從魔幻綠光照射全世界後，人類和鳥類都石化了。
3700年後，男二號大樹，在半年的硝酸滴打下，解除石化復活了。大樹根據半年前就復活了的男一號千空的信息找到他。兩人開始從零的石器時代創造文明世界。
千空是天才科學家，他要解開石化解復活的秘密。但是千空已用硝酸嘗試了實驗鳥類半年還沒有鳥類有石化解除復活。
千空和大樹製造出高濃度的酒後，千空也研究出了硝酸和酒精製造的奇蹟之水復活液，用來復活了一隻石化的鳥。
在一群獅子的圍困下，大樹不得已用奇蹟之水復活旁邊的［靈長類最強高中生］——獅子王司，而獅子王司打敗了獅子，二人得救。
在科學文明中，有一種重要的必需品，那就是碳酸鈣，也是石灰。千空用大量貝殼製造出了碳酸鈣粉末。碳酸鈣的四個用途，第一，用碳酸鈣置換土壤中的氫離子，提升土壤品質，搞農業。第二，用碳酸鈣和燒制的沙子混合獲得石灰砂漿，搞建築。第三，用碳酸鈣和海藻中的碳酸鈉和油混合製造肥皂，用來消滅細菌，防身體生病。肥皂簡直是Dr.stone(石頭醫生)。最後一種用途，千空沒有告訴獅子王司。
因為獅子王司想只復活年輕人類，把其他人殺了，創造一個淨化後的世界。但是千空是科學家，想用科學將全人類復活，創造文明世界的遊戲。
大樹再次收集夠奇蹟之水後，想先復活喜歡的女孩槓。雖然獅子王司知道了奇蹟之水復活液的存在，但是千空只讓獅子王司知道了洞穴裡的硝酸滴落的地址。趁獅子王司去往洞穴後，千空迅速製造復活液，並成功復活槓。獅子王司心中想［構建最強世界］和千空復活全人類創造人類文明的思想衝突，所以兩人互不相容。
千空想用科學武器阻止獅子王司的殺人計劃。獅子王司回來後，幸好千空用箭弩阻止了獅子王司殺大樹和槓。獅子王司轉而繼續殺石化人。千空帶著大樹和槓跑路，去向30公裡外的箱根。
箱根中的火山有溫泉，更有火藥原料——硫磺。千空帶來了硝酸鉀，再加上木炭、硫磺和砂糖，這幾樣就可以製造火藥了。只要最後製造出槍和子彈，這樣就進入火藥熱武器時代。有槍就能阻止獅子王司殺人了。
總之，這是男一號千空用科學創造文明的動漫故事題材。它體現了千空的豐富的科學知識和強大的智慧。更重要的是，千空能為了全人類創造文明的志向，還有科學家高尚的善良品格。動漫《Dr.stone石紀元》題材新穎，製作優良，目前才更新到第4集。