如何獲取蛋白序列並進行序列比對?

2021-02-08 小張聊科研

很多情況下，我們為了研究一個蛋白的重要性，需要查看這個蛋白在多個物種，以及與這個蛋白家族中其它蛋白的相似性，並構建進化樹。今天我們就來說一下具體的方法，先介紹蛋白序列的獲取和序列比對。


以Sox家族的蛋白為例，我們首先通過Uniprot資料庫（http://www.uniprot.org/）獲取蛋白序列：

我們直接在搜索框中輸入sox，單擊search：

這樣我們能看到各個物種中展示的結果，其中人裡面有175個：

我們全部選擇後單擊左上角的下載，然後選擇fasta格式的非壓縮文件後直接單擊GO就可以了：

這是打開後是序列，我們看到包括了Sox9，Sox2，Sox11等蛋白的序列，這樣我們就拿到Sox家族的各條序列了，接來下我們進行序列比對。


接下來我們要用的工具軟體是MEGA，可以從官網（http://www.megasoftware.net/）下載：

下載後打開後的界面：

接下來我們導入剛才查到的序列，單擊Align選項下的Edit/Build Alignment，

創建新alignment，選擇蛋白protein：

打開新的界面：

在這裡面我們直接把剛才的序列複製進來就好了：

接下來我們進行比對，在Alignment裡面有Alignment by ClustalW和Muscle兩個選項，其中ClustalW常用於兩序列比對，Muscle速度快，用於序列多的時候進行的比對，這裡我們選擇Muscle，選擇所有序列後進行比對：

這裡我們用默認的參數進行計算，序列比較多的話需要等一下：

上面是比對好的結果，圖還是比較漂亮的，不過軟體在導出圖片的時候沒有給出方法，大家先截圖使用吧。


下期我們來介紹構建進化樹的方法，看看如何做出下圖的進化樹：



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