今天我們來說說關於DNA甲基化檢測和CpG島的小常識~~~
DNA甲基化是什麼？
DNA甲基化是最早發現的基因表觀修飾方式之一,可能存在於所有高等生物中。DNA甲基化能關閉某些基因的活性，去甲基化則誘導了基因的重新活化和表達。甲基化的主要形式有5-甲基胞嘧啶,N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鳥嘌呤。原核生物中CCA/TGG和GATC常被甲基化，而真核生物中甲基化僅發生於胞嘧啶。DNA的甲基化是在DNA甲基化轉移酶（DNMTs）的作用下使CpG二核苷酸5'端的胞嘧啶轉變為5'甲基胞嘧啶。這種DNA 修飾方式並沒有改變基因序列，但是它調控了基因的表達。脊椎動物基因的甲基化狀態有三種：持續的低甲基化狀態；高度甲基化狀態；去甲基化狀態。
CpG島是什麼？
基因的啟動子區域5』端非翻譯區和第一個外顯子區，CpG序列密度非常高，超過均值5倍以上，成為鳥嘌呤和胞嘧啶的富集區，稱之為CpG島富含CpG區域，長度200bp~1kb，GC含量超過55%.
一般情況下與甲基化研究最密切的就是腫瘤這一塊，讓我們看看兩者有什麼樣聯繫吧。
DNA甲基化發生與腫瘤發生
關於技術原理
用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA，則未發生甲基化的胞嘧啶被轉化為尿嘧啶，而發生甲基化的胞嘧啶不變。根據某一待測位點或者調查的某一區域序列設計引物進行PCR擴增，通過PCR電泳、測序、螢光定量及NGS等方法對擴增產物進行檢測，根據檢測結果分析哪些位點發生了甲基化及其甲基化的頻率。
關於亞硫酸氫鹽測序法（Bisulfite Sequencing PCR，BSP）
針對客戶要調查的DNA區域設計BSP引物進行PCR擴增，將擴增產物克隆後提取陽性克隆進行測序，最後對測序結果進行分析。BSP法方案：
①BSP引物設計：針對目的基因區域進行BSP引物的設計（擴增產物
300 bp左右）。
②亞硫酸氫鹽處理樣品基因組：基因組DNA進行亞硫酸氫鹽處理。
③PCR：擴增客戶感興趣的區域。
④克隆到載體：將PCR產物純化後連接到常用載體上。
⑤抽質粒測序：挑取10個陽性菌斑接菌培養，抽質粒並測序。
關於BSP法流程
甲基化CPG島預測→ 甲基化引物設計、合成→ 基因組DNA提取 → 亞硫酸氫鹽處理→ 甲基化特異PCR擴增→ 連接克隆→ 抽質粒測序→ 結果分析
甲基化擴增子測序法
那麼基因組DNA通過亞硫酸氫鹽（bisulfite）處理，用PCR擴增目的片段，除了通過BSP克隆測序法獲得結果外，還可以怎樣大幅降低研究費用，獲得更多的有效數據呢？擴增子測序法就是一個很好的選擇，結合二代測序平臺（Ion Proton/illumina Miseq等主流測序平臺）並對PCR產物進行測序，從而獲得目標區域甲基化的序列。
關於我們的要求
客戶提供要調查的基因名稱或基因ID、種屬；客戶提供要調查的甲基化區域或某些位點；客戶提供要出現在報告裡樣品的編號；所有樣品建議乾冰寄送，至少冰袋運輸，保持低溫，保證樣品質量。
關於送樣要求
細胞≥10^6個組織≥100mg （黃豆大小）全血≥0.5mL基因組50ng/uL 20uL口腔拭子≥ 2根，唾液≥0.5mL石蠟切片≥ 3片
關於我們的服務
企業發展，服務為本；
優質服務，誠信為本。
關於我們的周期
常規檢測任務一般22個工作日內完成，具體時間根據樣本數量、基因個數和片段個數來定。
關於我們的結果
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