OmicShare平臺2015年12月開始內測,如今大家通過這個平臺分享各自研究領域進展,討論科研中遇到的問題,互幫互助共同提高一起見證成長。正值OmicShare推出一年之際,我們決定在線下舉辦一次技術沙龍活動,並邀請了4位嘉賓,共同探討一下在大資料庫時代,我們如何掌握生物信息學(更多信息戳這裡查看~)。
今天我們為大家隆重介紹其中的兩位嘉賓(此處應有掌聲)~
廣州基迪奧生物科技有限公司,公司合伙人,科研服務部技術總監。OmicShare在線課堂首席講師,江湖人稱「周老師」。
有豐富的高通量測序數據挖掘經驗,精通統計學、R語言、重測序等領域。主要負責公司基因組、轉錄組、表觀組和蛋白組項目設計,以及新技術開發。尤其在多組學貫穿研究、數據精細解讀方面有豐富的項目經驗。主持開發相關領域研究熱點。如心血管類藥物代謝遺傳因素的全基因組關聯分析(GWAS), 癌症研究領域的特徵基因選擇(gene selection)以及驅動突變挖掘,應用於個體表型預測的全基因組選擇分析(genomic selection), 山羊不同地方品種的選擇壓力分析等。曾經參與項目並發表文章在nature、PNAS、BMC genomics、Genomics等期刊。
科研文章發表:
1.Cheng J, Qin C, Tang X,Huangkai Zhou, et al. Development of a SNP array and its application to genetic mapping and diversity assessment in pepper (Capsicum spp.)[J]. Scientific Reports, 2016, 6.(負責辣椒SNP篩序和晶片設計、數據處理、遺傳圖譜構建和QTL分析)
2.Song M, He Y, Zhou HK, et al. Combined analysis of DNA methylome and transcriptome reveal novel candidate genes with susceptibility to bovine Staphylococcus aureus subclinical mastitis[J]. Scientific Reports, 2016, 6.(共同第一作者,負責轉錄組和 DNA 甲基化貫穿分析)
3.Liu H, Niu Y, Gonzalez-Portilla P J, Zhou HK,et al. An ultra-high-density map as a community resource for discerning the genetic basis of quantitative traits in maize[J]. BMC genomics, 2015, 16(1): 1. (共同第一作者, 完成撰寫文章討論部分的大部分內容,負責遺傳圖譜分析以及 QTL 分析)
4.Liu H, Zhou H, Wu Y, et al. The Impact of Genetic Relationship and Linkage Disequilibrium on Genomic Selection[J]. PloS one, 2015, 10(7): e0132379.(共同第一作者,一篇專門討論基因組選擇育種的方法討論 文章,完成論文的絕大部分工作,包括數據分析、文章撰寫、後期修改)
5.Liu H, Yang X, Liao X, Huangkai Zhou, et al. Genome-wide comparative analysis of digital gene expression tag profiles during maize ear development[J]. Genomics, 2015.
6.Hongjun Liu, Cheng Qin, Zhe Chen, Tao Zuo, Xuerong Yang, Huangkai Zhou, Meng Xu,Yaou Shen, Haijian Lin, Xiujing He, Yinchao zhang, Lujiang Li, Haiping Ding, Thomas Lübberstedt, Zhiming Zhang, Guangtang Pan ,(2014) Identification of miRNAs and their target genes in developing maize ears by combined small RNA and degradome sequencing. BMC genomics 15(1):25.
7.Cheng Qin, Changshui Yu, Yaou Shen, Xiaodong Fang, Lang Chen,Jiumeng Min4, Jiaowen Cheng, Shancen Zhao, Meng Xu, Yong Luo, Yulan Yang, Zhiming Wu, Likai Mao, Haiyang Wu, Changying Ling-hu, Huangkai Zhou et al. , (2014) Whole-genome sequencing of cultivated and wild peppers provides insights into Capsicum domestication and specialization. PNAS,111(14):5135-5140.(辣椒基因組文章,負責辣椒遺傳圖譜構建以及錨定染色體)
陳程傑,QQ名陳胖子,本科碩士均就讀於華南農業大學園藝學院,本科及碩士一年級主要參與田間育種及實驗室分子克隆和轉基因實驗。其後,由於個人興趣「過於廣泛」,開始接觸、自學生物信息學,導致碩士延期一年,現研四學生一名。對真核轉錄組數據分析有一定了解,接觸過微生物基因組,植物重測序數據分析,學習過小RNA等相關數據分析。初步掌握perl,R,java語言,對html5/php/js,python,C/C++等了解,整理過密碼子偏好性分析流程R2CUB,codonR。
「不務正業」之餘寫過幾個小工具,包括EasyGUI.jar,Blast3go.jar,TBtools.jar等,也有參與開發正選擇位點篩選的界面化工具EasyCodeML。
本次參與討論,希望能相互學習,認識一些朋友。
PS:胖子一直活躍在基迪奧生物信息交流QQ群、OmicShare論壇中,為大家答疑無數。他自己獨立開發的TBtools也擁有眾多的用戶與粉絲。這次我們特別邀請他來做嘉賓。非科班出生的他,自學生物信息也學的這麼666,我們相信他能給我們分享一些寶貴的經驗。
下周將公布另外兩位特邀嘉賓資料,敬請期待!另外,想參加的朋友趕緊報名啦,名額有限,先到先得哦~
報名流程:填寫回執→發送回執到omicshare@genedenovo.com→OmicShare報名反饋→報名成功
聯繫郵箱:omicshare@genedenovo.com
聯繫電話: 020-39341079 18826434626
聯繫人:鄧美英(論壇ID:小圓)
PS:本次沙龍參加人數只限50名。由於報名人數眾多,填寫回執並收到OmicShare工作組反饋的才視為成功報名。回執點擊「閱讀原文」跳轉到論壇下載~
交流主題:大資料庫時代,我們如何掌握生物信息學?
交流嘉賓:基迪奧周老師 TBtools開發者 神秘嘉賓1 神秘嘉賓2
活動地點:生物島一期開放式餐廳
活動時間:2017年1月6日 下午14:00-17:00
參與人數:50人 OmicShare 廣州/深圳用戶
報名時間:2016年12月8日-12月28日
報名費用:免費
1月6日,我們約定你哦~
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