漲姿勢!6種常見DNA序列格式

2021-02-15 基迪奧生物



點擊關注基迪奧,立即漲姿勢~

搞生物研究經常會碰到各種格式的序列,比如fasta,GCG等不同格式,一些不同字母符號代表不同的意義。很多初學者往往會被各種格式搞暈。所以小圓今天特地與大家普及6種常見序列格式,希望對大家有用哈~

ACAAGATGCCATTGTCCCCCGGCCTCCTGCTGCTGCTGCTCTCCGGGGCCACGGCCCTGGAGGGTGGCCCCACCGGCCGAGACAGCGAGCATATGCAGGAAGCGGCAGGACTCCTGACTTTCCTCGCTTGGTGGTTTGAGTGGACCTCCCAGGCCAGTGCCGGGCAAGCTCGGGAGGTGGCCAGGCGGCAGGAAGGCGCACCCCCCCAGCAATCCGCGCGCTGCAGGAACTTCTTCTGGAAGACCTTCTCCTCCTGCAAATAAAACCTCACCCAT

TTTAATTACAGACCTGAA

Plain sequence序列格式,只含有IUPAC字符和空格,不含有數字,並且一個Plain格式的文件只能含有一條序列。

ID AB000263 standard; RNA; PRI; 368 BP.

XX

AC AB000263;

XX

DE Homo sapiens mRNA for prepro cortistatin like peptide,complete cds.

XX

SQ Sequence 368 BP;

acaagatgcc attgtccccc ggcctcctgc tgctgctgct ctccggggcc acggccaccg 60

ctgccctgcc cctggagggt ggccccaccg gccgagacag cgagcatatg caggaagcgg 120

caggaataag gaaaagcagc ctcctgactt tcctcgcttg gtggtttgag tggacctccc 180

aggccagtgc cgggcccctc ataggagagg aagctcggga ggtggccagg cggcaggaag 240

gcgcaccccc ccagcaatcc gcgcgccggg acagaatgcc ctgcaggaac ttcttctgga 300

agaccttctc ctcctgcaaa taaaacctca cccatgaatg ctcacgcaag tttaattaca 360gacctgaa 368

//

EMBL格式文件可以包含多條序列,每個序列條目都以」ID」開始,緊跟一些注釋信息,序列的開始標記為」SQ」,結束標記為」//」。

>AB000263 |acc=AB000263|descr=Homo sapiens mRNA

ACAAGATGCCATTGTCCCCCGGCCTCCTGCTGCTGCTGCTCTCCGGGGCCACGGCCCCTGGAGGGTGGCCCCACCGGCCGAGACAGCGAGCATATGCAGGAAGCGGCAGGAACTCCTGACTTTCCTCGCTTGGTGGTTTGAGTGGACCTCCCAGGCCAGTGCCGGGCCAAGCTCGGGAGGTGGCCAGGCGGCAGGAAGGCGCACCCCCCCAGCAATCCGCGCGCCTGCAGGAACTTCTTCTGGAAGACCTTCTCCTCCTGCAAATAAAACCTCACCCATGTTTAATTACAGACCTGAA

FASTA格式文件可以包含多條序列,每條序列之前都有以」>」開始的一行,該行包含一些序列的描述信息。

ID AB000263 standard; RNA; PRI; 368 BP.

XX

AC AB000263;

XX

DE Homo sapiens mRNA for prepro cortistatin like peptide, complete cds.

XX

SQ Sequence 368 BP;

AB000263 Length: 368 Check: 4514 ..

1 acaagatgcc attgtccccc ggcctcctgc tgctgctgct ctccggggcc acggccaccg

61 ctgccctgcc cctggagggt ggccccaccg gccgagacag cgagcatatg caggaagcgg

121 caggaataag gaaaagcagc ctcctgactt tcctcgcttg gtggtttgag tggacctccc181 aggccagtgc cgggcccctc ataggagagg aagctcggga ggtggccagg cggcaggaag241 gcgcaccccc ccagcaatcc gcgcgccggg acagaatgcc ctgcaggaac ttcttctgg

301 agaccttctc ctcctgcaaa taaaacctca cccatgaatg ctcacgcaag tttaattaca361 gacctgaa

GCG格式文件只含有一條序列,以一些注釋信息行開始,序列以」..」行開始,該行還包含序列的標識,以及長度等。

LOCUS AB000263 368 bp mRNA linear PRI 05-FEB-1999

DEFINITION Homo sapiens mRNA for prepro cortistatin like peptide, complete cds.

ACCESSION AB000263

ORIGIN

1 acaagatgcc attgtccccc ggcctcctgc tgctgctgct ctccggggcc acggccaccg

61 ctgccctgcc cctggagggt ggccccaccg gccgagacag cgagcatatg caggaagcgg

121 caggaataag gaaaagcagc ctcctgactt tcctcgcttg gtggtttgag tggacctccc

181 aggccagtgc cgggcccctc ataggagagg aagctcggga ggtggccagg cggcaggaag

241 gcgcaccccc ccagcaatcc gcgcgccggg acagaatgcc ctgcaggaac ttcttctgga

301 agaccttctcc ctcctgcaaa taaaacctca cccatgaatg ctcacgcaag tttaattaca

361 gacctgaa

//

GenBank格式文件可以包含多個序列,每個序列條目都以」LOCUS」開始,緊跟多行注釋信息,序列開始標記為」ORIGIN」,序列結束標記為」//」。

; comment

; comment

AB000263

ACAAGATGCCATTGTCCCCCGGCCTCCTGCTGCTGCTGCTCTCCGGGGCCACGGCCACCGCCTGGAGGTGGCCCCACCGGCCGAGACAGCGAGCATATGCAGGAAGCGGCAGGAATAAGCTCCTGACTTTCCTCGCTTGGTGGTTTGAGTGGACCTCCCAGGCCAGTGCCGGGCCCCTCAAGCTCGGGAGGTGGCCAGGCGGCAGGAAGGCGCACCCCCCCAGCAATCCGCGCGCCGGGCTGCAGGAACTTCTTCTGGAAGACCTTCTCCTCCTGCAAATAAAACCTCACCCATGAATGTTTAATTACAGACCTGAA1

IG格式序列文件可以包含多個序列,每個序列條目都以多個comment行開始,且comment行以」;」開始,comment行下面是包含序列名稱的一行,序列以數字1結束,第2條序列以2結束,以此類推哈。

===================================

如果你看到小圓每天碼字辛苦,絞盡腦汁只為了給大家推薦更好的內容,就鼓勵一下小圓,把文章分享給更多的人看到吧~

相關焦點

  • 使用機器學習和Python揭開DNA測序神秘面紗
    考慮到易用性,Squiggle實現了幾種序列可視化算法,並引入了「為方便人類使用而做」的新穎可視化方法。安裝Squigglepip install SquiggleDNA序列數據通常以「 fasta」格式的文件格式儲存。
  • 漲姿勢:常用音頻格式的區別
    對於很多音頻愛好者、普通消費者甚至一部分發燒友來說,都有這樣的一個疑問:目前常見的音頻格式種類之多,能挑花眼也一點都不誇張,在這些名字各不相同的格式背後,都有什麼區別?為了體積便攜我們應該選擇那些格式,為了更好的聲音我們應該選擇那些格式,如果想兩者並存我們又應該選擇那些格式?
  • 通過轉錄組技術而測序的dna序列被稱為「dna受體」
    後面的dna受體可通過做dna晶片credit-sweep來獲得,後面的dna受體包括mirna,smallmrna,circrna和ae等。根據技術的不同,dna晶片可以分為三類:測mirna:測定mirna。測dna受體的全雙工轉錄信號的兩轉錄本等等。測vxrna:測vxrna。
  • A4的6階子群什麼意思什麼梗? 一頭霧水的你進來漲漲漲姿勢
    A4的6階子群什麼意思什麼梗? 一頭霧水的你進來漲漲漲姿勢時間:2020-04-18 16:43   來源:小雞詞典   責任編輯:沫朵 川北在線核心提示:原標題:A4的6階子群什麼意思什麼梗? 一頭霧水的你進來漲漲漲姿勢 釋義:當表情包中出現A4的六階子群時,潛臺詞意為: 傲嬌地說: 不存在的!
  • 一臉懵逼的你進來漲漲漲漲漲漲漲漲漲姿勢
    一臉懵逼的你進來漲漲漲漲漲漲漲漲漲姿勢時間:2020-04-06 17:14   來源:小雞詞典   責任編輯:沫朵 川北在線核心提示:原標題:番茄鍾什麼意思什麼梗?一臉懵逼的你進來漲漲漲漲漲漲漲漲漲姿勢 番茄鍾,是把任務或工作分成半小時左右來做,集中精力25分鐘來工作,休息5分鐘,完成一項任務,即種一個番茄,這樣的流程能使下一個30分鐘更有動力。根據番茄工作法理論進行開發的一款方便、實   原標題:番茄鍾什麼意思什麼梗?
  • 如何使用Sequencher軟體查看DNA序列
    Sequencher是DNA序列分析的工業標準軟體。它可以和所有的自動序列分析儀一同工作,並且因為它的極速 Contig組裝、很短的學習曲線、用戶友好的編輯工具,以及卓越的技術支持而眾所周知。使用Sequencher軟體查看DNA序列使用Sequencher的方法步驟:A、查看峰圖或編輯打開軟體載入文件(abl格式)雙擊打開文件,可見序列信息點擊右上角的「show chromatogram」可見峰圖
  • 什麼是有損和無損音頻格式,常見音頻有哪些?
    那麼什麼是有損和無損音頻格式?它們有哪些差異?除了上面聽說的這些還有哪些常見的音頻格式呢?接下來和大家分享一下音頻格式的相關知識,解答大家心中的疑惑。先和大家簡單普及一下音頻格式:音頻格式即音樂格式。以下是常見的15種音頻格式:1.CD 標準CD格式也就是44.1K的採樣頻率,速率1411K/秒,16位量化位數,因為CD音軌可以說是近似無損的,因此它的聲音基本上是忠於原聲的。
  • 數據格式規範,這些方法的格式你都get了嗎?
    一、格式規範1、基礎格式數據格式是基礎,其中我們最常見的數據格式是原始數據格式。下圖即是一份原始數據,它的特點是:一行代表一個樣本,一列代表一個屬性。二、常見方法格式在日常分析中,有些分析方法使用的格式與常規的格式不太一樣。因此我們除了用到原始數據,有時也需要根據所用的分析方法,將數據整理成可以分析的格式。
  • 一頭霧水的你進來漲漲漲漲漲姿勢
    一頭霧水的你進來漲漲漲漲漲姿勢時間:2020-06-28 17:16   來源:禮儀之家   責任編輯:沫朵 川北在線核心提示:原標題:媚宅是什麼意思什麼梗? 一頭霧水的你進來漲漲漲漲漲姿勢 媚宅,從字面上看就是向宅這一群體諂媚的意思,可以說是一個狀態詞,也像是一個動詞,說白了也就是很多動畫就是刻意去討好觀眾,觀眾怎麼喜歡怎麼來。
  • 序列比對及Blast的應用
    採用BLAST的基本算法編成了若干各不同的程序,分別使用特定的序列庫和用於特定類型的輸入序列。BLASTN是在核苷酸序列庫搜索核苷酸序列。BLASTP是在蛋白質序列庫中搜索胺基酸序列。TBLASTN則可以在核酸序列庫中搜索胺基酸序列,此時序列庫在搜索之前要按所有6種讀框即時翻譯。與此相反的一項分析則由BLASTX來完成,它要將所輸入的核酸序列按所有6種讀框翻譯,然後再以之搜索蛋白質序列庫。
  • 一頭霧水的你進來漲漲漲漲漲漲姿勢
    一頭霧水的你進來漲漲漲漲漲漲姿勢時間:2020-07-10 18:45   來源:小雞詞典   責任編輯:沫朵 川北在線核心提示:原標題:神蛆什麼意思什麼梗? 一頭霧水的你進來漲漲漲漲漲漲姿勢 指所有跟你罵起來的人,你都可以給他扣個神蛆帽子,你就贏了梗來源;軍武吧,那年那兔那些事。
  • 一頭霧水的你進來漲漲漲漲漲姿勢
    一頭霧水的你進來漲漲漲漲漲姿勢時間:2020-07-06 16:55   來源:禮儀之家   責任編輯:沫朵 川北在線核心提示:原標題:體虧屁思是什麼意思什麼梗? 一頭霧水的你進來漲漲漲漲漲姿勢 體虧屁思,是這一定是體制問題,最終吃虧的總是屁民,我不禁陷入了沉思的縮寫形式。詞語來源於網絡,廣泛使用於百度貼吧、論壇。
  • 一頭霧水的你進來漲漲漲漲漲姿勢
    一頭霧水的你進來漲漲漲漲漲姿勢時間:2020-06-24 19:41   來源:咖綠茵   責任編輯:沫朵 川北在線核心提示:原標題:魔動閃霸什麼意思什麼梗? 一頭霧水的你進來漲漲漲漲漲姿勢 最近小夥伴們在抖音上面應該經常能刷到魔動閃霸,這句話到底是什麼意思呢?
  • 一頭霧水的你進來漲漲漲漲漲姿勢
    一頭霧水的你進來漲漲漲漲漲姿勢時間:2020-10-03 15:59   來源:名資匯網   責任編輯:沫朵 川北在線核心提示:原標題:ky是什麼意思什麼梗? 一頭霧水的你進來漲漲漲漲漲姿勢 我想應該有許多人都是混飯圈的,那麼有的時候我們會在網絡上看到有人說你不要再ky了,這到底是什麼意思呢?
  • 【漲姿勢】飛過北京的珍稀鳥類(組圖)
    那麼,北京最常見的鳥類品種有哪幾類?又發現過哪些珍稀鳥兒?還不趕緊來跟小編漲姿勢。說到北京常見鳥,非喜鵲、麻雀、烏鴉莫屬。還有一些咱北京不太常見或者極為罕見的鳥,除了研究鳥類的專家,一般人即便見到恐怕也是「相逢對面不相識」。下面小編就給你「引見」一下!
  • 一臉蒙蔽的你進來漲漲漲漲漲漲姿勢
    一臉蒙蔽的你進來漲漲漲漲漲漲姿勢時間:2020-08-22 17:11   來源:咖綠茵   責任編輯:沫朵 川北在線核心提示:原標題:抖音yyyut什麼意思什麼梗?一臉蒙蔽的你進來漲漲漲漲漲漲姿勢 抖音作為我們大多數人現在休閒娛樂的方式之一,小夥伴們都喜歡在上面刷視頻,也會經常給我們帶來很多生活的樂趣,或者一些令人詫異的梗,最近抖音裡面大家都在討論的yyy是什麼梗呢?接下來咖綠茵   原標題:抖音yyyut什麼意思什麼梗?
  • 一臉懵逼的你進來漲漲漲漲漲漲姿勢
    一臉懵逼的你進來漲漲漲漲漲漲姿勢時間:2020-06-29 17:38   來源:禮儀之家   責任編輯:沫朵 川北在線核心提示:原標題:崩潰哄崩潰是什麼意思什麼梗?一臉懵逼的你進來漲漲漲漲漲漲姿勢 崩潰哄崩潰: 明明自己已經很不開心了站在崩潰的邊緣,結果身邊有人崩潰了還得穩住情緒先哄著ta,小心翼翼不把負面情緒表露出來。
  • 一臉懵逼的你進來漲漲漲漲漲漲姿勢
    一臉懵逼的你進來漲漲漲漲漲漲姿勢時間:2020-04-13 15:59   來源:小雞詞典   責任編輯:沫朵 川北在線核心提示:原標題:切片男主什麼意思什麼梗?一臉懵逼的你進來漲漲漲漲漲漲姿勢 指和女主或受有感情線終赴和諧的所有男的其實都是同一個人,都是男主,可能是男主的靈魂碎片,或者共用一個靈魂,或者人格分裂啦之類的作品設定 實際上是因為晉江不給寫NP 。 舉個例子,一個作品裡   原標題:切片男主什麼意思什麼梗?
  • 一臉懵逼的你進來漲漲漲漲漲姿勢
    一臉懵逼的你進來漲漲漲漲漲姿勢時間:2020-09-04 16:05   來源:遊俠網   責任編輯:沫朵 川北在線核心提示:原標題:很有精神什麼意思什麼梗? 一臉懵逼的你進來漲漲漲漲漲姿勢 很有精神什麼梗?最近B站每隔一段時間就會有一些莫名其妙的梗火起來,前一段時間是歪嘴龍王最強贅婿系列,但是現在取而代之是很有精神這個梗,那麼這個是怎麼來的呢?
  • 手把手教你用DNAMAN進行多序列比對
    小白君裝的是漢化版DNAMAN 6.0.3.99。首先準備好序列文件,DNA或Protein。DNAMAN做多序列比對所用到的序列並不需要FASTA格式。但每一條序列都需要放在一個單獨的文件中。準備好序列之後,便可進行多序列比對了。打開DNAMAN軟體。點擊序列-比對-多序列比對。