如何比對不同序列同源性,畫出高顏值的進化樹?

2021-02-21 獸醫veterinarian

中糧肉食中心實驗室團隊

   編輯：劉建城    審核：龍進學博士

                                          

       如何畫出高顏值的進化樹？

                   比如↓↓↓

如果我們也能畫出這麼漂亮的進化樹，那麼升職加薪，迎娶白富美，當上CEO，走上人生巔峰，都不是事兒啊。（扯的有點遠，不過加油吧!!!）


Are you ready?


預備知識:

在生物信息學中，進化樹被用來表示物種之間的進化關係。生物分類學家和進化論者根據各類生物間的親緣關係的遠近，把各類生物安置在有分枝的樹狀圖表上，簡明地表示生物的進化歷程和親緣關係。葉子節點之間的距離表示相應的兩個物種之間的差異程度。

教程如下：

步驟1：雙擊打開MegAlign 軟體，將參考序列庫拉入其中

步驟2：將新得到（拼接後）的序列拉入其中

步驟3：新拉入的序列在最下面

點擊Align選擇By clustal W Method開始比對

步驟4：記住加入最新得到的序列中與參考序列相齊的鹼基位置

如第一個起始密碼子 28-終止密碼子 630

步驟5：

1.雙擊序列名稱出現對話框，輸入上述這兩個位置

2.點擊ok，然後觀察新序列與序列庫是否對齊

步驟6：

1.使用EditSeq軟體先刪除後面630個鹼基後的所有序列

2.再刪除前面1-27個鹼基序列

步驟7：點擊File,選擇save as....保存在自己新建的文件夾下

步驟8：

1.在MegAlign中把之前的原始數據刪除

2.把剪貼後的序列拉入

3.點擊A另，選擇By clustal W Method開始比對

4.點擊file，save as...保存自己新建的文件夾中形成新的序列庫

（文件名包括，時間，區域，項目等）

保存文件格式為fas


步驟9：

1.在view中查看sequence distance（進化距離及相似度）

2.相似度大於90%說明兩者相似度較高，大於95%相似度極高，基本認定為同一毒株。

點擊Edit,,copy-報告中選擇性粘貼（圖片格式）

步驟10：

1.用MEGA7(桌面軟體）做進化樹

雙擊MEGA7→左上Align→點擊Edit/BuildAlignment→出現對話框，點擊Creat，ok→新對話框中選擇DNA→左上Edit→點擊Insert Sequence from file

2.找出保存的更新的序列文庫並打開（拖入）

3.因為會出現名字重複，把重複的名字選中刪除→點擊W圖標→AlignDNA，ok→ok→點擊左上Date中phylogeneticanalysis→No

4.打開該軟體另外一個界面→在phylogeny找第二個Neighor-Joiningtree→yes→點擊compute得到進化樹（下步可選擇自己需要的樹型和字體）


步驟11：

編輯報告

找出以往模板改成新序列名字，把上述分析的進化樹（MEGA7中copy進化樹）和進化距離（在Meglign中Edit→copy）copy到報告中，把報告中需改的部分改成新序列信息簡單做分析，屬於經典株還是高致病性株.

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