如何使用Sequencher軟體查看DNA序列

Sequencher是DNA序列分析的工業標準軟體。它可以和所有的自動序列分析儀一同工作，並且因為它的極速 Contig組裝、很短的學習曲線、用戶友好的編輯工具，以及卓越的技術支持而眾所周知。

使用Sequencher軟體查看DNA序列

使用Sequencher的方法步驟：

A、查看峰圖或編輯

1. 打開軟體

2. 載入文件（abl格式）

3. 雙擊打開文件，可見序列信息

4. 點擊右上角的「show chromatogram」可見峰圖

B、整合多個文件，存為一個文件：

1. 打開文件

2. 載入文件夾import

3. 選中所有文件，點擊file下的export導出，選擇「selection as subproject」，彈出保存的對話框，命名保存文件並選擇格式（txt）。

該txt文件可用clustal x打開，進行序列比對，保存為aln格式後，可以不用bioedit打開進行編輯修改。

註：Sequencher軟體的主要功能為序列查看。序列比對可直接用MEGA操作，編輯更方便，比對時間稍短。

Poly結構後雙峰問題：

Poly A/T結構通常致其後的峰圖出現重疊峰，PolyG/C結構通常致其後的峰圖出現信號衰減。Poly結構是導致測序失敗最常見的原因之一，目前還沒有非常有效的方法徹底解決Poly結構的影響，但一般而言，PCR樣品Poly結構後雙峰的概率非常高，而菌液中Poly結構對測序結果的影響較少或沒有。

解決辦法：

也有一些Poly結構對測序無影響。

Sequencher通過將最新的經過同行評審的NGS算法從命令行帶入直觀的點擊界面，增強了臺式科學家的能力。無論是執行參考引導的比對，從頭組裝，變體調用或SNP分析，Sequencher都具有您需要的可用來獲得結果的工具。Sequencher集成了全面的Cufflinks套件，可對您的RNA-Seq數據進行深入的轉錄本分析和差異基因表達。Sequencher可以通過自定義圖和圖表輕鬆生成RNA-Seq數據的獨特可視化效果，從而在幾秒鐘內為您提供可隨時發布的圖形。

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