序列比對軟體

2021-01-18 牛學匯

今天小編特意給大家整理分享了有關序列比對綜合分析的軟體，聰明的你們快來試試有沒有心儀的軟體工具。


Geneious         序列綜合分析軟體（https://www.geneious.com/）



ClustalW  2.1

用來對核酸與蛋白序列進行多序列比對（multiple sequence alignment）的軟體。（https://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/）


FASTA   將一條序列與另一條序列進行比較或在資料庫中查找同源序列並輸出。

FASTA軟體包包含用於蛋白質：蛋白質，DNA：DNA，蛋白質：翻譯的DNA（具有移碼）以及有序或無序肽搜索的程序。FASTA軟體包的最新版本包括特殊翻譯的搜索算法，當將核苷酸與蛋白質序列數據進行比較時，該算法可以正確處理移碼錯誤（六幀翻譯的搜索不能很好地處理）。

除了快速的啟發式搜索方法外，FASTA軟體包還提供SSEARCH，這是最佳Smith-Waterman算法的實現。

該軟體包的主要重點是計算精確的相似性統計數據，以便生物學家可以判斷是否可能偶然發生了比對，或者是否可以用來推論同源性。

用作此軟體輸入的FASTA文件格式現在已被其他序列資料庫搜索工具（例如BLAST）和序列比對程序（Clustal，T-Coffee等）廣泛使用。


BLAST+  

分成五個不同的程序，分別為：blastp(提交蛋白質序列，在蛋白質序列資料庫中查序列)、blastn(提交核酸序列，在核酸序列資料庫中查找同源序列) blastx(提交核酸序列，在蛋白質序列資料庫中查找同源序列)、tblastn (提交蛋白質序列，在核酸序列資料庫中查找同源序列)、tblastx(提交核酸序列，在核酸序列資料庫中查找同源序列)。


IGV   顯示分析多種類型的遺傳數據軟體 （https://igv.org/）


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