影片講述了一組科學家進行驚心動魄的探險，他們將檢驗自己的身心極限，讓自己置身於一個完全不同的世界，在那裡他們將找到長期困擾人類的終極問題的答案，以及生命的終極奧秘。
地球，2089。英國蘇格蘭斯凱考古發掘中發現的一個外星文明遺骸，原來地球上的人類實際上是由一個更先進的外星種族製造的，這就是出現在第一部外星電影中的外星飛船上的「太空人」種族。它們還改變了地球的環境以適應人類的生存。這個異族被人類奉為神靈和神靈，它被編成神話，被世界各地的人們世代相傳。
當人類在這些超古代文明中找到自己星球的坐標時，為了與創造者進行第一次接觸，人類創造了《普羅米修斯》飛船，飛向這個星球，我們稱之為「天堂」星球。
兩年多來，人類終於來到了日晷星系的「天堂」，但等待他們的不是熱烈的歡迎，而是殘酷的考驗。在地下洞穴中，人類發現了創造者的遺骸，在遺骸中確認了人類與創造者的基本關係，但後來也在洞穴中發現了有機物，有機物開始發生變化並形成，成為一種早期的生命狀態，開始攻擊人類。
然後，在人造大衛的指引下，我們發現這個洞穴原來是一艘宇宙飛船，創造者中還有倖存者。然而，在與造物主接觸後，我們遭到造物主的攻擊，我們發現這些有機物質是生物武器，造物主的最終目的地是地球。為了防止這些可怕的生物武器進入地球，我們發現是普羅米修斯飛船撞毀了起飛飛往地球的造物主飛船。
最後，剩下的人類與造物主戰鬥。在鬥爭中，創造者被有機生命體捕獲並寄生。人類逃走，與人造大衛一起飛向真正的造物主星球。最後，被寄生的造物主在他的胸口生下了第一個外星人。
《普羅米修斯》更像是一部正宗的太空歌劇。時間和空間的規模非常大，恐怖分子被稀釋到非常低的水平。而更多的正面評論基本上給了影片的背景、外星人的設計、演員的表演以及斯科特對恐怖情節的指導。」《今日美國》評論說，普羅米修斯「提供了一個真實的視覺奇觀，展示了科技的魔力」，滿足人們的好奇心令人驚奇和興奮。它不展示種族、科技、宇宙等內容，而是讓觀眾自己去探索。