與機制等。
在新的研究體系/研究平臺/研究手段/研究資源等的建立和完善方面，學科將對下述領域予以持續支持，如通過建立有特色的研究體系和針對性的技術平臺 (如尋找靶向分子技術、細胞模型和動物模型等)研究人類免疫相關疾病的共同規律和特點;支持利用我國疾病資源和遺傳資源開展免疫學研究;支持通過系統免疫學研究，開展疾病的免疫信息學、免疫組學、免疫組庫和計算免疫學研究，了解基於免疫學的疾病譜特徵;支持臨床與基礎免疫學人員合作，開展基於臨床實踐的醫學免疫學研究。此外，學科還將關注和支持利用實時動態成像 (MRI、PET、雷射共聚焦顯微技術、活細胞動態觀察系統等)及新一代測序等技術開展疾病相關的免疫學研究。腫瘤研究的項目申請請參見醫學科學部總論部分。
醫學科學部(醫學科學五處)
醫學科學五處主要資助影像醫學與生物醫學工程、特種醫學和法醫學領域的基礎研究和臨床基礎研究。
影像醫學與生物醫學工程 (H18)：影像醫學與生物醫學工程領域是以醫學與數學、物理學、化學、信息科學、工程與材料、生命科學等多學科交叉為特點，主要包括醫學影像和醫學工程所涉及的相關研究。
影像醫學主要資助醫學影像學和應用影像學方法解決醫學相關科學問題的研究，資助範圍包括放射診斷學(磁共振成像、X射線成像和計算機斷層成像)、超聲醫學、核醫學、介入醫學等學科領域。鼓勵多模態成像、分子影像、功能影像、精準介入、診療一體化、醫學圖像處理與分析、影像組學以及轉化醫學等前沿科學領域進行多學科交叉的探索性研究。支持應用影像新技術對各類疾病早期診斷與治療、預後與療效評估的研究。
生物醫學工程主要資助疾病預防與預警、檢測與診斷、治療與康復相關的醫學工程以及再生醫學、納米醫學的基礎研究，包括生物醫學信號與圖像、生物醫學傳感、醫學光學與磁學、晶片與微納系統、生物醫學系統建模與信息系統、物理治療、康復工程、神經工程與腦機交互、治療計劃與導航、醫療機器人、生物醫學儀器與醫療器械、微納傳感器及系統、基因和藥物載體及輸運系統、醫用生物材料、組織工程與再生醫學、人工器官等。鼓勵腦成像與幹預技術、植入式機電系統、生物製造與三維列印、生物微機電系統、多物理場耦合的醫學新方法與新技術、無創/微創醫療工程技術、用於醫學研究的新型科學儀器、細胞治療、組織構建生物反應器以及組織再生誘導性生物材料等方面的研究。
特種醫學 (H21)：是針對特殊環境條件下人群特有的醫學保障需求，解決在實踐中涉及的各種特殊醫學問題，為國家重大戰略需求提供理論支撐，目的是從分子、細胞、組織、器官與整體水平認識特殊環境條件作用於人體所引起的生理及病理變化的現象及規律。特種醫學主要資助包括航空、航天、航海、潛水、高原、極地等特殊環境或極端環境中病理生理現象的解析及所致疾病防治的相關研究。鼓勵在上述領域應用醫學、物理學、化學、生物學及現代工程技術等，對極端環境下的特種醫學問題開展深入系統的研究，探索特殊環境條件下維持健康狀態的生物醫學工程新方法與新理論。支持特種醫學自身的學科交叉、特種醫學與生物醫學工程及其他自然科學的多學科交叉研究。2016年度已給予特種醫學1項高強度支持，2017年度將繼續予以至少1項高強度面上項目支持。
法醫學 (H23)：主要資助以人體及其他相關生物檢材為研究對象，旨在解決司法實踐中的生物醫學鑑定問題而開展的相關研究。資助的領域包括：死亡原因鑑定、死亡及損傷時間推斷，藥 (毒)物濫用與依賴引起的病理生理變化、毒物在體內的代謝過程，損傷程度、傷殘等級及勞動能力喪失程度鑑定的生物學依據，精神障礙者法定能力的客觀評定，個體特徵判定 (年齡、身高、容貌)，疑難檢材個體識別、親緣關係鑑定、組織來源、族源識別的基礎及應用基礎研究等。鼓勵在上述領域應用物理學、化學、生物學、醫學、法學以及信息科學等其他學科的理論和技術對法醫學問題開展深入系統的研究。支持法醫學與生物醫學工程及其他自然科學的交叉研究。
本科學處不受理腫瘤放射治療與放射防護的申請，相關項目請選擇醫學科學七處(H16)以及醫學科學八處 (H22)相應的申請代碼;不受理藥物學與給藥方式的申請，相關項目請選擇醫學科學九處 (H30，H31)相應的申請代碼。
醫學科學六處主要資助運動系統異常與疾病、急危重症/創傷/燒傷/凍傷/整形、康復醫學、檢驗醫學等領域，以及以細菌、真菌、病毒為主的病原微生物和寄生蟲等病原體的生物學特性及其感染機理的基礎研究和臨床基礎研究。
運動系統 (H06)
主要資助骨、關節、肌肉、韌帶及相關神經、血管等組織的結構、功能及發育異常以及遺傳性疾病、免疫相關疾病、炎症與感染、損傷與修復、移植與重建、疲勞與恢復、退行性病變、運動損傷、畸形與矯正等運動系統疾病的發病機理及診斷與治療等基礎科學問題，同時關注精準醫學與醫用材料研製在運動系統疾病中的科學問題。
急危重症/創傷/燒傷/整形 (H15)
主要關注急危重症/創傷/燒傷/凍傷/整形等的病理生理改變、發病機理、診療及預防等科學問題。急危重症重點資助領域包括早期識別、快速診治、監測與評估、臟器功能支持與保護等。整形重點資助領域包括創面癒合與瘢痕防治、體表組織和器官畸形與缺損的修復、再生與再造及醫學美容等。
康復醫學(H17)
主要資助運動系統、神經系統疾病及其他系統疾病所致功能障礙的機制、康復機理、康複評定及康復治療的科學問題研究。
醫學病原生物與感染 (H19)
主要資助以醫學微生物和寄生蟲為主體的研究，包括病原學，病原生物學及其遺傳變異及進化規律，病原生物的致病機理、耐藥機制及宿主的免疫反應，醫院感染流行趨勢，病原媒介生物的發現及生理生態習性的研究等。尤其是病原生物的遺傳變異、耐藥性及與宿主的相互作用是病原生物學和感染病學研究的重要科學問題和研究熱點。鼓勵就上述科學問題開展具有創新思想的基礎研究，鼓勵開展對各類病原生物類群，尤其是新發和被忽視的病原生物的相關生物醫學研究。
檢驗醫學 (H20)
主要資助旨在探索疾病預測、診斷、治療監測和預後的檢驗醫學新理論、新技術、新方法和新指標的研究。重點資助領域包括敏感特異標誌物的發現與鑑定，精準診療檢測技術，檢驗質量控制、參考方法和參考物質等。鼓勵開展多學科交叉研究。
本科學處不受理有關治療藥物與藥理學研究項目，相關研究請選擇醫學科學九處(H30，H31)和十處 (H28)相應的申請代碼;檢驗醫學不受理致病相關分子的作用機理及基因的時空表達與調控等研究項目，相關研究請到醫學科學部相關疾病系統內申請;病原體的耐藥性研究請選擇醫學病原與感染領域申請代碼 (H1908);康復醫學不受理與康復機理、評價和治療手段無直接相關性，僅是單純疾病的發生、發展等病理機制方面的項目，相關研究請在其他系統相應學科代碼下申請。涉及病原微生物尤其是高致病性病原微生物以及腫瘤研究項目申請請參見醫學科學部總論部分。
化學科學部(化學科學二處)
醫學科學七處主要資助腫瘤學基礎研究和臨床基礎研究。
腫瘤學
主要資助有關腫瘤發生、發展和轉歸的基礎研究，包括各類腫瘤的病因、發病機理、診斷、治療和預防等。覆蓋以下研究領域：腫瘤病因、腫瘤發生、腫瘤遺傳與表觀遺傳、腫瘤免疫、腫瘤預防、腫瘤復發與轉移、腫瘤幹細胞、腫瘤診斷、腫瘤化學藥物治療、腫瘤物理治療、腫瘤生物治療、腫瘤綜合治療、腫瘤康復 (包括社會心理康復)、腫瘤研究體系新技術，以及各系統器官腫瘤 (血液淋巴系統腫瘤除外)，包括呼吸系統腫瘤、消化系統腫瘤、神經系統腫瘤 (含特殊感受器腫瘤)、泌尿系統腫瘤、男性生殖系統腫瘤、女性生殖系統腫瘤、乳腺腫瘤、內分泌系統腫瘤、骨與軟組織腫瘤、頭頸部及頜面腫瘤，以及皮膚、體表和其他部位腫瘤。
腫瘤研究涉及不同的組織和器官，一方面強調對腫瘤所具有的共性問題開展基礎研究，即研究腫瘤細胞的增殖、分化、轉移、自噬、凋亡等各種生物學行為的分子基礎，探討腫瘤發生、發展、轉移與復發的機制和規律，為腫瘤診斷、治療及預防打下基礎;另一方面強調不同組織、器官腫瘤的特性，基於對臨床現象的觀察和分析，以及臨床實踐中的問題，開展相關的基礎研究，達到指導臨床實踐的目的。有關腫瘤相關共性科學問題的研究項目請在腫瘤病因、腫瘤發生、腫瘤遺傳與表觀遺傳、腫瘤免疫、腫瘤預防、腫瘤復發與轉移、腫瘤幹細胞、腫瘤診斷、腫瘤化學藥物治療、腫瘤物理治療、腫瘤生物治療、腫瘤綜合治療、腫瘤康復 (包括社會心理康復)、腫瘤研究體系新技術代碼下申請 (H1601～H1614);有關不同組織、器官腫瘤各自特性研究的項目，在相應系統器官腫瘤代碼下申請 (H1615～H1626)。
鼓勵申請人從前期研究和臨床實踐中發現並凝練科學問題，進行深入系統的機制探討，開展旨在提高臨床診療水平及向臨床實踐轉化的基礎研究;鼓勵對腫瘤學研究領域新技術和新方法的探討;鼓勵利用我國臨床資源的優勢開展與臨床有機結合的基礎研究以及中國多發、常見腫瘤的研究。
本科學處不受理腫瘤流行病學的項目，該方面研究請選擇醫學科學八處 (H26)相應的申請代碼;不受理有關血液淋巴系統腫瘤的研究項目，該方面研究請選擇醫學科學一處相應的申請代碼 (H0818、H0819)。請申請人注意，選擇對應的組織器官腫瘤代碼時需準確填寫申請代碼。
醫學科學部(醫學科學八處)
醫學科學八處主要資助皮膚及其附屬器、地方病學/職業病學、放射醫學、預防醫學領域的基礎研究和臨床基礎研究
皮膚及其附屬器 (H11)：主要資助皮膚及其附屬器的結構、功能及發育異常以及遺傳性、免疫性和感染性等皮膚疾病的基礎研究。
放射醫學 (H22)：主要資助放射損傷與修復、放射毒理與放射病理、放射衛生與放射防護、非腫瘤放射治療的基礎研究。
地方病學 (H2401)：主要資助具有地域特徵的自然疫源性疾病、生物地球化學性疾病和與特定生產生活方式相關的疾病的基礎研究。
預防醫學 (H26)：資助範圍包括環境衛生、職業衛生、人類營養、食品衛生、婦幼保健、兒童少年衛生、衛生毒理、衛生分析化學、傳染病流行病學、非傳染病流行病學、流行病學方法及衛生統計的基礎研究。放射醫學、地方病學、職業病學、預防醫學主要支持以探索疾病預防控制相關的新理論、新途徑和新方法為目標，具有重要科學價值和源頭創新意義的項目;根據我國人群健康與疾病預防工作的實際需要，開展以人群為基礎的研究，在研究中合理選用現代新技術與方法的項目;重視現場人群研究與實驗室研究相結合，注意尋找學科新的生長點，開展具有我國特色並能在國際上佔有一席之地的前瞻性研究;鼓勵開展醫學基礎研究數據積累和醫學標本的收集與保存，並在已有數據和標本基礎上開展深入、系統的研究;鼓勵開展流行病學隊列研究。
本科學處皮膚及其附屬器領域 (H11)不受理腫瘤學相關研究項目，相關研究請選擇醫學科學七處 (H16)相應申請代碼;不受理性傳播性疾病，相關研究請選擇醫學科學六處 (H19)相應申請代碼。放射醫學 (H22)不受理有關腫瘤放射治療相關項目，相關項目請在醫學科學七處 (H16)申請;不受理有關放射診斷及相關影像學項目，相關項目請在醫學科學五處 (H18)申請。地方病學 (H2401)不受理不具地域特徵的遺傳性疾病項目，相關項目請根據其系統選擇相關系統申請代碼。婦幼保健 (H2605)和兒童少年衛生 (H2606)不受理婦產科疾病及兒科系統疾病相關項目申請，其中婦產科疾病項目請在醫學科學四處 (H04)申請，兒科疾病項目則根據其系統選擇相應的申請代碼。衛生毒理學 (H2607)不受理藥物毒理項目，相關項目請在醫學科學九處(H31)申請。衛生分析化學 (H2608)不受理臨床檢驗項目，相關項目請在醫學科學六處 (H20)申請。流行病學 (H2609/H2610)不受理單純的實驗室研究項目。傳染病流行病學 (H2609)和預防醫學其他科學問題 (H2612)不受理病原生物學、發病機理、診斷和治療項目申請，相關項目請在醫學科學六處 (H19)申請;非傳染病流行病學 (H2610)和預防醫學其他科學問題 (H2612)不受理衛生經濟、醫院管理、衛生事業管理項目申請，相關項目請選擇管理科學部申請代碼。
化學科學部(化學科學四處)
化學科學四處資助的範圍包括高分子科學和環境化學兩個學科的研究領域。
藥物學 (H30)
主要資助合成藥物化學、天然藥物化學、微生物藥物、生物技術藥物、海洋藥物、特種藥物、藥物設計與藥物信息、藥劑學、藥物材料、藥物分析、藥物資源等研究。藥物學強調多學科交叉和成藥性研究。其中，合成藥物化學、天然藥物化學、微生物藥物、海洋藥物主要資助有藥用前景的新化合物合成、陸地和海洋等動植物與微生物來源的具有潛在藥用活性物質的發現、結構優化、製備等新理論、新技術及新方法研究;生物技術藥物主要資助應用新穎的生物技術和方法獲得治療性抗體、疫苗、蛋白質、核酸及細胞等生物技術藥物的研究，適當資助新型表達系統和大規模培養技術中的探索性研究;海洋藥物中鼓勵對稀有海洋生物和深海微生物進行化學、藥學和生態學探索研究;特種藥物主要資助航空航天、深海、放射、軍事和特殊環境等方面的藥物研究;藥物設計與藥物信息學主要資助應用藥物設計原理、生物信息學和計算機輔助等技術，進行藥物設計、安全性預測新理論和新方法的研究，以及利用藥物設計方法發現全新結構的苗頭化合物並進行結構優化設計;藥劑學主要資助物理藥劑學、生物藥劑學、分子藥劑學、新型藥物遞釋系統和製劑成型的新理論、新技術和新的評價方法研究;藥物材料主要資助新型藥用輔料和藥用載體材料的設計與構建、安全性評價等的基礎研究，注意區別於藥劑學研究，突出新材料結構與藥用功能特色;藥物分析主要資助針對藥物成分和藥物效應分子的分析新技術、新方法的發展和建立，用於解決藥物學和藥理學研究中遇到的重要科學問題，尤其應重視針對藥物體內效應分子和大分子藥物的創新檢測方法的建立和發展;藥物資源主要資助新資源的發現和挖掘、資源可持續利用、藥用資源保護等重要科學問題研究。
藥理學 (H31)
主要資助針對某種疾病、具有一定特點的治療藥物、候選藥物和生物活性物質的作用機制、靶標確認及/或耐藥機制研究，藥物代謝與藥物動力學研究，藥物毒理與臨床藥理研究等。
藥理學著重於藥物和生物活性物質作用機制與靶標的深入研究，包括應用探針分子研究生命活動的基本規律和疾病的病理機制及其藥物作用的分子機制與靶標等。藥理學項目申請應加強新靶標和敏感性分子標誌物的發現與確認、藥物/生物活性物質新作用特點的發現及其機制闡明、克服耐藥的策略與手段、藥物表觀遺傳學、基於系統生物學的組合用藥新策略等的深入系統研究;加強對複雜疾病的網絡調控及其藥物幹預機制、個體化治療和新治療方案、轉化醫學等的基礎研究，以及藥理學新模型、新方法和新技術研究;藥物代謝與藥物動力學研究應創建新方法和新模型，加強與藥效、毒性、臨床用藥和藥物幹預疾病相關的分子機制研究;臨床藥理研究應側重於藥物與人體相互作用規律的探索，突出特色，關注特殊人群 (如兒童、孕婦、高危人群等)的合理用藥研究;藥物毒理應加強分子毒理學、遺傳與生殖毒性機制、代謝物毒性機制研究和藥物安全性評價新模型、新方法的研究。
近年來在藥物學的項目申請中，藥劑學、合成藥物化學與天然藥物化學項目佔很大比例，其中藥劑學、合成藥物化學涉及抗腫瘤藥物研究的項目比例在2016年有所減少但仍然偏高，今後應拓展疾病類型，拓寬研究思路，進一步強化化學與生物學的交叉研究，並重視化合物或遞釋系統成藥性關鍵科學問題的研究。藥劑學項目中多功能化的遞釋系統研究應關注組合設計的合理性和成藥性評價，突出創新性。藥理學項目申請多數圍繞某類藥物的作用機制或耐藥機制展開研究，雖然有部分在長期工作積累基礎上形成特色的項目申請，但多數機制研究停留在對藥物生物活性的描述上，針對新靶點發現和新分子機制深入研究的項目仍顯不足。部分選題較好的項目由於申請書提供的前期研究結果薄弱、立項依據不充分、研究方案不夠詳細，或提出的研究計劃過於龐大、研究深度不夠、目標不明確而未獲資助;不少項目因選題沒有明顯新穎性，或因申請書過於簡單、研究內容缺乏深度、前期研究不夠等而未獲資助。
有創新性的基礎研究和連續深入研究的項目申請將獲得優先資助。鑑於轉化醫學在提高基礎研究的臨床應用價值方面具有重要意義，需要加強基於創新藥物、臨床治療學和診斷學新發現的基礎研究，以期在探索疾病發生發展機制的過程中，發現新的藥物治療靶點和疾病診斷標誌物，為發展具有自主智慧財產權的創新藥物和診斷試劑奠定理論和實驗基礎。
本科學處不受理為報批新藥而開展的常規藥學研究 (包括製藥工藝研究和藥效學研究等)項目。申請人一般應提供所研究化合物的化學結構或母核結構，但是應加強智慧財產權保護，處理好項目申請和保密的關係，一些關鍵內容或技術如化合物的結構等，如不便在申請書中介紹，申請人應將其通過保密信函直接寄給本科學處，並在申請書中予以說明。如果研究內容與原導師工作相似或是原研究生課題的後續研究，青年科學基金項目申請人應徵得原導師的同意，並在申請書中附上原導師同意函。
醫學科學部(醫學科學十處)
醫學科學十處以突出中醫藥優勢、發展中醫藥學理論為宗旨，主要資助中醫學、中藥學和中西醫結合領域的基礎研究和臨床基礎研究。
中醫學 (H27)：主要資助
①中醫基礎理論：臟腑、氣血津液、體質、病因病機、證候基礎、治則治法、中醫方劑學、中醫診斷學;
②中醫臨床基礎：中醫內科學、中醫外科學、中醫骨傷科學、中醫婦科學、中醫兒科學、中醫眼科學、中醫耳鼻喉科學、中醫口腔科學、中醫老年病學、中醫養生與康復學;
③針灸推拿：經絡與腧穴學、針灸學、推拿按摩學;
④民族醫學。
中藥學 (H28)：主要資助
①中藥藥物學：中藥資源學、中藥鑑定學、中藥藥效物質、中藥質量評價、中藥炮製學、中藥製劑學、中藥藥性理論;
②中藥藥理學：中藥神經精神藥理、中藥心腦血管藥理、中藥抗腫瘤藥理、中藥內分泌及代謝藥理、中藥抗炎與免疫藥理、中藥抗病毒與感染藥理、中藥呼吸藥理、中藥消化藥理、中藥泌尿與生殖藥理、中藥藥代動力學、中藥毒理學;
③民族藥學。
中西醫結合 (H29)：主要資助
①中西醫結合基礎理論;
②中西醫結合臨床基礎;
③中醫藥學研究的新技術和新方法。
近年來中醫學、中藥學和中西醫結合領域資助項目的特點是：
①以中醫藥理論為指導，以臨床療效為基礎，宏觀與微觀相結合，探討人體生命活動的整體規律和中醫藥的整合調節作用;
②引進醫學科學及其他科學前沿領域的理論、方法與技術，不斷創新研究思路和研究方法，把中醫藥的基礎研究與相關新興學科的理論及研究思路有機結合，推動了中醫藥學科的發展;
③重視中醫及民族醫學治療某些功能性疾病、代謝性疾病、老年性疾病、免疫性疾病、病毒感染性疾病等的臨床基礎研究，以探明臨床療效機制。
本科學處優先支持基礎研究和連續深入研究的項目申請，重點關注以中醫藥或民族醫藥基礎理論為切入點，深入挖掘其現代科學內涵的研究。繼續鼓勵多學科交叉，特別是在中醫藥或民族醫藥理論指導下，以科學問題為導向，運用多學科理念、方法、技術與手段進行跨學科協作研究，促進中醫藥基礎理論的繼承、發展與創新。根據中醫藥現代研究的發展情況，本科學處繼續重視支持以下方面的研究：藏象理論，中醫證候，病因病機，治則治法，經典方藥與病症相關性，中醫藥治療優勢病種及防治重大疑難疾病的基礎，中醫臨床療效評價方法學，經絡腧穴理論與針灸防治疾病的基礎，中西醫結合基礎理論與臨床基礎，中醫藥創新性研究技術與方法，中藥資源，中藥鑑定，中藥炮製與製劑，中藥藥性，中藥藥效物質、體內過程及調控機制、中藥藥理作用及機制，中藥毒性、毒理與毒 效相關性，民族醫藥等。
本科學處不受理與中醫藥或民族醫藥理論無關的項目申請。與中醫藥或民族醫藥理論無關的藥學研究項目，請申報至藥物學 (H30)或藥理學 (H31);與中醫藥或民族醫藥理論無關的醫學研究項目，請申報至醫學相關學科 (H01～H26)。研究中藥複方或針灸穴位的項目，應在申請書中介紹處方組成或相關穴位，如不便在申請書中介紹，應通過保密信函直接寄給本科學處，並在申請書中予以說明，否則不予受理。