《異形：契約》承接《普羅米修斯》之後的劇情，講述的是普羅米修斯失聯十年後，人類尋找其他適合宜居的星球，進行大規模移民途中所經歷的事情。
一艘載有2000名殖民者和1140個胚胎的飛船「契約號」在前往目的地起源者6號行星的過程中，遭遇中微子爆發，飛船受損，15名船員不得不提前甦醒，艦長布蘭森休眠倉起火不幸身亡。
而此時距離到達目的地的還有7年路程。在修理好飛船過程中，船員們接收到一個電波信號，在追查到源頭後發現信號來自一個宜居的星球，並且距飛船只有7天的距離。船員們經過討論決定放棄目的地，前往信號所在星球，也就是造物主所在地，不過這都是後話。
到達此地後母艦留在星球軌道，幾名船員乘登陸船著陸。在生化人沃特的帶領下，一行人前往尋找信號源。生物學家卡琳與萊德半路留下決定搜集生物樣品，其他人繼續尋找信號。
在叢林中萊德踩到幾個不明蛋狀物，釋放出黑色粉塵進入了他的耳朵（粉塵實際上是感染目標的病毒，類似之前異性電影中的抱臉蟲）。
剩餘其他船員很快找到信號源：一艘C形外星飛船（也就是普羅米修斯中伊莉莎白·肖博士和生化人大衛最後開走的那艘）。船員們搜索廢棄飛船，找到很多具巨人屍體（造物主），並且發現刻著肖博士的照片以及刻有她名字的吊牌。
鬍子男好奇的觸碰了樹下的黑球蛋，把前面不起眼的粉塵病毒吸進了鼻子裡。於是鬍子男與萊德都先後出現身體上的不良反應。卡琳帶著萊德先跑回登陸船，登陸船上的短髮妹子為了安全將卡琳與萊德隔離在了醫務室內，這是萊德身體嚴重抽出，緊接著後背開裂，鑽出一隻小肉異形。
短髮妹子槍法太渣，開槍打中幾桶燃料，引爆了登陸船（在這裡萊德、卡琳、短髮妹子還有剛出生的異形寶寶應該都被炸死）。
探索對其他成員好不容易趕回來，卻看到登陸船爆炸，卡琳的丈夫奧姆看到妻子死亡幾近崩潰，而後感染的鬍子男體內的異形這時也從嘴中噴出，在殺死幾名成員後正要攻擊女主丹尼斯，被生化人沃特救下，沃特也因此損失一隻手。正當小異形攻擊辮子妹時，一顆閃光彈升上天空，小異形被嚇跑，而發射閃光彈的人正事《普羅米修斯》中倖存的生化人大衛。
隨後大衛帶領大家來到一座貌似城市的地方，只是城市廣場中遍布黑色屍體，形態扭曲，應該是在死前遭受極大痛苦。
大衛帶探索隊來到他的住所，向大家交代十年前他與肖博士來到這裡，他們是普羅米修斯號的倖存者，他們所駕駛的飛船（之前發現的C型飛船）攜帶著大量病毒，在著陸時飛船墜毀病毒洩露，肖博士死亡，這裡只剩下他一人。在於探索隊的交流中，大衛得知他們的契約號上還有2000多名殖民者。
這天晚上，沃特去找大衛了解情況，畢竟他們倆都是生化人並且長相一模一樣，不同的是大衛是第一代，非常近似人類，也保有了人類的劣根性，為了避免生化人作出有悖人類生存的事情，人類停止了第一代的生產，升級後的生化人也就是沃特這一代在體能和敏捷性上都有很大提高，但是卻沒有第一代的自我意識和創造性。這裡可以通過大衛能夠創造樂曲通過簫來演奏，而沃特卻只能吹奏大衛所教授的曲子。
大衛告訴沃特，其實這個星球的外星人都是自己投放異形病毒殺死的，造物主想要殺死他們的作品「地球人」，地球人也堤防他們的產品「生化人」，所以大衛想要終結這種層級差異，殺死地球人的造物主，也要滅絕所有人類，進而創造出自己的文明，也就是「異形」。大衛帶沃特參觀自己的實驗研究出的各種異形，希望沃特加入自己。可是沃特對人類非常忠誠，於是大衛用簫插入沃特的脖子關閉了他的程序。
其餘倖存的探索隊成員遭到異形的攻擊，先是辮子妹被之前逃掉的異形割掉腦袋，副船長殺死肉異形後在大衛的引誘下到自己地下育嬰室被抱臉蟲抱臉，進而孵化出一直金屬異形，另一位大叔也被抱臉，雖然及時將抱臉蟲殺死，但早已被感染。
另一邊女主丹尼斯轉悠的時候看到了很多畫冊，並在畫冊中判斷出肖博士實際上是被大衛當作試驗品而死亡的，這時大衛出現在女主背後並襲擊了她，幸好沃特及時趕到阻止，原來沃特經過升級，主機開關早已不在脖子上了。在沃特與大衛戰鬥的同時，女主和大叔趕到廣場等待救援。
此時救援貨船已經到位，大叔、丹尼斯和之後趕來的沃特經過與誕生的新異形搏鬥後終於乘貨船回到母艦契約號。
在契約號上大叔被體內的異形破膛，母艦再次處於危機，眾人合力將異形引到貨倉，連人帶車將異形推入到太空。
任務還在進行，由於距離原目的地還有7年多的時間，女主需繼續回到休眠倉中休眠，臨到休眠倉關閉的時候，女主突然發現面前的這個生化人並不是沃特，而是大衛偽裝的，但一切都無力回天，女主被強制休眠。
大衛從嘴裡吐出兩枚異形胚胎，推測是要繼續他的造物主計劃，也就是將人類屠殺殆盡，契約號的下一站將會是哪呢？是按原計劃進行，然後再殺死船上的2000名殖民者，還是掉頭回到地球，滅絕人類？想知道答案還得期待這異形新三部的最終章了。
《異形：契約》解釋了《普羅米修斯》結尾的懸念，兩者同時給出了異形這一物種的來歷。劇情實際上略顯俗套，但整體節奏相當緊湊，並且最後也保留了上一部《普羅米修斯》那樣的開放式結局。
建議小夥伴們在觀看之前去補補《普羅米修斯》，結合本影片總結下異形這一物種的類別，比如粉塵病毒感染、抱臉蟲感染、還有那些類似蚯蚓的蟲子，還有肉身異形、金屬異形、尖頭和圓頭異形等等，這就需要比較專業的知識了，了解的小夥伴們不妨科普一下。
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